嗜麥芽窄食單胞菌隨機擴增多態(tài)性DNA基因分型及同源性分析
發(fā)布時間:2022-01-10 13:03
目的采用一種快速,準確的基因分型方法,針對嗜麥芽窄食單胞菌導致的醫(yī)院內感染進行流行病學調查,為預防院內交叉感染提供理論依據(jù)。方法收集南京市某醫(yī)院住院患者痰液樣本,并分離嗜麥芽窄食單胞菌,采用隨機擴增多態(tài)性DNA(RAPD)技術獲得指紋圖譜,并利用SAS9.2軟件對其進行聚類分析。結果 39株嗜麥芽窄食單胞菌菌株根據(jù)其DNA條帶聚類分析,可分為A、B、C、D、E、F和G 7個型,A、B、D、E均有2個亞型,其中A型為優(yōu)勢型別。同源性分析結果表明在神經內科與呼吸內科,ICU與呼吸內科分別有同一克隆株的傳播,科室之間可能存在交叉感染。結論 RAPD是一種簡單快速,低成本的基因分型方法,適合臨床病原菌的分型及醫(yī)院感染分子流行病學研究。
【文章來源】:中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2020,30(20)
【文章頁數(shù)】:3 頁
【部分圖文】:
RAPD瓊脂糖凝膠電泳圖譜
聚類分析結果中確定分類個數(shù)的指標有CCC(立方聚類準則值)、PSF (偽F統(tǒng)計量)和PST2 (偽t2統(tǒng)計量)。CCC的峰值表示建議聚類數(shù),本例中,當分為7類時,CCC達到峰值;偽F值描述的是當前情況下,類與類之間的分離程度,該值越大則聚類效果越好,在聚類數(shù)1~7,當偽F值最大,聚類數(shù)為7;偽t2越大,說明本次聚類效果不好,應返回上一次合并,當聚類數(shù)為7時,偽t2較小。綜合分析,用average法,給39株嗜麥芽窄食單胞菌分為7類時比較合適(圖2),即A、B、C、D、E、F和G型,其中A、B、D、E型均有2個亞型。A型14株,包括A18株,A26株,B型11株,包括B19株,B22株,C型3株,D型4株,包括D12株,D22株,E型3株,包括E12株,E21株,F(xiàn)型2株,G型2株。3 討論
本文編號:3580766
【文章來源】:中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2020,30(20)
【文章頁數(shù)】:3 頁
【部分圖文】:
RAPD瓊脂糖凝膠電泳圖譜
聚類分析結果中確定分類個數(shù)的指標有CCC(立方聚類準則值)、PSF (偽F統(tǒng)計量)和PST2 (偽t2統(tǒng)計量)。CCC的峰值表示建議聚類數(shù),本例中,當分為7類時,CCC達到峰值;偽F值描述的是當前情況下,類與類之間的分離程度,該值越大則聚類效果越好,在聚類數(shù)1~7,當偽F值最大,聚類數(shù)為7;偽t2越大,說明本次聚類效果不好,應返回上一次合并,當聚類數(shù)為7時,偽t2較小。綜合分析,用average法,給39株嗜麥芽窄食單胞菌分為7類時比較合適(圖2),即A、B、C、D、E、F和G型,其中A、B、D、E型均有2個亞型。A型14株,包括A18株,A26株,B型11株,包括B19株,B22株,C型3株,D型4株,包括D12株,D22株,E型3株,包括E12株,E21株,F(xiàn)型2株,G型2株。3 討論
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