小麥γ-醇溶蛋白基因鑒定與mRNA表達(dá)量的全基因組關(guān)聯(lián)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-10-12 20:13
小麥面筋蛋白的組分與含量共同決定小麥面粉的加工品質(zhì),而小麥醇溶蛋白是面筋蛋白的重要成分之一,占其總量的50%左右。醇溶蛋白主要決定小麥面筋的粘性和延展性,在醇溶蛋白中,γ-醇溶蛋白與小麥的品質(zhì)具有顯著的相關(guān)性。本研究以?xún)?yōu)質(zhì)強(qiáng)筋小麥品種鄭麥379為材料,針對(duì)γ-醇溶蛋白家族基因進(jìn)行克隆,并進(jìn)行乳糜瀉基因抗原位點(diǎn)的預(yù)測(cè),利用轉(zhuǎn)錄組技術(shù),計(jì)算克隆出的基因在120份自然群體材料中的表達(dá)水平,結(jié)合其品質(zhì)指標(biāo)的測(cè)定結(jié)果,利用相關(guān)性分析,分析γ-醇溶蛋白基因?qū)π←湼鱾(gè)品質(zhì)指標(biāo)的效應(yīng),基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),進(jìn)行m RNA表達(dá)水平的全基因組關(guān)聯(lián)分析,其研究結(jié)果如下:(1)利用簡(jiǎn)并PCR技術(shù),從鄭麥379中克隆130條γ-醇溶蛋白基因,其中包含50條具有完整開(kāi)放閱讀框的基因序列,分析氨基酸序列的結(jié)構(gòu)特征并構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)發(fā)現(xiàn),在50條完整的基因序列中,均含有8保守位置的半胱氨酸殘基,具有典型的γ-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)特征。序列Gli-γ-001Gli-γ-008除半胱氨酸位置相同之外,在其它位置編碼的氨基酸明顯不同與其它序列。進(jìn)化樹(shù)分析結(jié)果,將其分成4個(gè)分支,Ⅰ分支屬于新型γ-醇溶蛋白多基因亞家族,...
【文章來(lái)源】:河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省
【文章頁(yè)數(shù)】:63 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
α-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[12]
3發(fā)現(xiàn),在起始重復(fù)區(qū)域,含有多余或者缺失一個(gè)半胱氨酸的γ-醇溶蛋白基因,這可能造成其功能發(fā)生改變[17]。Anderson等發(fā)現(xiàn)大概25%的γ-醇溶蛋白,包含奇數(shù)個(gè)半胱氨酸殘基,可以與麥谷蛋白多聚體連接形成分子間二硫鍵,進(jìn)一步影響面粉的品質(zhì)[18]。圖3所示,ω-醇溶蛋白基因與其他幾類(lèi)蛋白相比,結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單,其推導(dǎo)氨基酸結(jié)構(gòu)由以下幾部分構(gòu)成:由19~20個(gè)氨基酸殘基組成的信號(hào)肽區(qū)、10~11個(gè)氨基酸殘基組成的N末端非重復(fù)Ⅰ區(qū)、11個(gè)氨基酸殘基組成的N末端非重復(fù)Ⅰ區(qū)、占整個(gè)蛋白質(zhì)序列90~96%的重復(fù)Ⅱ區(qū)和含10~11個(gè)氨基酸殘基的C末端Ⅲ區(qū),因?yàn)棣?醇溶蛋白中不含有半胱氨酸和甲硫氨酸,所以不能參與分子內(nèi)二硫鍵的形成[19]。圖1α-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[12]Figure1α-gliadinstructurepatterndiagram圖2γ-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[13]Figure2γ-gliadinstructurepatterndiagram圖3ω-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[18]Figure3ω-gliadinstructurepatterndiagram1.1.3醇溶蛋白與小麥品質(zhì)的關(guān)系小麥品質(zhì)主要包括籽粒形態(tài)品質(zhì)、加工品質(zhì)和營(yíng)養(yǎng)品質(zhì),其中加工品質(zhì)又可分為一次加工品質(zhì)和二次加工品質(zhì),一次加工品質(zhì)又稱(chēng)為制粉品質(zhì),主要包括面粉灰分、籽粒硬度、容重、面粉白度、面粉水分和出粉率等;二次加工品質(zhì),即食品制作品質(zhì),主要包括面粉的濕面筋含量、吸水率、面團(tuán)形成時(shí)間、穩(wěn)定時(shí)間、面團(tuán)拉伸面積和面粉的糊化特性等。在小麥的加工中,二次加工品質(zhì)尤為重要,小麥中的醇溶蛋白和麥谷蛋白的含量共同影響面粉的粘性、延展性和彈性等方面的品質(zhì)[20]。小麥營(yíng)養(yǎng)品質(zhì)主要包括蛋白質(zhì)、淀粉、脂肪、核酸、維生素、礦物質(zhì)的含量和質(zhì)量等,且它們共同影響小麥面粉的品質(zhì)。李志西等通過(guò)分析蛋白
193.2.7田間試驗(yàn)方法120份小麥自然群體于2017~2018年種植在河南原陽(yáng)縣,種植采用隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì)的方法,按4行區(qū)進(jìn)行種植,每個(gè)小區(qū)行長(zhǎng)2m,株距6cm,田間管理均按當(dāng)?shù)卦囼?yàn)田進(jìn)行。抽穗后去除雜株,生長(zhǎng)期內(nèi)沒(méi)有發(fā)生嚴(yán)重病蟲(chóng)害及倒伏情況。4結(jié)果與分析4.1γ-醇溶蛋白基因序列分析4.1.1γ-醇溶蛋白基因的克隆及序列分析根據(jù)NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)數(shù)據(jù)庫(kù)中已知的γ-醇溶蛋白基因序列,設(shè)計(jì)24對(duì)簡(jiǎn)并引物,以鄭麥379基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,產(chǎn)物通過(guò)1.2%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行分離。如圖4所示,每對(duì)引物均得到單一的目的條帶,片段大小介于750bp~1000bp之間,大小約為1000bp的條帶有8條,約為750bp的條帶有16條。將24個(gè)目的片段回收純化后分別連接到pEASY-Blunt3-CloningVector載體上,用含有Amp+的LB培養(yǎng)基篩選陽(yáng)性單克隆,并送樣測(cè)序。分析發(fā)現(xiàn),1、4以及7號(hào)引物擴(kuò)增得到的γ-醇溶蛋白基因序列較多,分別為9、10、15條,而14、15、16、17號(hào)引物均得到8條γ-醇溶蛋白基因序列,其余引物擴(kuò)增得到1~7條序列不等,共計(jì)克隆得到130條γ-醇溶蛋白基因序列(圖5),具體每個(gè)γ-醇溶蛋白基因序列長(zhǎng)度及所對(duì)應(yīng)的引物見(jiàn)表4。利用BiloEdit軟件對(duì)130條序列進(jìn)行開(kāi)放讀碼框預(yù)測(cè),有50條序列具有完整的開(kāi)放讀碼框,編碼240~340個(gè)氨基酸殘基。圖4鄭麥379γ-醇溶蛋白基因的PCR擴(kuò)增Figure4PCRAmplificationofγ-gliadingenesfromcommonwheatcultivarZhengmai379注:M:DL2000分子量標(biāo)準(zhǔn)Not:M:DL2000Marker
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]使用面筋峰值儀快速評(píng)價(jià)小麥品質(zhì)的研究[J]. 宋亞博,宋斌,麻琦,趙仁勇. 河南工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(05)
[2]小麥營(yíng)養(yǎng)和健康品質(zhì)研究進(jìn)展[J]. 張勇,郝元峰,張艷,何心堯,夏先春,何中虎. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(22)
[3]鄭麥366γ-醇溶蛋白基因的克隆、系統(tǒng)進(jìn)化和乳糜瀉毒性分析[J]. 李黎,李玉閣,李鎖平. 河南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(05)
[4]Allele and haplotype frequencies for HLA-DQ in Iranian celiac disease patients[J]. Mohammad Rostami-Nejad,Jihane Romanos,Kamran Rostami,Azita Ganji,Mohammad Javad Ehsani-Ardakani,Ali-Reza Bakhshipour,Homayoun Zojaji,Seyed Reza Mohebbi,Mohammad-Reza Zali,Cisca Wijmenga. World Journal of Gastroenterology. 2014(20)
[5]優(yōu)質(zhì)強(qiáng)筋高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)小麥新品種鄭麥379的選育及栽培技術(shù)[J]. 楊會(huì)民,雷振生,吳政卿,王美芳,何寧,何盛蓮,晁岳恩,周正富. 作物雜志. 2014(01)
[6]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[7]RNA干擾及其在植物中的研究進(jìn)展[J]. 張森浩,嚴(yán)學(xué)兵,王成章,文開(kāi)新,許來(lái)俊. 草業(yè)科學(xué). 2011(05)
[8]小麥品種陜253γ-醇溶蛋白基因的克隆、原核表達(dá)與功能鑒定[J]. 王明霞,高翔,陳其皎,董劍,趙萬(wàn)春,李艷亮,李敏. 作物學(xué)報(bào). 2011(01)
[9]中國(guó)小麥育種進(jìn)展與展望[J]. 何中虎,夏先春,陳新民,莊巧生. 作物學(xué)報(bào). 2011(02)
[10]小麥品種陜253ω-醇溶蛋白基因的克隆及序列分析[J]. 李敏,高翔,陳其皎,董劍,趙萬(wàn)春,李艷亮,王明霞,陳瑞佶,龐紅喜,李哲清,劉俊. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2010(05)
博士論文
[1]普通小麥和中國(guó)節(jié)節(jié)麥LMW-GS,α-,γ-醇溶蛋白基因的克隆與序列分析[D]. 李玉閣.河南大學(xué) 2014
[2]河南小麥生產(chǎn)潛力及發(fā)展戰(zhàn)略研究[D]. 王學(xué)強(qiáng).西北農(nóng)林科技大學(xué) 2007
碩士論文
[1]小麥γ-醇溶蛋白基因TaWG05克隆及其啟動(dòng)子分析[D]. 齊豫川.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]基于RNA-Seq的小麥產(chǎn)量性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 李洪娜.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]小麥穗發(fā)育時(shí)期轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及差異表達(dá)基因的分析[D]. 李哲.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]利用基因芯片技術(shù)進(jìn)行小麥遺傳圖譜構(gòu)建及株型相關(guān)性狀的QTL定位[D]. 連俊方.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[5]小麥莖稈水溶性碳水化合物合成基因TaSST的克隆、功能標(biāo)記開(kāi)發(fā)和關(guān)聯(lián)分析[D]. 董艷.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
[6]小麥品質(zhì)相關(guān)γ類(lèi)醇溶蛋白基因TaWG04的克隆與表達(dá)分析[D]. 劉聰聰.鄭州大學(xué) 2016
[7]基于RNA-seq的油菜抗旱基因的高通量克隆和功能分析[D]. 李艷萍.河南大學(xué) 2015
[8]小麥貯藏蛋白組分含量與成品加工品質(zhì)主要參數(shù)的關(guān)系及其全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 趙德輝.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2015
[9]優(yōu)質(zhì)麥籽發(fā)育轉(zhuǎn)錄組構(gòu)建及品質(zhì)相關(guān)基因的挖掘[D]. 謝瑩.鄭州大學(xué) 2014
[10]小麥品種陜253γ-醇溶蛋白基因序列克隆、原核表達(dá)及功能鑒定[D]. 王明霞.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
本文編號(hào):3433230
【文章來(lái)源】:河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省
【文章頁(yè)數(shù)】:63 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
α-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[12]
3發(fā)現(xiàn),在起始重復(fù)區(qū)域,含有多余或者缺失一個(gè)半胱氨酸的γ-醇溶蛋白基因,這可能造成其功能發(fā)生改變[17]。Anderson等發(fā)現(xiàn)大概25%的γ-醇溶蛋白,包含奇數(shù)個(gè)半胱氨酸殘基,可以與麥谷蛋白多聚體連接形成分子間二硫鍵,進(jìn)一步影響面粉的品質(zhì)[18]。圖3所示,ω-醇溶蛋白基因與其他幾類(lèi)蛋白相比,結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單,其推導(dǎo)氨基酸結(jié)構(gòu)由以下幾部分構(gòu)成:由19~20個(gè)氨基酸殘基組成的信號(hào)肽區(qū)、10~11個(gè)氨基酸殘基組成的N末端非重復(fù)Ⅰ區(qū)、11個(gè)氨基酸殘基組成的N末端非重復(fù)Ⅰ區(qū)、占整個(gè)蛋白質(zhì)序列90~96%的重復(fù)Ⅱ區(qū)和含10~11個(gè)氨基酸殘基的C末端Ⅲ區(qū),因?yàn)棣?醇溶蛋白中不含有半胱氨酸和甲硫氨酸,所以不能參與分子內(nèi)二硫鍵的形成[19]。圖1α-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[12]Figure1α-gliadinstructurepatterndiagram圖2γ-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[13]Figure2γ-gliadinstructurepatterndiagram圖3ω-醇溶蛋白結(jié)構(gòu)模式圖[18]Figure3ω-gliadinstructurepatterndiagram1.1.3醇溶蛋白與小麥品質(zhì)的關(guān)系小麥品質(zhì)主要包括籽粒形態(tài)品質(zhì)、加工品質(zhì)和營(yíng)養(yǎng)品質(zhì),其中加工品質(zhì)又可分為一次加工品質(zhì)和二次加工品質(zhì),一次加工品質(zhì)又稱(chēng)為制粉品質(zhì),主要包括面粉灰分、籽粒硬度、容重、面粉白度、面粉水分和出粉率等;二次加工品質(zhì),即食品制作品質(zhì),主要包括面粉的濕面筋含量、吸水率、面團(tuán)形成時(shí)間、穩(wěn)定時(shí)間、面團(tuán)拉伸面積和面粉的糊化特性等。在小麥的加工中,二次加工品質(zhì)尤為重要,小麥中的醇溶蛋白和麥谷蛋白的含量共同影響面粉的粘性、延展性和彈性等方面的品質(zhì)[20]。小麥營(yíng)養(yǎng)品質(zhì)主要包括蛋白質(zhì)、淀粉、脂肪、核酸、維生素、礦物質(zhì)的含量和質(zhì)量等,且它們共同影響小麥面粉的品質(zhì)。李志西等通過(guò)分析蛋白
193.2.7田間試驗(yàn)方法120份小麥自然群體于2017~2018年種植在河南原陽(yáng)縣,種植采用隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì)的方法,按4行區(qū)進(jìn)行種植,每個(gè)小區(qū)行長(zhǎng)2m,株距6cm,田間管理均按當(dāng)?shù)卦囼?yàn)田進(jìn)行。抽穗后去除雜株,生長(zhǎng)期內(nèi)沒(méi)有發(fā)生嚴(yán)重病蟲(chóng)害及倒伏情況。4結(jié)果與分析4.1γ-醇溶蛋白基因序列分析4.1.1γ-醇溶蛋白基因的克隆及序列分析根據(jù)NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)數(shù)據(jù)庫(kù)中已知的γ-醇溶蛋白基因序列,設(shè)計(jì)24對(duì)簡(jiǎn)并引物,以鄭麥379基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,產(chǎn)物通過(guò)1.2%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行分離。如圖4所示,每對(duì)引物均得到單一的目的條帶,片段大小介于750bp~1000bp之間,大小約為1000bp的條帶有8條,約為750bp的條帶有16條。將24個(gè)目的片段回收純化后分別連接到pEASY-Blunt3-CloningVector載體上,用含有Amp+的LB培養(yǎng)基篩選陽(yáng)性單克隆,并送樣測(cè)序。分析發(fā)現(xiàn),1、4以及7號(hào)引物擴(kuò)增得到的γ-醇溶蛋白基因序列較多,分別為9、10、15條,而14、15、16、17號(hào)引物均得到8條γ-醇溶蛋白基因序列,其余引物擴(kuò)增得到1~7條序列不等,共計(jì)克隆得到130條γ-醇溶蛋白基因序列(圖5),具體每個(gè)γ-醇溶蛋白基因序列長(zhǎng)度及所對(duì)應(yīng)的引物見(jiàn)表4。利用BiloEdit軟件對(duì)130條序列進(jìn)行開(kāi)放讀碼框預(yù)測(cè),有50條序列具有完整的開(kāi)放讀碼框,編碼240~340個(gè)氨基酸殘基。圖4鄭麥379γ-醇溶蛋白基因的PCR擴(kuò)增Figure4PCRAmplificationofγ-gliadingenesfromcommonwheatcultivarZhengmai379注:M:DL2000分子量標(biāo)準(zhǔn)Not:M:DL2000Marker
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]使用面筋峰值儀快速評(píng)價(jià)小麥品質(zhì)的研究[J]. 宋亞博,宋斌,麻琦,趙仁勇. 河南工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(05)
[2]小麥營(yíng)養(yǎng)和健康品質(zhì)研究進(jìn)展[J]. 張勇,郝元峰,張艷,何心堯,夏先春,何中虎. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(22)
[3]鄭麥366γ-醇溶蛋白基因的克隆、系統(tǒng)進(jìn)化和乳糜瀉毒性分析[J]. 李黎,李玉閣,李鎖平. 河南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(05)
[4]Allele and haplotype frequencies for HLA-DQ in Iranian celiac disease patients[J]. Mohammad Rostami-Nejad,Jihane Romanos,Kamran Rostami,Azita Ganji,Mohammad Javad Ehsani-Ardakani,Ali-Reza Bakhshipour,Homayoun Zojaji,Seyed Reza Mohebbi,Mohammad-Reza Zali,Cisca Wijmenga. World Journal of Gastroenterology. 2014(20)
[5]優(yōu)質(zhì)強(qiáng)筋高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)小麥新品種鄭麥379的選育及栽培技術(shù)[J]. 楊會(huì)民,雷振生,吳政卿,王美芳,何寧,何盛蓮,晁岳恩,周正富. 作物雜志. 2014(01)
[6]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[7]RNA干擾及其在植物中的研究進(jìn)展[J]. 張森浩,嚴(yán)學(xué)兵,王成章,文開(kāi)新,許來(lái)俊. 草業(yè)科學(xué). 2011(05)
[8]小麥品種陜253γ-醇溶蛋白基因的克隆、原核表達(dá)與功能鑒定[J]. 王明霞,高翔,陳其皎,董劍,趙萬(wàn)春,李艷亮,李敏. 作物學(xué)報(bào). 2011(01)
[9]中國(guó)小麥育種進(jìn)展與展望[J]. 何中虎,夏先春,陳新民,莊巧生. 作物學(xué)報(bào). 2011(02)
[10]小麥品種陜253ω-醇溶蛋白基因的克隆及序列分析[J]. 李敏,高翔,陳其皎,董劍,趙萬(wàn)春,李艷亮,王明霞,陳瑞佶,龐紅喜,李哲清,劉俊. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2010(05)
博士論文
[1]普通小麥和中國(guó)節(jié)節(jié)麥LMW-GS,α-,γ-醇溶蛋白基因的克隆與序列分析[D]. 李玉閣.河南大學(xué) 2014
[2]河南小麥生產(chǎn)潛力及發(fā)展戰(zhàn)略研究[D]. 王學(xué)強(qiáng).西北農(nóng)林科技大學(xué) 2007
碩士論文
[1]小麥γ-醇溶蛋白基因TaWG05克隆及其啟動(dòng)子分析[D]. 齊豫川.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]基于RNA-Seq的小麥產(chǎn)量性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 李洪娜.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]小麥穗發(fā)育時(shí)期轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及差異表達(dá)基因的分析[D]. 李哲.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]利用基因芯片技術(shù)進(jìn)行小麥遺傳圖譜構(gòu)建及株型相關(guān)性狀的QTL定位[D]. 連俊方.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[5]小麥莖稈水溶性碳水化合物合成基因TaSST的克隆、功能標(biāo)記開(kāi)發(fā)和關(guān)聯(lián)分析[D]. 董艷.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
[6]小麥品質(zhì)相關(guān)γ類(lèi)醇溶蛋白基因TaWG04的克隆與表達(dá)分析[D]. 劉聰聰.鄭州大學(xué) 2016
[7]基于RNA-seq的油菜抗旱基因的高通量克隆和功能分析[D]. 李艷萍.河南大學(xué) 2015
[8]小麥貯藏蛋白組分含量與成品加工品質(zhì)主要參數(shù)的關(guān)系及其全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 趙德輝.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2015
[9]優(yōu)質(zhì)麥籽發(fā)育轉(zhuǎn)錄組構(gòu)建及品質(zhì)相關(guān)基因的挖掘[D]. 謝瑩.鄭州大學(xué) 2014
[10]小麥品種陜253γ-醇溶蛋白基因序列克隆、原核表達(dá)及功能鑒定[D]. 王明霞.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
本文編號(hào):3433230
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