利用蛋白組學(xué)挖掘小麥赤霉病抗性相關(guān)基因
發(fā)布時(shí)間:2021-10-19 13:05
赤霉病是一種毀壞性的小麥病害,可導(dǎo)致減產(chǎn)并影響籽粒品質(zhì)。高通量的蛋白組學(xué)技術(shù)的發(fā)展,使得鑒定抗病相關(guān)基因成為可能。由于采用單一基因型為背景材料,前人在小麥與赤霉菌互作蛋白組學(xué)方面的研究具有一定的局限性。本研究使用了非標(biāo)蛋白組學(xué)技術(shù),針對(duì)混池的小麥穗軸,鑒定了多個(gè)基因型背景下四個(gè)混合樣品池的蛋白表達(dá)水平:抗病接種池(RF),抗病對(duì)照池(RC),感病接種池(SF)和感病對(duì)照池(SC)。比較蛋白組學(xué)發(fā)現(xiàn),RF與RC之間有126個(gè)差異蛋白,SF與SC之間133個(gè),RF與SF之間115個(gè)。通過將鑒定到的所有蛋白比對(duì)至中國(guó)春參考基因組,同時(shí)搜索文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫,本研究構(gòu)建了 17小麥赤霉病一致性抗病QTL(quantitative traitlocus)圖譜,并將蛋白映射到這些區(qū)間中,共404個(gè)蛋白落入對(duì)應(yīng)的QTL區(qū)間,其中有38個(gè)差異表達(dá)蛋白,這些蛋白為克隆相關(guān)QTL提供候選基因。本研究利用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)(Weightedcorrelation network analysis,WGCNA)對(duì)蛋白表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析,以期發(fā)現(xiàn)與抗、感病關(guān)聯(lián)的核心調(diào)控蛋白。結(jié)果共構(gòu)建了 23個(gè)蛋白表達(dá)模塊,藍(lán)色模塊中...
【文章來源】:揚(yáng)州大學(xué)江蘇省
【文章頁數(shù)】:54 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖2樣品SDS-PAGE電泳圖??Figure?2?SDS-PAGE?for?samples??
2.3.3非標(biāo)記蛋白鑒定??Label-Free非標(biāo)記蛋白定量技術(shù)共鑒定到超過4500個(gè)小麥族蛋白,其中有定量數(shù)據(jù)的??共3550個(gè)。大部分蛋白的肽段覆蓋率都在30%以下,分子量集中在10-60kDa?(圖3〉。從??marker?RC1?RC2?RC3?SCI?SC2?SC3?RF1?RF2?RF3?marker?SF1?SF2?SF3??::_腳1||?:?“??2〇kd?9HB??^13,2議隳S鶼??一漏?S£fS?灘驅(qū),1SKD(1i??騰%???10KD???圖2樣品SDS-PAGE電泳圖??Figure?2?SDS-PAGE?for?samples??A-i?823?b,mo]?-??s:iijiii,^i7?I:?iiiiin?i??Hl.l丨剛購^lilllllllllitl??肽段覆s率(%)?分子量<kDa)??IC?D,〇〇〇,.-??1600?■?I??jtt??[liniiL.??1?2?3?4?5?6-9?10-19?20-29?>30?\?2?3-4?5-6?7-8?9-10?11-12?13-14?15-16?17-33??匹配肽段數(shù)?唯一肽段數(shù)??圖3非標(biāo)蛋白定量分布。A,肽段覆蓋率分布;B:分子量分布;C,匹配肽段數(shù)分布;D,蛋白唯??一肽段數(shù)分布。??Figure?3?Label-free?quantification.?A
2.3.4比較蛋白組學(xué)??2.3.4.?1接種混池和對(duì)照混池的比較??抗病接種組RF和抗病對(duì)照組RC之間的差異蛋白共126個(gè)(圖4),其中99個(gè)蛋白??mm??RF?va.?RC?SF??>.?SC?RC?SC?RF?v.v.?SF??圖4差異蛋白的韋恩圖。RFv5.?RC:?RF池和RC池間的比較;SFv&SC:?SF池和SC池間的比??較;RCw.SC:?RC池和SC池間的比較;RFv^.SF:?RF池和SF池間的比較??Figure?4?Venn?diagram?depicting?the?number?of?differentially?accumulated?proteins.?RF?vs.?RC:??Comparison?between?RF?and?RC;?SF?vs.?SC:?Com
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]中國(guó)小麥品種抗赤霉病基因Fhb1的鑒定與溯源[J]. 朱展望,徐登安,程順和,高春保,夏先春,郝元峰,何中虎. 作物學(xué)報(bào). 2018(04)
[2]植物熱激蛋白90的分子作用機(jī)理及其利用研究進(jìn)展[J]. 裴麗麗,徐兆師,尹麗娟,李連城,陳明,郭玉華,馬有志. 植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2013(01)
[3]中國(guó)小麥赤霉病的危害及抗性遺傳改良[J]. 程順和,張勇,別同德,高德榮,張伯橋. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2012(05)
[4]應(yīng)用熒光光譜法研究植物L(fēng)EA3蛋白11-氨基酸基序的保護(hù)功能[J]. 劉昀,鄧銀霞,張玉芹,徐宏,鄭易之. 光譜學(xué)與光譜分析. 2011(06)
[5]植物細(xì)胞色素P450基因與功能研究進(jìn)展[J]. 賀麗虹,趙淑娟,胡之璧. 藥物生物技術(shù). 2008(02)
[6]植物中活性氧的產(chǎn)生及清除機(jī)制[J]. 杜秀敏,殷文璇,趙彥修,張慧. 生物工程學(xué)報(bào). 2001(02)
[7]植物胚胎發(fā)育后期富集(LEA)蛋白的研究進(jìn)展[J]. 湯學(xué)軍,傅家瑞. 植物學(xué)通報(bào). 1997(01)
本文編號(hào):3444929
【文章來源】:揚(yáng)州大學(xué)江蘇省
【文章頁數(shù)】:54 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖2樣品SDS-PAGE電泳圖??Figure?2?SDS-PAGE?for?samples??
2.3.3非標(biāo)記蛋白鑒定??Label-Free非標(biāo)記蛋白定量技術(shù)共鑒定到超過4500個(gè)小麥族蛋白,其中有定量數(shù)據(jù)的??共3550個(gè)。大部分蛋白的肽段覆蓋率都在30%以下,分子量集中在10-60kDa?(圖3〉。從??marker?RC1?RC2?RC3?SCI?SC2?SC3?RF1?RF2?RF3?marker?SF1?SF2?SF3??::_腳1||?:?“??2〇kd?9HB??^13,2議隳S鶼??一漏?S£fS?灘驅(qū),1SKD(1i??騰%???10KD???圖2樣品SDS-PAGE電泳圖??Figure?2?SDS-PAGE?for?samples??A-i?823?b,mo]?-??s:iijiii,^i7?I:?iiiiin?i??Hl.l丨剛購^lilllllllllitl??肽段覆s率(%)?分子量<kDa)??IC?D,〇〇〇,.-??1600?■?I??jtt??[liniiL.??1?2?3?4?5?6-9?10-19?20-29?>30?\?2?3-4?5-6?7-8?9-10?11-12?13-14?15-16?17-33??匹配肽段數(shù)?唯一肽段數(shù)??圖3非標(biāo)蛋白定量分布。A,肽段覆蓋率分布;B:分子量分布;C,匹配肽段數(shù)分布;D,蛋白唯??一肽段數(shù)分布。??Figure?3?Label-free?quantification.?A
2.3.4比較蛋白組學(xué)??2.3.4.?1接種混池和對(duì)照混池的比較??抗病接種組RF和抗病對(duì)照組RC之間的差異蛋白共126個(gè)(圖4),其中99個(gè)蛋白??mm??RF?va.?RC?SF??>.?SC?RC?SC?RF?v.v.?SF??圖4差異蛋白的韋恩圖。RFv5.?RC:?RF池和RC池間的比較;SFv&SC:?SF池和SC池間的比??較;RCw.SC:?RC池和SC池間的比較;RFv^.SF:?RF池和SF池間的比較??Figure?4?Venn?diagram?depicting?the?number?of?differentially?accumulated?proteins.?RF?vs.?RC:??Comparison?between?RF?and?RC;?SF?vs.?SC:?Com
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]中國(guó)小麥品種抗赤霉病基因Fhb1的鑒定與溯源[J]. 朱展望,徐登安,程順和,高春保,夏先春,郝元峰,何中虎. 作物學(xué)報(bào). 2018(04)
[2]植物熱激蛋白90的分子作用機(jī)理及其利用研究進(jìn)展[J]. 裴麗麗,徐兆師,尹麗娟,李連城,陳明,郭玉華,馬有志. 植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2013(01)
[3]中國(guó)小麥赤霉病的危害及抗性遺傳改良[J]. 程順和,張勇,別同德,高德榮,張伯橋. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2012(05)
[4]應(yīng)用熒光光譜法研究植物L(fēng)EA3蛋白11-氨基酸基序的保護(hù)功能[J]. 劉昀,鄧銀霞,張玉芹,徐宏,鄭易之. 光譜學(xué)與光譜分析. 2011(06)
[5]植物細(xì)胞色素P450基因與功能研究進(jìn)展[J]. 賀麗虹,趙淑娟,胡之璧. 藥物生物技術(shù). 2008(02)
[6]植物中活性氧的產(chǎn)生及清除機(jī)制[J]. 杜秀敏,殷文璇,趙彥修,張慧. 生物工程學(xué)報(bào). 2001(02)
[7]植物胚胎發(fā)育后期富集(LEA)蛋白的研究進(jìn)展[J]. 湯學(xué)軍,傅家瑞. 植物學(xué)通報(bào). 1997(01)
本文編號(hào):3444929
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