丙型肝炎是由丙型肝炎病毒（HCV）引起的一種主要經(jīng)血液傳播的疾病,丙型肝炎病毒呈全球性流行,據(jù)統(tǒng)計(jì),全球約有1.85億人為HCV感染者。我國屬HCV高感染區(qū),丙型肝炎報告數(shù)在病毒性肝炎中也呈上升趨勢。HCV的基因型分布復(fù)雜,呈明顯的地域差異性。目前HCV已發(fā)現(xiàn)8種基因型80多種亞型,我國以1b、2a型最常見。目前,針對HCV的直接抗病毒藥物（DAA）已經(jīng)應(yīng)用于臨床,該藥具有強(qiáng)效抑制病毒復(fù)制,快速降低HCV病毒載量,提高了丙型肝炎治療的持續(xù)病毒應(yīng)答（SVR）。然而,隨著DAA藥物的廣泛使用,加上HCV病毒復(fù)制時的高錯配率和RNA聚合酶低保真性等特性致使HCV在DAA藥物的壓力下產(chǎn)生了耐藥基因的突變,進(jìn)而影響了丙肝治療效果。HCV相關(guān)耐藥基因突變又與HCV不同基因型和亞型直接相關(guān)。因此,闡明HCV基因型和亞型的分布以及耐藥突變基因特征對丙肝的臨床治療具有重要的指導(dǎo)意義。此外,針對HCV DAA耐藥突變的檢測目前主要通過一代測序（Sanger）的方法,該方法具有靈敏度低、信息量小等不足也制約了HCV耐藥位點(diǎn)的監(jiān)測。基于此,本論文研究了云南地區(qū)HCV基因型和亞型流行特征,建立了基于新一代測序技... 

【文章來源】：昆明理工大學(xué)云南省

【文章頁數(shù)】：115 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

丙型肝炎病毒的結(jié)構(gòu)和功能

昆明理工大學(xué)碩士學(xué)位論文 如下圖所示（基因型和亞型由不同顏色表示：1a-紅色，1b-藍(lán)色，2a / b / c-綠色，3a-紫色，4a / d-黃色，5-淺藍(lán)色，6-棕色。在 DAA 失敗患者體內(nèi)檢測到的氨基酸取代標(biāo)有下劃線，與體外數(shù)據(jù)信息無關(guān)）。

昆明理工大學(xué)碩士學(xué)位論文14從而深入挖掘測序數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。本測序方法更簡單，系統(tǒng)無光學(xué)系統(tǒng)，無照相系統(tǒng)，使用無標(biāo)記的核苷酸及酶進(jìn)行測序，本底干擾低，通過對H+的檢測，可以改善堿基判讀準(zhǔn)確性；更快速，標(biāo)準(zhǔn)測序時間僅為2~3h，24h之內(nèi)可完成6~8輪實(shí)驗(yàn)，測序通量達(dá)到Sanger測序方法的數(shù)千倍以上；更靈活，通量為10M，100M和1G測序芯片可以任意選擇。IonTorrentPGM測序平臺的主要測序流程包括：模板的制備、文庫的構(gòu)建、油包水PCR及模板富集、半導(dǎo)體芯片測序及測序結(jié)果的分析，具體流程如下圖。圖1.3IonTorrent測序流程圖Fig1.3OverviewofIonTorrentsequencingtechnology1.8研究的目的和意義丙型肝炎病毒是慢性肝病，嚴(yán)重可發(fā)展為肝硬化和肝細(xì)胞癌。全世界約1.8億人感染了丙型肝炎。根據(jù)HCV核酸序列的異質(zhì)性，HCV可分為8個基因型和80多個基因亞型。不同的地區(qū)HCV基因型的分布情況不同。中國丙型肝炎流行的突出特點(diǎn)是普遍區(qū)域低流行，部分地區(qū)流行率較高，呈散點(diǎn)狀不均勻分布。HCV在中國分布的基因型主要為G1、G2、G3、G6，其中以G1b亞型為主，G2a、G3a、G3b、G6a亞型次之。云南省地理位置特殊，人口流動復(fù)雜，是東南亞地區(qū)重要的販毒通道，這就為HCV的流行創(chuàng)造了條件。但是，云南和昆明地區(qū)HCV基因型流行情況的研究卻少有報道，基于此，為了研究云南和昆明地區(qū)HCV的

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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