目的:篩選乳腺癌中差異表達(dá)基因,分析其與乳腺癌預(yù)后的相關(guān)性,研究其對(duì)乳腺癌細(xì)胞增殖和凋亡的影響。方法:利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫中的乳腺癌相關(guān)微陣列數(shù)據(jù)集進(jìn)行生物信息學(xué)分析,得到乳腺癌中的差異表達(dá)基因（DEGs）;通過GO和KEGG分析研究DEGs富集的生物學(xué)功能（BP）和信號(hào)通路。通過PPI網(wǎng)絡(luò)分析以及文獻(xiàn)挖掘,選擇NUF2作為研究對(duì)象;通過公共數(shù)據(jù)庫及臨床標(biāo)本分析NUF2在乳腺癌組織中的表達(dá)及其與乳腺癌臨床病理特征和預(yù)后的相關(guān)性;GSEA分析預(yù)測(cè)NUF2在乳腺癌中可能參與的信號(hào)通路。乳腺癌細(xì)胞MCF-7和MDA-MB-231中轉(zhuǎn)染NUF2 siRNA,RT-qPCR和Western blot驗(yàn)證干擾效率;克隆形成實(shí)驗(yàn)和CCK-8實(shí)驗(yàn)檢測(cè)乳腺癌細(xì)胞增殖能力的變化;流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)乳腺癌細(xì)胞凋亡率的變化。結(jié)果:1.以正常乳腺組織為對(duì)照,在GSE45827,GSE42568,GSE65194和TCGA四個(gè)數(shù)據(jù)集中共篩選到190個(gè)表達(dá)趨勢(shì)一致的DEGs,其中65個(gè)DEGs表達(dá)上調(diào),125個(gè)DEGs表達(dá)下調(diào)。2.GO BP富集分析提示上調(diào)的DEGs主要富集于細(xì)胞分裂、有絲分裂核分裂和有絲分裂細(xì)... 

【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖３．１篩選乳腺癌微陣列數(shù)據(jù)集中的ＤＥＧｓｏＡ－Ｂ．在ＧＳＥ４５８２７，ＧＳＥ４２５６８，??

為標(biāo)準(zhǔn)剔除了?４１個(gè)ＤＥＧｓ，剩余１４９個(gè)ＤＥＧｓ?（５７個(gè)上調(diào)和９２個(gè)下調(diào)的ＤＥＧｓ）??用于構(gòu)建ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)，ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)共顯示１４９個(gè)節(jié)點(diǎn)和９３０條連線，表明１４９個(gè)節(jié)點(diǎn)蛋??白之間存在９３０次相互作用（圖３．３Ａ）。將此ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ軟件，使用??ＭＣＯＤＥ插件，篩選到兩個(gè)功能模塊。模塊１包含３５個(gè)節(jié)點(diǎn)和５７３條連線（圖３．３Ｂ）。??模塊２包含２１個(gè)節(jié)點(diǎn)和１０４條連線（圖３．３Ｃ）�；冢樱悖铮颍逯担吹鞍紫嗷プ饔�??的密切程度，選擇模塊１用于進(jìn)一步分析。??以ＴＣＧＡ數(shù)據(jù)庫中ＤＥＧｓ的ｌｏｇ｜ＦＣ｜值為標(biāo)準(zhǔn)，對(duì)模塊１中的３５個(gè)ＤＥＧｓ進(jìn)行??排序，并選擇排名前１０的ＤＥＧｓ進(jìn)行后續(xù)分析。１０個(gè)ＤＥＧｓ在乳腺癌組織中的表??達(dá)水平均顯著升高，是正常乳腺姐織的１０倍（ｌ〇ｇ｜ＦＣ｜彡３．４２）以上，但文獻(xiàn)挖掘??發(fā)現(xiàn)，ＵＢＥ２Ｃ，?ＡＳＰＭ，ＢＩＲＣ５，?ＴＯＰ２Ａ，ＫＩＦ２０Ａ，ＣＥＰ５５，?ＴＰＸ２，?ＮＥＫ２?和?ＡＮＬＮ??都已被證明與乳腺癌發(fā)生發(fā)展或預(yù)后相關(guān)

使用Ｏｎｃｏｍｉｎｅ?（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ／）數(shù)據(jù)庫分析乳腺癌組織中ＮＵＦ２??ｍＲＮＡ的表達(dá)［３Ｑ】，結(jié)果在三個(gè)不同的數(shù)據(jù)集中均發(fā)現(xiàn)乳腺癌組織中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ??的表達(dá)水平顯著高于正常乳腺組織（／Ｋ０．００１）（圖３．４Ａ，Ｂ和Ｃ）。為了進(jìn)一步驗(yàn)??證，本研究通過ＲＴ－ｑＰＣＲ檢測(cè)４２對(duì)乳腺癌病灶組織及癌旁組織中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ??的表迖。與數(shù)據(jù)庫分析的結(jié)果一致，乳腺癌病灶組織中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ的表達(dá)顯著??高于癌旁組織（ｐ＜０．００１）（圖３．４Ｄ）。??ＩＪ???Ｂ?３．５?—ｒ??１０?ｐ＜?０．００１?？?卜?ｐ＜?０．００１??。Ｊ?Ｊ?Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ?＝?９．２４５??苦?３?０?Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ?＝?１．３７０??ｆ?Ｉ?Ｅｉ?ｉ：５??ｓ?ｖ，?－ｉ．５?＾?？＝??＿?？琴??１１１?Ｂ?Ｈ?一?Ｂ??＾?ｉ?－７．〇?＿?????導(dǎo)？，〇?＿＿?—??Ｂｒｅａｓｔ?Ｉｎｖａｓｉｖｅ?Ｂｒｅａｓｔ?Ｃａｒｃｉｎｏｍａ?Ｂｒｅａｓｔ?Ｉｎｖａｓｉｖｅ?Ｄｕｃｔａｌ?Ｂｒｅａｓｔ???（ｎ＊６１）??（ｎ?■?７６）?（ｎ?■?１４４）?Ｃａｒｃｉｎｏｍａ?（ｎ?面?１５?Ｖ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(20)



本文編號(hào)：3491872