鴨疫里默氏菌（Riemerella anatipestifer,RA）是黃桿菌科的革蘭陰性菌,在世界范圍內(nèi)發(fā)生和流行,給養(yǎng)鴨業(yè)帶來了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。而抗生素作為預(yù)防和治療的有效手段卻因臨床上的廣泛應(yīng)用出現(xiàn)了非常強(qiáng)的多重耐藥性。插入序列（Insertion sequence,IS）是一種廣泛存在于細(xì)菌基因組的移動(dòng)遺傳因子,通過不同的轉(zhuǎn)座機(jī)制在基因組內(nèi)或基因組之間進(jìn)行水平移動(dòng)從而誘導(dǎo)耐藥、毒力和代謝等多類基因的突變、缺失、倒位。本研究通過生物信息學(xué)手段分析了28株鴨疫里默氏菌基因組的IS數(shù)量、分布及其對(duì)基因組的影響,最后通過構(gòu)建缺失株和表型實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證IS對(duì)細(xì)菌耐藥性的影響。本研究的主要結(jié)果如下:1.鴨疫里默氏菌草圖基因組的重新拼接和菌株RCAD0133的重測序以菌株RA-CH-1為參考序列對(duì)18株草圖基因組進(jìn)行拼接得到新的基因組用于插入序列的預(yù)測。同時(shí)采用第三代SMRT測序技術(shù)對(duì)菌株RCAD0133進(jìn)行重測序,結(jié)果表明菌株RCAD0133基因組由一條環(huán)狀的染色體組成,全長2,509,140 bp,平均GC含量為34.85%。2.鴨疫里默氏菌插入序列的數(shù)量、分類及對(duì)基因組影響28株鴨疫里默氏... 

【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

鴨疫里默氏菌草圖基因組拼接結(jié)果

11表2.2過濾后的測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果Table2.2FilteredsequencingdatastatisticsSubreads_numTotal_baselength（bp）Subreads_N50Mean_subreads_length(bp)134,7961,462,044,9482,509,14010,846注：Subreads_num:過濾后剩余subreads的數(shù)量；Total_baselength(bp):過濾后剩余subreads的總堿基數(shù)；Subreads_N50:對(duì)過濾后剩余subreads計(jì)算N50所得值；Mean_subreads_length(bp):過濾后剩余subreads的平均堿基個(gè)數(shù)。Note:Subreads_num:Thenumberofsubreadsremainingafterfiltering;Total_baselength(bp):Thetotalnumberofbasesremaininginthesubreadsafterfiltering;Subreads_N50:CalculatethevalueofN50fortheremainingsubreadsafterfiltering;Mean_subreads_length(bp):AverageoftheremainingsubreadsafterfilteringThenumberofbases.圖2.2過濾后的測序subreads長度分布圖Fig.2.2Filteredsequencingsubreadslengthdistribution3.4RCAD0133生物信息學(xué)分析測序結(jié)果表明，RCAD0133菌株基因組由一條環(huán)狀的染色體組成（圖2.3），全長2,509,140bp，平均GC含量為34.85％。在基因組中共預(yù)測到2480個(gè)CDS，CDS總長2.260,647bp，占全基因組序列的90.09％，每個(gè)基因平均長度為923bp。基因的平均長度為838bp。此外，基因組包含9個(gè)rRNA，40個(gè)tRNA基因以及4個(gè)ncRNA。

12圖2.3RCAD0133基因組圈圖Fig.2.3GenomiccirclediagramofRCAD0133注：最外面一圈為基因組大小的標(biāo)示，每個(gè)刻度為5Kb；第二圈和第三圈分別為基因組正鏈和負(fù)鏈上的gene，不同顏色代表不同的COG功能分類；第四圈為重復(fù)序列；第五圈為tRNA和rRNA，藍(lán)色為tRNA，紫色是rRNA；第六圈為GC含量，淺黃色部分表示該區(qū)域GC含量高于基因組的平均GC含量，峰值越高則與平均GC含量差異越大，藍(lán)色部分則表示該區(qū)域GC含量低于基因組的平均GC含量；最內(nèi)圈是GC-skew，深灰色代表G含量大于C的區(qū)域，紅色代表C含量大于G的區(qū)域。Note:Theoutermostcircleisthesizeofthegenome,eachscaleis5Kb;thesecondandthirdcirclesarethegenesonthepositiveandnegativestrandsofthegenome,respectively,thedifferentcolorsrepresentdifferentCOGfunctionalclassification;thefourthcircleFortherepeatsequence;thefifthcircleistRNAandrRNA,theblueistRNA,thepurpleisrRNA;thesixthcircleistheGCcontent,andthelightyellowpartindicatesthattheGCcontentoftheregionishigherthantheaverageGCcontentofthegenome,andthehigherthepeakistheaverageThegreaterthedifferenceinGCcontent,thebluepartindicatesthattheGCcontentinthisregionislowerthantheaverageGCcontentofthegenome;theinnermostcircleisGC-skew,thedarkgrayrepresentstheregionwhereGcontentisgreaterthanC,andtheredcolorrepresentstheregionwhereCcontentisgreaterthanG.4討論隨著高通量測序的普及，細(xì)菌的全基因組測序（WGS）越來越普遍，目前NCBI數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)公布了大量鴨疫里默氏基因組數(shù)據(jù)[63]。然而，大多數(shù)的基因組為草圖基因組，它們存在不同數(shù)量的重疊群，且這些重疊群片段大多為插入序列、r

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]細(xì)菌插入序列中的轉(zhuǎn)座酶和轉(zhuǎn)座機(jī)制[J]. 張孟思,朱德康,汪銘書.  中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2018(10)



本文編號(hào)：3560958