鴨坦布蘇病毒（Duck tembusu virus,DTMUV）是黃病毒科（Flaviviridae）的成員,可感染多種水禽,引起產(chǎn)蛋下降,該病傳播迅速,給水禽業(yè)造成了嚴(yán)重經(jīng)濟(jì)損失。microRNAs（miRNAs）是一類長度約為22nt的非編碼小RNA,主要在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)基因表達(dá),參與免疫反應(yīng)和病毒感染等多種生物學(xué)進(jìn)程。然而miRNAs在DTMUV感染鴨胚成纖維細(xì)胞（Duck embryo fibroblast,DEF）中的生物學(xué)功能至今尚未見報(bào)道。因此,本研究通過高通量測(cè)序技術(shù)獲得DTMUV感染宿主細(xì)胞DEF的miRNAs表達(dá)譜,并選擇表達(dá)差異顯著的miR-221-3p作為研究對(duì)象,探討miR-221-3p及其靶基因SOCS5對(duì)DTMUV復(fù)制的影響。1 DTMUV感染DEF差異表達(dá)miRNAs的篩選DTMUV CQW株感染DEF,36h后收集細(xì)胞提取總RNA,通過Illumina高通量測(cè)序技術(shù)獲得287個(gè)已知miRNAs和63個(gè)新miRNAs;分析發(fā)現(xiàn)感染組中有26個(gè)已知miRNAs和22個(gè)新miRNAs的表達(dá)量發(fā)生了變化,其中有37個(gè)miRNAs表達(dá)量上調(diào),11個(gè)miRNAs表... 

【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

DTMUV感染DEF后觀察CPEDTMUV感染DEF后不同時(shí)間點(diǎn)出現(xiàn)的CPE，且以未感染的細(xì)胞作為對(duì)照

11圖2-2Westernblot檢測(cè)DTMUV感染DEF后病毒E蛋白的表達(dá)變化Westernblot檢測(cè)DTMUV感染DEF不同時(shí)間點(diǎn)E蛋白的表達(dá)量，β-actin的表達(dá)作為內(nèi)參對(duì)照。Fig.2-2ThechangeofviralEproteinexpressioninDTMUV-infectedDEFwasdetectedbywesternblotTheEproteinexpressioninDTMUV-infectedDEFatdifferenttimeswasdetectectedviawesternblot.β-actinwasusedasaninternalcontrol.3.2測(cè)序數(shù)據(jù)分析DTMUV感染DEF并設(shè)置未感染對(duì)照組，每組各三個(gè)生物學(xué)重復(fù)，感染36h時(shí)，收集細(xì)胞提取總RNA，進(jìn)行高通量測(cè)序。為了檢測(cè)DTMUV感染DEFmiRNAs表達(dá)量的變化，首先構(gòu)建了兩個(gè)小RNA文庫（感染組和未感染組）。通過對(duì)兩個(gè)文庫中的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行處理后，從感染組和未感染組文庫中，分別獲得了10522901和10231776個(gè)cleanreads（表2-2）。然后，對(duì)長度分布在18-30nt之間的序列進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，結(jié)果顯示，大多數(shù)序列的長度都分布在22-23nt，其中長度為22nt的序列是最多的，在感染組和未感染組中各占24.62%和33.88%（圖2-3）。miRNAs的長度主要集中在22nt左右，這個(gè)結(jié)果說明試驗(yàn)中檢測(cè)到的大多數(shù)小RNA都是miRNAs。將經(jīng)過處理的cleanreads進(jìn)行分類注釋，盡可能排除其它不是miRNAs的序列，分類注釋結(jié)果如表2-2所示。

12表2-2小RNAs測(cè)序數(shù)據(jù)總結(jié)Table2-2SummaryofsmallRNAssequencingdataCategoriesDTMUV1DTMUV2DTMUV3Uninfect1Uninfect2Uninfect3Cleanreads9197959105229011098129897310511100915410231776misc_RNA34416153612382285921173pseudogene2518159133rRNA328652489229287142ribozyme443345343619scaRNA64874012389651034768snRNA234335232796186520461123snoRNA362764106151976380244433527791miRNAs223568233331073956361468713159646555987636圖2-3DTMUV感染和未感染DEF中小RNA的長度分布X軸表示cleanreads的長度，Y軸表示不同長度reads所占的百分比Fig.2-3LengthdistributionsofsmallRNAsinDTMUV-infectedanduninfectedDEFThex-axisrepresentsthelengthofcleanreads.They-axisindicatesthefrequencypercentageofdifferentlengthreads.

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3451892