丙型肝炎是由丙型肝炎病毒（HCV）引起的一種主要經(jīng)血液傳播的疾病,丙型肝炎病毒呈全球性流行,據(jù)統(tǒng)計(jì),全球約有1.85億人為HCV感染者。我國(guó)屬HCV高感染區(qū),丙型肝炎報(bào)告數(shù)在病毒性肝炎中也呈上升趨勢(shì)。HCV的基因型分布復(fù)雜,呈明顯的地域差異性。目前HCV已發(fā)現(xiàn)8種基因型80多種亞型,我國(guó)以1b、2a型最常見(jiàn)。目前,針對(duì)HCV的直接抗病毒藥物（DAA）已經(jīng)應(yīng)用于臨床,該藥具有強(qiáng)效抑制病毒復(fù)制,快速降低HCV病毒載量,提高了丙型肝炎治療的持續(xù)病毒應(yīng)答（SVR）。然而,隨著DAA藥物的廣泛使用,加上HCV病毒復(fù)制時(shí)的高錯(cuò)配率和RNA聚合酶低保真性等特性致使HCV在DAA藥物的壓力下產(chǎn)生了耐藥基因的突變,進(jìn)而影響了丙肝治療效果。HCV相關(guān)耐藥基因突變又與HCV不同基因型和亞型直接相關(guān)。因此,闡明HCV基因型和亞型的分布以及耐藥突變基因特征對(duì)丙肝的臨床治療具有重要的指導(dǎo)意義。此外,針對(duì)HCV DAA耐藥突變的檢測(cè)目前主要通過(guò)一代測(cè)序（Sanger）的方法,該方法具有靈敏度低、信息量小等不足也制約了HCV耐藥位點(diǎn)的監(jiān)測(cè)�；诖�,本論文研究了云南地區(qū)HCV基因型和亞型流行特征,建立了基于新一代測(cè)序技... 

【文章來(lái)源】：昆明理工大學(xué)云南省

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

丙型肝炎病毒的結(jié)構(gòu)和功能

昆明理工大學(xué)碩士學(xué)位論文 如下圖所示（基因型和亞型由不同顏色表示：1a-紅色，1b-藍(lán)色，2a / b / c-綠色，3a-紫色，4a / d-黃色，5-淺藍(lán)色，6-棕色。在 DAA 失敗患者體內(nèi)檢測(cè)到的氨基酸取代標(biāo)有下劃線，與體外數(shù)據(jù)信息無(wú)關(guān)）。

昆明理工大學(xué)碩士學(xué)位論文14從而深入挖掘測(cè)序數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。本測(cè)序方法更簡(jiǎn)單，系統(tǒng)無(wú)光學(xué)系統(tǒng)，無(wú)照相系統(tǒng)，使用無(wú)標(biāo)記的核苷酸及酶進(jìn)行測(cè)序，本底干擾低，通過(guò)對(duì)H+的檢測(cè)，可以改善堿基判讀準(zhǔn)確性；更快速，標(biāo)準(zhǔn)測(cè)序時(shí)間僅為2~3h，24h之內(nèi)可完成6~8輪實(shí)驗(yàn)，測(cè)序通量達(dá)到Sanger測(cè)序方法的數(shù)千倍以上；更靈活，通量為10M，100M和1G測(cè)序芯片可以任意選擇。IonTorrentPGM測(cè)序平臺(tái)的主要測(cè)序流程包括：模板的制備、文庫(kù)的構(gòu)建、油包水PCR及模板富集、半導(dǎo)體芯片測(cè)序及測(cè)序結(jié)果的分析，具體流程如下圖。圖1.3IonTorrent測(cè)序流程圖Fig1.3OverviewofIonTorrentsequencingtechnology1.8研究的目的和意義丙型肝炎病毒是慢性肝病，嚴(yán)重可發(fā)展為肝硬化和肝細(xì)胞癌。全世界約1.8億人感染了丙型肝炎。根據(jù)HCV核酸序列的異質(zhì)性，HCV可分為8個(gè)基因型和80多個(gè)基因亞型。不同的地區(qū)HCV基因型的分布情況不同。中國(guó)丙型肝炎流行的突出特點(diǎn)是普遍區(qū)域低流行，部分地區(qū)流行率較高，呈散點(diǎn)狀不均勻分布。HCV在中國(guó)分布的基因型主要為G1、G2、G3、G6，其中以G1b亞型為主，G2a、G3a、G3b、G6a亞型次之。云南省地理位置特殊，人口流動(dòng)復(fù)雜，是東南亞地區(qū)重要的販毒通道，這就為HCV的流行創(chuàng)造了條件。但是，云南和昆明地區(qū)HCV基因型流行情況的研究卻少有報(bào)道，基于此，為了研究云南和昆明地區(qū)HCV的

【參考文獻(xiàn)】：
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