嗜麥芽窄食單胞菌隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA基因分型及同源性分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-10 13:03
目的采用一種快速,準(zhǔn)確的基因分型方法,針對(duì)嗜麥芽窄食單胞菌導(dǎo)致的醫(yī)院內(nèi)感染進(jìn)行流行病學(xué)調(diào)查,為預(yù)防院內(nèi)交叉感染提供理論依據(jù)。方法收集南京市某醫(yī)院住院患者痰液樣本,并分離嗜麥芽窄食單胞菌,采用隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA(RAPD)技術(shù)獲得指紋圖譜,并利用SAS9.2軟件對(duì)其進(jìn)行聚類分析。結(jié)果 39株嗜麥芽窄食單胞菌菌株根據(jù)其DNA條帶聚類分析,可分為A、B、C、D、E、F和G 7個(gè)型,A、B、D、E均有2個(gè)亞型,其中A型為優(yōu)勢(shì)型別。同源性分析結(jié)果表明在神經(jīng)內(nèi)科與呼吸內(nèi)科,ICU與呼吸內(nèi)科分別有同一克隆株的傳播,科室之間可能存在交叉感染。結(jié)論 RAPD是一種簡(jiǎn)單快速,低成本的基因分型方法,適合臨床病原菌的分型及醫(yī)院感染分子流行病學(xué)研究。
【文章來(lái)源】:中國(guó)衛(wèi)生檢驗(yàn)雜志. 2020,30(20)
【文章頁(yè)數(shù)】:3 頁(yè)
【部分圖文】:
RAPD瓊脂糖凝膠電泳圖譜
聚類分析結(jié)果中確定分類個(gè)數(shù)的指標(biāo)有CCC(立方聚類準(zhǔn)則值)、PSF (偽F統(tǒng)計(jì)量)和PST2 (偽t2統(tǒng)計(jì)量)。CCC的峰值表示建議聚類數(shù),本例中,當(dāng)分為7類時(shí),CCC達(dá)到峰值;偽F值描述的是當(dāng)前情況下,類與類之間的分離程度,該值越大則聚類效果越好,在聚類數(shù)1~7,當(dāng)偽F值最大,聚類數(shù)為7;偽t2越大,說(shuō)明本次聚類效果不好,應(yīng)返回上一次合并,當(dāng)聚類數(shù)為7時(shí),偽t2較小。綜合分析,用average法,給39株嗜麥芽窄食單胞菌分為7類時(shí)比較合適(圖2),即A、B、C、D、E、F和G型,其中A、B、D、E型均有2個(gè)亞型。A型14株,包括A18株,A26株,B型11株,包括B19株,B22株,C型3株,D型4株,包括D12株,D22株,E型3株,包括E12株,E21株,F(xiàn)型2株,G型2株。3 討論
本文編號(hào):3580766
【文章來(lái)源】:中國(guó)衛(wèi)生檢驗(yàn)雜志. 2020,30(20)
【文章頁(yè)數(shù)】:3 頁(yè)
【部分圖文】:
RAPD瓊脂糖凝膠電泳圖譜
聚類分析結(jié)果中確定分類個(gè)數(shù)的指標(biāo)有CCC(立方聚類準(zhǔn)則值)、PSF (偽F統(tǒng)計(jì)量)和PST2 (偽t2統(tǒng)計(jì)量)。CCC的峰值表示建議聚類數(shù),本例中,當(dāng)分為7類時(shí),CCC達(dá)到峰值;偽F值描述的是當(dāng)前情況下,類與類之間的分離程度,該值越大則聚類效果越好,在聚類數(shù)1~7,當(dāng)偽F值最大,聚類數(shù)為7;偽t2越大,說(shuō)明本次聚類效果不好,應(yīng)返回上一次合并,當(dāng)聚類數(shù)為7時(shí),偽t2較小。綜合分析,用average法,給39株嗜麥芽窄食單胞菌分為7類時(shí)比較合適(圖2),即A、B、C、D、E、F和G型,其中A、B、D、E型均有2個(gè)亞型。A型14株,包括A18株,A26株,B型11株,包括B19株,B22株,C型3株,D型4株,包括D12株,D22株,E型3株,包括E12株,E21株,F(xiàn)型2株,G型2株。3 討論
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