發(fā)布時間：2021-12-10 21:38

　　目的:分析胎盤組織中DNA N6-甲基腺嘌呤（6mA）基因修飾在子癇前期及正常妊娠胎盤組織中的差異表達及相關(guān)分子機制,以探討6mA在子癇前期發(fā)病中的作用。方法:收集子癇前期患者與正常對照產(chǎn)婦的胎盤組織,分別提取胎盤滋養(yǎng)細胞中的基因組DNA。將其DNA片段化至100-500bp,采用Ch IP-seq等實驗技術(shù)對全基因組DNA進行免疫共沉淀,分離基因組的DNA片段。隨后,經(jīng)PCR擴增和片段篩選,構(gòu)建文庫。對已質(zhì)控的文庫進行高通量測序及數(shù)據(jù)分析,構(gòu)建子癇前期胎盤組織全基因組6mA甲基化修飾圖譜,分析其生物學(xué)信息,初步探索6mA與子癇前期之間的關(guān)系。最后通過RT-PCR法驗證差異基因的表達水平。結(jié)果:（1）讀長（Reads）結(jié)果顯示,子癇前期唯一、去重復(fù)后的讀長數(shù)量（115084349）高于正常對照組（112026034）。富集區(qū)域（Peaks）分析結(jié)果顯示,子癇前期胎盤組織中峰（peak）個數(shù)（92064）卻低于正常對照組（126487）。（2）子癇前期和正常對照組相同基因數(shù)量為41924個,子癇前期組特有基因為45625個,正常對照組為78226個。子癇前期組Gene Ontology（... 

【文章來源】：暨南大學(xué)廣東省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

mA和5mC結(jié)構(gòu)圖

暨南大學(xué)碩士學(xué)位論文4存在6mA修飾的基因數(shù)目多于正常皮膚組織，其差異基因參與調(diào)控干細胞的增殖與分化、中胚層的發(fā)育和分化等[32]。早在30多年前就有研究報道人胎盤組織中存在6mA基因修飾，但因檢測手段受限，難以進行深入研究，故一直未引起重視[33]�；贒NA甲基化與子癇前期的關(guān)系，本實驗推測6mA甲基化修飾可能通過調(diào)控絨毛滋養(yǎng)細胞或胚胎干細胞生長、發(fā)育相關(guān)基因表達，參與子癇前期疾病的發(fā)生及發(fā)展。因此，本課題將研究6mA基因修飾與子癇前期的關(guān)系。本實驗將以胎盤組織作為研究對象，采用甲基腺嘌呤免疫共沉淀（6mA-IP-Seq）測序技術(shù)對6mA基因修飾進行分析，從表觀遺傳調(diào)控基因表達方面進行闡述。通過表觀遺傳學(xué)的角度深入認識子癇前期的發(fā)生及發(fā)展過程，為子癇前期的預(yù)測及診治打下堅實的基矗圖26mA參與的真核生物基因調(diào)控及表達

暨南大學(xué)碩士學(xué)位論文12CD圖3各樣本Reads堿基比例分布圖A:NC-IP,B:NC-Input,C:PE-IP,D:PE-Input三、比對分析及相關(guān)性檢驗（一）比對分析在實驗操作及取樣過程中，均有可能引入外源污染，從而降低數(shù)據(jù)的準確性及可靠性。因此，本實驗將過濾后得到的數(shù)據(jù)與同物種基因組參考序列進行比對，獲得定位信息。對于有參考基因組序列的物種，選擇使用唯一、去重復(fù)后的Reads進行比對，條件設(shè)置為允許存在1個錯配，統(tǒng)計比對比上Reads的數(shù)量和比對率。從統(tǒng)計結(jié)果中，可知在PE-IP文庫中，定位到基因組唯一定位讀長數(shù)量為（UniqueMappedReads）115084349個，高于NC-IP文庫唯一定位讀長數(shù)量112026034個。表2樣品的比對率統(tǒng)計SamplePE-IPPE-InputNC-IPNC-InputTotalReads145,941,370111,225,490144,544,868119,613,004UniqueMappedReads115,084,34993,465,789112,026,034100,600,507UniqueMappedRatio(%)78.8684.0377.584.1MultiMappedReads26,027,09316,460,32426,468,22217,720,398MultiMappedRatio(%)17.8314.818.3114.81MappedRatio(%)96.6998.8395.8198.92（1）TotalReads：過濾后總的Reads數(shù)；（2）UniqueMappedReads：可以比對到基因組唯一位置上的Reads數(shù)；（3）UniqueMappedRatio(%)：可以比對到基因組唯一位置的Reads數(shù)的比例；

【參考文獻】：
期刊論文
[1]維甲酸誘導(dǎo)基因I在DSS誘導(dǎo)的慢性腸炎小鼠結(jié)腸組織中的表達[J]. 吳玉丹,戴發(fā)亮,董仕楨,郭騰飛,高磊,常永超,高強.  鄭州大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2018(05)
[2]DNA N6-methyladenine demethylase ALKBH1 enhances osteogenic differentiation of human MSCs[J]. Chenchen Zhou,Yuting Liu,Xiaobing Li,Jing Zou,Shujuan Zou.  Bone Research. 2016(03)
[3]內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激在高脂飼料誘導(dǎo)幼年大鼠脂肪性肝損傷中的作用[J]. 劉亮,肖延風(fēng),尹春燕,張衛(wèi)琴.  西安交通大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2015(06)

博士論文
[1]Rig-I調(diào)控化學(xué)缺氧誘導(dǎo)神經(jīng)膠質(zhì)炎癥機制研究[D]. 李雷.南京醫(yī)科大學(xué) 2018
[2]正常和子癇前期胎盤的DNA甲基化組學(xué)研究[D]. 相玉倩.復(fù)旦大學(xué) 2014

碩士論文
[1]嬰幼兒血管瘤的發(fā)病機制與DNA腺嘌呤N6甲基化修飾的探討[D]. 張林峰.山東大學(xué) 2018



本文編號：3533437