肝細(xì)胞癌（hepatocellular carcinoma）簡(jiǎn)稱HCC,是死亡率較高的一種癌癥,已有研究報(bào)道發(fā)現(xiàn)組蛋白修飾的改變與HCC緊密相關(guān),所以探究組蛋白修飾在HCC中的發(fā)病機(jī)制,找到與HCC發(fā)病相關(guān)的靶標(biāo)基因,可以為HCC的診斷治療提供理論依據(jù)。本文以肝癌細(xì)胞系（HepG2）和正常肝細(xì)胞系（hepatocyte）為研究對(duì)象。首先,從全基因集、高低表達(dá)基因集、致癌抑癌基因集、差異高低表達(dá)基因集和差異高低表達(dá)的致癌抑癌基因集這5種類型的基因集上對(duì)這兩種細(xì)胞系在啟動(dòng)子（promoter）區(qū)域上的組蛋白修飾的信號(hào)強(qiáng)度和基因的表達(dá)水平做了計(jì)算和分析。結(jié)果表明在這些基因集上,具有激活基因表達(dá)的組蛋白修飾在HepG2細(xì)胞中比hepatocyte細(xì)胞中修飾信號(hào)強(qiáng),表達(dá)水平高的基因比表達(dá)水平低的基因上的修飾信號(hào)強(qiáng)。其次,我們對(duì)不同的組蛋白修飾與基因表達(dá)間,以及不同的組蛋白修飾間的相關(guān)性做了分析。發(fā)現(xiàn)在高低表達(dá)的致癌抑癌基因集上組蛋白修飾與表達(dá)間的相關(guān)性更強(qiáng),高低表達(dá)基因上的組蛋白修飾間的相關(guān)性也更強(qiáng)。最后,我們挑選差異高低表達(dá)的致癌抑癌基因集作為與HCC相關(guān)的基因,計(jì)算了這些基因在promote... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

基因的分層篩選流程圖

圖 3.1 全基因集上的組蛋白修飾的信號(hào)分布Figure 3.1 The distribution of histone modification signals in whole-genome.3.2 組蛋白修飾在高低表達(dá)基因集上的修飾情況3.2.1 高低表達(dá)基因集的選取為了研究在不同表達(dá)水平的基因上的組蛋白修飾的特征，我們將所有基因劃分為高表達(dá)的基因（highly expressed genes，HEGs）和低表達(dá)的基因（lowly expressed genes，LEGs）進(jìn)一步研究。首先我們將兩種細(xì)胞系的 RNA-seq 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為可視化的 bed 格式，然后根據(jù)公式（2-1）分別計(jì)算兩種細(xì)胞系上每個(gè)基因的表達(dá) RPKM 值，將 hepatocyte 和 HepG2 細(xì)胞中的RPKM 值以降序的方式排序，將 RPKM 值排前百分之十的基因作為 HEGs，RPKM 值為零的全部基因作為 LEGs，這樣我們?cè)?hepatocyte 細(xì)胞中得到 1915 個(gè) HEGs 和 2922 個(gè) LEGs，HepG2 細(xì)胞中得到 1915 個(gè) HEGs 和 5352 個(gè) LEGs。

圖 3.2 正常細(xì)胞與癌癥細(xì)胞中高低表達(dá)基因的組蛋白修飾的信號(hào)分布re 3.2 The distribution of histone modification signals for highly and lowly expressed geneand cancer cells.我們計(jì)算了 HEGs 和 LEGs 在 promoter 區(qū)域 80 個(gè) bins 的組蛋白修飾的信了進(jìn)一步說明這些基因上的組蛋白修飾在 promoter 區(qū)域的總的修飾水平 LEGs 在 promoter 區(qū)域 80 個(gè) bins 內(nèi)的組蛋白修飾的信號(hào)iHMS 取平均值，這修飾在 promoter 區(qū)域就得到了一個(gè)總的修飾信號(hào)，然后對(duì)兩種細(xì)胞進(jìn)行了看出，在 hepatocyte 細(xì)胞中組蛋白修飾明顯在 HEGs 中比 LEGs 中修飾信H3K4me2 和 H3K27ac；而在 LEGs 比 HEGs 中修飾信號(hào)強(qiáng)的只有 H3K胞中，HEGs 上比 LEGs 上修飾信號(hào)強(qiáng)的組蛋白修飾包括 H3K9ac、He3、H3K4me3、H3K79me2 和 H3K4me2；在 LEGs 中比 HEGs 中修飾信e3 和 H3K9me3。比較發(fā)現(xiàn)在兩種細(xì)胞中 H3K9ac、H3K27ac 和 H3K4me2 都


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