采用第二代Illumina Hi Seq測(cè)序技術(shù)對(duì)閩楠的木質(zhì)部、韌皮部、葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,分別獲得Clean Reads片段41 383 707條、43 343 922條、44 191 586條,經(jīng)轉(zhuǎn)錄本拼接后得到序列總長(zhǎng)度達(dá)120 535 288 bp的383 331條Conting片段,進(jìn)一步組裝得到平均長(zhǎng)度為542 bp的151 729條Unigenes。將閩楠轉(zhuǎn)錄組Unigenes進(jìn)行基因功能注釋,與NR數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)發(fā)現(xiàn),其與葡萄的相似序列最多（34%）,與黃瓜、野草莓、大豆的同源性較低（各占3%）;進(jìn)行GO功能注釋,可將其劃分為生物過程、細(xì)胞成分、分子功能3大類共計(jì)52個(gè)分支,與egg NOG數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)可分為25類,通過KEGG功能注釋可知轉(zhuǎn)錄組中涉及的基因共參與了176條代謝通路,其中核糖體和碳代謝獲得的注釋較多。另外通過MISA軟件分析,共獲得35 972個(gè)SSR位點(diǎn)。其中,單核苷酸、二核苷酸和三核苷酸為優(yōu)勢(shì)重復(fù)類型,SSR位點(diǎn)數(shù)分別為21 762（60.50%）,8 931（24.83%）,4 924（13.69%）。閩楠轉(zhuǎn)錄組分析及基因功能注釋為深入開展閩楠遺傳育種及... 

【文章來源】：植物研究. 2020,40(04)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

KEGG注釋統(tǒng)計(jì)圖

通過Blastx將閩楠轉(zhuǎn)錄組中的Unigene與NR數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，可以獲取本物種基因序列與近緣物種基因序列的相似性以及本物種基因的功能信息，其中有45 036條Unigene有注釋結(jié)果。通過NR庫(kù)比對(duì)注釋的結(jié)果，統(tǒng)計(jì)并繪制比對(duì)上的物種分布圖(見圖1)。閩楠與黃瓜、野草莓、大豆、歐洲大葉楊、碧桃、蓖麻、葡萄都有同源序列分布，其中與葡萄有34%的同源序列，與歐洲大葉楊、碧桃、蓖麻分別有8%、7%、6%的相似序列，在黃瓜、野草莓、大豆中的同源序列較少，均為3%。此外，還有35%的Unigene屬于其他序列，可能包含了閩楠自身特有的與大多數(shù)物種不同的序列。圖2 閩楠轉(zhuǎn)錄組Unigene的GO功能分類

閩楠轉(zhuǎn)錄組Unigene的GO功能分類

【參考文獻(xiàn)】：
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