鴨坦布蘇病毒（Duck tembusu virus,DTMUV）是黃病毒科（Flaviviridae）的成員,可感染多種水禽,引起產(chǎn)蛋下降,該病傳播迅速,給水禽業(yè)造成了嚴重經(jīng)濟損失。microRNAs（miRNAs）是一類長度約為22nt的非編碼小RNA,主要在轉錄后水平調(diào)節(jié)基因表達,參與免疫反應和病毒感染等多種生物學進程。然而miRNAs在DTMUV感染鴨胚成纖維細胞（Duck embryo fibroblast,DEF）中的生物學功能至今尚未見報道。因此,本研究通過高通量測序技術獲得DTMUV感染宿主細胞DEF的miRNAs表達譜,并選擇表達差異顯著的miR-221-3p作為研究對象,探討miR-221-3p及其靶基因SOCS5對DTMUV復制的影響。1 DTMUV感染DEF差異表達miRNAs的篩選DTMUV CQW株感染DEF,36h后收集細胞提取總RNA,通過Illumina高通量測序技術獲得287個已知miRNAs和63個新miRNAs;分析發(fā)現(xiàn)感染組中有26個已知miRNAs和22個新miRNAs的表達量發(fā)生了變化,其中有37個miRNAs表達量上調(diào),11個miRNAs表... 

【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學四川省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

DTMUV感染DEF后觀察CPEDTMUV感染DEF后不同時間點出現(xiàn)的CPE，且以未感染的細胞作為對照

11圖2-2Westernblot檢測DTMUV感染DEF后病毒E蛋白的表達變化Westernblot檢測DTMUV感染DEF不同時間點E蛋白的表達量，β-actin的表達作為內(nèi)參對照。Fig.2-2ThechangeofviralEproteinexpressioninDTMUV-infectedDEFwasdetectedbywesternblotTheEproteinexpressioninDTMUV-infectedDEFatdifferenttimeswasdetectectedviawesternblot.β-actinwasusedasaninternalcontrol.3.2測序數(shù)據(jù)分析DTMUV感染DEF并設置未感染對照組，每組各三個生物學重復，感染36h時，收集細胞提取總RNA，進行高通量測序。為了檢測DTMUV感染DEFmiRNAs表達量的變化，首先構建了兩個小RNA文庫（感染組和未感染組）。通過對兩個文庫中的原始數(shù)據(jù)進行處理后，從感染組和未感染組文庫中，分別獲得了10522901和10231776個cleanreads（表2-2）。然后，對長度分布在18-30nt之間的序列進行統(tǒng)計，結果顯示，大多數(shù)序列的長度都分布在22-23nt，其中長度為22nt的序列是最多的，在感染組和未感染組中各占24.62%和33.88%（圖2-3）。miRNAs的長度主要集中在22nt左右，這個結果說明試驗中檢測到的大多數(shù)小RNA都是miRNAs。將經(jīng)過處理的cleanreads進行分類注釋，盡可能排除其它不是miRNAs的序列，分類注釋結果如表2-2所示。

12表2-2小RNAs測序數(shù)據(jù)總結Table2-2SummaryofsmallRNAssequencingdataCategoriesDTMUV1DTMUV2DTMUV3Uninfect1Uninfect2Uninfect3Cleanreads9197959105229011098129897310511100915410231776misc_RNA34416153612382285921173pseudogene2518159133rRNA328652489229287142ribozyme443345343619scaRNA64874012389651034768snRNA234335232796186520461123snoRNA362764106151976380244433527791miRNAs223568233331073956361468713159646555987636圖2-3DTMUV感染和未感染DEF中小RNA的長度分布X軸表示cleanreads的長度，Y軸表示不同長度reads所占的百分比Fig.2-3LengthdistributionsofsmallRNAsinDTMUV-infectedanduninfectedDEFThex-axisrepresentsthelengthofcleanreads.They-axisindicatesthefrequencypercentageofdifferentlengthreads.

【參考文獻】：
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碩士論文
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本文編號：3451892