目的探討甲胎蛋白(AFP)高表達(dá)和低表達(dá)肝細(xì)胞肝癌(HCC)中的差異表達(dá)基因表達(dá)譜, 為HCC的分子機(jī)制研究及預(yù)后判斷提供理論依據(jù)。方法從腫瘤基因圖譜計(jì)劃(TCGA)公共數(shù)據(jù)庫(kù)獲得368例包含完整臨床信息的HCC轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù), 根據(jù)組織AFP mRNA表達(dá)四分位數(shù)將樣本分為AFP高表達(dá)組和AFP低表達(dá)組, 每組各92例。應(yīng)用R軟件中的DEseq2包進(jìn)行差異表達(dá)基因分析, 應(yīng)用ClusterProfiler包對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體論(GO)功能分析和京都基因與基因組百科全書(shū)(KEGG)通路分析, 應(yīng)用String數(shù)據(jù)庫(kù)和Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò), 篩選關(guān)鍵基因。采用單樣本基因集富集分析方法, 通過(guò)R軟件GSVA包對(duì)特征基因進(jìn)行富集評(píng)分, 根據(jù)得分定義特征基因集表達(dá)情況。利用RNAseq數(shù)據(jù)和實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(RT-qPCR)進(jìn)行獨(dú)立數(shù)據(jù)集驗(yàn)證和組織驗(yàn)證。結(jié)果 TCGA數(shù)據(jù)分析顯示, AFP高表達(dá)與HCC低分化、患者人種有關(guān)(均P<0.05)。生物信息學(xué)分析共獲得1 382個(gè)差異表達(dá)基因, 其中931個(gè)基因在AFP高表達(dá)組織中表達(dá)上調(diào), 451個(gè)基因表達(dá)下...

【文章來(lái)源】： 中華腫瘤雜志. 2020,42(05)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)


本文編號(hào)：3529694