背景與目的 胃腸道間質(zhì)瘤（Gastrointestinal Stromal Tumors,GIST）是一類起源于胃腸道間葉組織的腫瘤,其術(shù)后復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移率較高,但其機(jī)制仍不祥。因此,我們通過生物信息學(xué)方法,從分子水平探索和鑒定與GIST進(jìn)展相關(guān)的驅(qū)動基因和信號通路,從而揭示GIST的惡性進(jìn)展機(jī)制。方法 首選,我們從GEO數(shù)據(jù)庫中下載GSE136755基因芯片數(shù)據(jù),利用R語言的 Limma包篩選出惡性GIST患者（轉(zhuǎn)移性和高危GIST）和惡性程度較低的GIST患者（低和極低風(fēng)險GIST）之間共同表達(dá)的差異基因。然后用這些差異基因進(jìn)行GO和KEGG信號通路富集分析,構(gòu)建蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)并預(yù)測其轉(zhuǎn)錄因子。最后,我們通過cytoHubba篩選出重要模塊基因,篩選出Degree前10的基因,并將其作為與GIST的惡性進(jìn)展相關(guān)的潛在關(guān)鍵分子。結(jié)果 753個差異基因（378個基因上調(diào),375個基因下調(diào),篩選標(biāo)準(zhǔn)為調(diào)整后的P<0.05和|logFC|≥1）被篩選出來。這個差異基因的GO和KEGG信號通路富集分析結(jié)果顯示,差異基因分別富集在13條生物過程條目和34條細(xì)胞信號通路。同時,PPI網(wǎng)絡(luò)... 

【文章來源】：智慧健康. 2020,6(26)

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
0 引言
1 材料和方法
    1.1 基因表達(dá)譜芯片
    1.2 數(shù)據(jù)處理及差異基因分析
    1.3 GO 富集和 KEGG 通路富集
    1.4 PPI網(wǎng)絡(luò)聯(lián)合轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測
    1.5 關(guān)鍵基因的篩選
2 結(jié)果
    2.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理及差異分析
    2.2 富集分析
    2.3 PPI和轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測網(wǎng)絡(luò)
    2.4 潛在關(guān)鍵基因篩選
3 討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫分析KIF20A在肝細(xì)胞癌中的表達(dá)及臨床預(yù)后意義[J]. 李巖,王偉.  國際腫瘤學(xué)雜志. 2018 (11)



本文編號：3525125