目的:分析胎盤組織中DNA N6-甲基腺嘌呤（6mA）基因修飾在子癇前期及正常妊娠胎盤組織中的差異表達(dá)及相關(guān)分子機(jī)制,以探討6mA在子癇前期發(fā)病中的作用。方法:收集子癇前期患者與正常對照產(chǎn)婦的胎盤組織,分別提取胎盤滋養(yǎng)細(xì)胞中的基因組DNA。將其DNA片段化至100-500bp,采用Ch IP-seq等實(shí)驗(yàn)技術(shù)對全基因組DNA進(jìn)行免疫共沉淀,分離基因組的DNA片段。隨后,經(jīng)PCR擴(kuò)增和片段篩選,構(gòu)建文庫。對已質(zhì)控的文庫進(jìn)行高通量測序及數(shù)據(jù)分析,構(gòu)建子癇前期胎盤組織全基因組6mA甲基化修飾圖譜,分析其生物學(xué)信息,初步探索6mA與子癇前期之間的關(guān)系。最后通過RT-PCR法驗(yàn)證差異基因的表達(dá)水平。結(jié)果:（1）讀長（Reads）結(jié)果顯示,子癇前期唯一、去重復(fù)后的讀長數(shù)量（115084349）高于正常對照組（112026034）。富集區(qū)域（Peaks）分析結(jié)果顯示,子癇前期胎盤組織中峰（peak）個(gè)數(shù)（92064）卻低于正常對照組（126487）。（2）子癇前期和正常對照組相同基因數(shù)量為41924個(gè),子癇前期組特有基因?yàn)?5625個(gè),正常對照組為78226個(gè)。子癇前期組Gene Ontology（... 

【文章來源】：暨南大學(xué)廣東省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

mA和5mC結(jié)構(gòu)圖

暨南大學(xué)碩士學(xué)位論文4存在6mA修飾的基因數(shù)目多于正常皮膚組織，其差異基因參與調(diào)控干細(xì)胞的增殖與分化、中胚層的發(fā)育和分化等[32]。早在30多年前就有研究報(bào)道人胎盤組織中存在6mA基因修飾，但因檢測手段受限，難以進(jìn)行深入研究，故一直未引起重視[33]�；贒NA甲基化與子癇前期的關(guān)系，本實(shí)驗(yàn)推測6mA甲基化修飾可能通過調(diào)控絨毛滋養(yǎng)細(xì)胞或胚胎干細(xì)胞生長、發(fā)育相關(guān)基因表達(dá)，參與子癇前期疾病的發(fā)生及發(fā)展。因此，本課題將研究6mA基因修飾與子癇前期的關(guān)系。本實(shí)驗(yàn)將以胎盤組織作為研究對象，采用甲基腺嘌呤免疫共沉淀（6mA-IP-Seq）測序技術(shù)對6mA基因修飾進(jìn)行分析，從表觀遺傳調(diào)控基因表達(dá)方面進(jìn)行闡述。通過表觀遺傳學(xué)的角度深入認(rèn)識子癇前期的發(fā)生及發(fā)展過程，為子癇前期的預(yù)測及診治打下堅(jiān)實(shí)的基矗圖26mA參與的真核生物基因調(diào)控及表達(dá)

暨南大學(xué)碩士學(xué)位論文12CD圖3各樣本Reads堿基比例分布圖A:NC-IP,B:NC-Input,C:PE-IP,D:PE-Input三、比對分析及相關(guān)性檢驗(yàn)（一）比對分析在實(shí)驗(yàn)操作及取樣過程中，均有可能引入外源污染，從而降低數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性及可靠性。因此，本實(shí)驗(yàn)將過濾后得到的數(shù)據(jù)與同物種基因組參考序列進(jìn)行比對，獲得定位信息。對于有參考基因組序列的物種，選擇使用唯一、去重復(fù)后的Reads進(jìn)行比對，條件設(shè)置為允許存在1個(gè)錯配，統(tǒng)計(jì)比對比上Reads的數(shù)量和比對率。從統(tǒng)計(jì)結(jié)果中，可知在PE-IP文庫中，定位到基因組唯一定位讀長數(shù)量為（UniqueMappedReads）115084349個(gè)，高于NC-IP文庫唯一定位讀長數(shù)量112026034個(gè)。表2樣品的比對率統(tǒng)計(jì)SamplePE-IPPE-InputNC-IPNC-InputTotalReads145,941,370111,225,490144,544,868119,613,004UniqueMappedReads115,084,34993,465,789112,026,034100,600,507UniqueMappedRatio(%)78.8684.0377.584.1MultiMappedReads26,027,09316,460,32426,468,22217,720,398MultiMappedRatio(%)17.8314.818.3114.81MappedRatio(%)96.6998.8395.8198.92（1）TotalReads：過濾后總的Reads數(shù)；（2）UniqueMappedReads：可以比對到基因組唯一位置上的Reads數(shù)；（3）UniqueMappedRatio(%)：可以比對到基因組唯一位置的Reads數(shù)的比例；

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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