菲律賓蛤仔（Ruditapes philippinarum）,是我國重要的海產(chǎn)經(jīng)濟(jì)貝類之一,殼色可以作為選擇育種的一種重要指標(biāo),研究殼色的形成和表達(dá)機(jī)制對貝類的遺傳育種有重要意義。本研究利用高通量測序技術(shù)分析了菲律賓蛤仔橙蛤,斑馬蛤,白斑馬蛤和白蛤外殼顏色多態(tài)性的相關(guān)基因。結(jié)果表明,共測序得到492,780,414 raw reads,通過過濾得到456,080,414 clean reads,組裝成480,552,960轉(zhuǎn)錄本,注釋在7種數(shù)據(jù)庫中。選出18個與殼色相關(guān)基因進(jìn)行熒光定量PCR驗證,其中ptyr,mitf1,mitf2,mitf4,adc3和ras在黑色素合成通路中,證明黑色素的合成在貝殼色素沉著中起重要作用,與殼表面顏色的形成密切相關(guān)。橙蛤相比于其他殼色蛤仔,在卟啉和葉綠素代謝結(jié)合鈣信號通路中有較多的差異基因,我們推測橙色的形成與卟啉和葉綠素代謝結(jié)合鈣信號通路有關(guān)。同時利用高通量測序技術(shù)分析了菲律賓蛤仔稚貝殼色出現(xiàn)前后差異轉(zhuǎn)錄組,結(jié)果表明,共得到215,232,470個raw reads,過濾得到169,573,742個clean reads,拼接得到212,107,6... 

【文章來源】：大連海洋大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

RNA完整性檢測注：WZ:白斑馬蛤；Z：斑馬蛤；O：橙蛤；W：白蛤；M:DL2000DNAMarker.

7圖 2. cDNA 建庫原理圖Figure 2. The schematic diagram of construction of cDNA庫檢驗合格后，把不同殼色文庫按照有效濃度及目標(biāo)下機(jī)數(shù)據(jù)量ng 后使用 Illumina HiSeq 測序。對于無參考基因組的項目，獲得 后，需要對 clean reads 進(jìn)行拼接以獲取后續(xù)分析的參考序列ty[40]對 clean reads 進(jìn)行拼接。4 測序數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析獲得全面的基因功能信息，諾禾進(jìn)行了七大數(shù)據(jù)庫的基因功能注釋t，Pfam，KOG/COG，Swiss-prot，KEGG，GO。

和代謝過程（圖 3）。表 7. 四種殼色菲律賓蛤仔轉(zhuǎn)錄組基因注釋結(jié)果Table 7. The result of gene annotation of four shell color R. philippinarum transcriptome基因注釋數(shù)據(jù)庫 注釋數(shù)量 比例 (%)Annotated inNR 47622 11.77Annotated in NT 38734 9.57Annotated in KO 24342 6.01Annotated in SwissProt 48759 12.05Annotated in PFAM 57630 14.24Annotated in GO 58344 14.42Annotated in KOG 25146 6.21Annotated in all Databases 5410 1.33Annotated in at least oneDatabase92818 22.94Total Unigenes 404462 100

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]紅鰭笛鯛皮膚轉(zhuǎn)錄組分析及體色相關(guān)基因克隆、表達(dá)與進(jìn)化研究[D]. 張艷蘋.湖南師范大學(xué) 2016
[2]轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析影響雞蛋蛋殼褐色的遺傳因素[D]. 李光奇.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015



本文編號：3534829