目的:篩選乳腺癌中差異表達基因,分析其與乳腺癌預后的相關(guān)性,研究其對乳腺癌細胞增殖和凋亡的影響。方法:利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫中的乳腺癌相關(guān)微陣列數(shù)據(jù)集進行生物信息學分析,得到乳腺癌中的差異表達基因（DEGs）;通過GO和KEGG分析研究DEGs富集的生物學功能（BP）和信號通路。通過PPI網(wǎng)絡分析以及文獻挖掘,選擇NUF2作為研究對象;通過公共數(shù)據(jù)庫及臨床標本分析NUF2在乳腺癌組織中的表達及其與乳腺癌臨床病理特征和預后的相關(guān)性;GSEA分析預測NUF2在乳腺癌中可能參與的信號通路。乳腺癌細胞MCF-7和MDA-MB-231中轉(zhuǎn)染NUF2 siRNA,RT-qPCR和Western blot驗證干擾效率;克隆形成實驗和CCK-8實驗檢測乳腺癌細胞增殖能力的變化;流式細胞術(shù)檢測乳腺癌細胞凋亡率的變化。結(jié)果:1.以正常乳腺組織為對照,在GSE45827,GSE42568,GSE65194和TCGA四個數(shù)據(jù)集中共篩選到190個表達趨勢一致的DEGs,其中65個DEGs表達上調(diào),125個DEGs表達下調(diào)。2.GO BP富集分析提示上調(diào)的DEGs主要富集于細胞分裂、有絲分裂核分裂和有絲分裂細... 

【文章來源】：浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３．１篩選乳腺癌微陣列數(shù)據(jù)集中的ＤＥＧｓｏＡ－Ｂ．在ＧＳＥ４５８２７，ＧＳＥ４２５６８，??

為標準剔除了?４１個ＤＥＧｓ，剩余１４９個ＤＥＧｓ?（５７個上調(diào)和９２個下調(diào)的ＤＥＧｓ）??用于構(gòu)建ＰＰＩ網(wǎng)絡，ＰＰＩ網(wǎng)絡共顯示１４９個節(jié)點和９３０條連線，表明１４９個節(jié)點蛋??白之間存在９３０次相互作用（圖３．３Ａ）。將此ＰＰＩ網(wǎng)絡導入Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ軟件，使用??ＭＣＯＤＥ插件，篩選到兩個功能模塊。模塊１包含３５個節(jié)點和５７３條連線（圖３．３Ｂ）。??模塊２包含２１個節(jié)點和１０４條連線（圖３．３Ｃ）�；冢樱悖铮颍逯�，即蛋白相互作用??的密切程度，選擇模塊１用于進一步分析。??以ＴＣＧＡ數(shù)據(jù)庫中ＤＥＧｓ的ｌｏｇ｜ＦＣ｜值為標準，對模塊１中的３５個ＤＥＧｓ進行??排序，并選擇排名前１０的ＤＥＧｓ進行后續(xù)分析。１０個ＤＥＧｓ在乳腺癌組織中的表??達水平均顯著升高，是正常乳腺姐織的１０倍（ｌ〇ｇ｜ＦＣ｜彡３．４２）以上，但文獻挖掘??發(fā)現(xiàn)，ＵＢＥ２Ｃ，?ＡＳＰＭ，ＢＩＲＣ５，?ＴＯＰ２Ａ，ＫＩＦ２０Ａ，ＣＥＰ５５，?ＴＰＸ２，?ＮＥＫ２?和?ＡＮＬＮ??都已被證明與乳腺癌發(fā)生發(fā)展或預后相關(guān)

使用Ｏｎｃｏｍｉｎｅ?（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ／）數(shù)據(jù)庫分析乳腺癌組織中ＮＵＦ２??ｍＲＮＡ的表達［３Ｑ】，結(jié)果在三個不同的數(shù)據(jù)集中均發(fā)現(xiàn)乳腺癌組織中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ??的表達水平顯著高于正常乳腺組織（／Ｋ０．００１）（圖３．４Ａ，Ｂ和Ｃ）。為了進一步驗??證，本研究通過ＲＴ－ｑＰＣＲ檢測４２對乳腺癌病灶組織及癌旁組織中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ??的表迖。與數(shù)據(jù)庫分析的結(jié)果一致，乳腺癌病灶組織中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ的表達顯著??高于癌旁組織（ｐ＜０．００１）（圖３．４Ｄ）。??ＩＪ???Ｂ?３．５?—ｒ??１０?ｐ＜?０．００１?？?卜?ｐ＜?０．００１??。Ｊ?Ｊ?Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ?＝?９．２４５??苦?３?０?Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ?＝?１．３７０??ｆ?Ｉ?Ｅｉ?ｉ：５??ｓ?ｖ，?－ｉ．５?＾?？＝??＿?？琴??１１１?Ｂ?Ｈ?一?Ｂ??＾?ｉ?－７．〇?＿?????導？，〇?＿＿?—??Ｂｒｅａｓｔ?Ｉｎｖａｓｉｖｅ?Ｂｒｅａｓｔ?Ｃａｒｃｉｎｏｍａ?Ｂｒｅａｓｔ?Ｉｎｖａｓｉｖｅ?Ｄｕｃｔａｌ?Ｂｒｅａｓｔ???（ｎ＊６１）??（ｎ?■?７６）?（ｎ?■?１４４）?Ｃａｒｃｉｎｏｍａ?（ｎ?面?１５?Ｖ

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(20)



本文編號：3491872