基于線粒體序列和單拷貝核基因序列的細(xì)葉石斛親緣地理學(xué)研究
發(fā)布時間:2021-09-22 05:26
細(xì)葉石斛(Dendrobium hancokiiRolfe)隸屬于蘭科(Orchidaceae)石斛屬(Dendrobium),是中國特有的珍稀物種,具有很高的藥用和觀賞價值。細(xì)葉石斛的形態(tài)特征具有明顯的差異,特別是葉型,表現(xiàn)出大葉型和小葉型兩種。近年來,因人們的亂采亂挖和生境的毀壞,細(xì)葉石斛的野生資源受到嚴(yán)重的破壞。因此開展細(xì)葉石斛的親緣地理學(xué)研究不僅為石斛屬物種的進(jìn)化研究提供理論基礎(chǔ),而且可以對細(xì)葉石斛資源的利用和保護(hù)學(xué)研究提供科學(xué)依據(jù)。本研究,自2015年到2017年收集了代表細(xì)葉石斛自然分布的32個野生居群,分別來自中國中部-西北部區(qū)域(21個小葉型居群:分別來自重慶、湖北、湖南、河南、陜西、甘肅和四川等。┖椭袊髂喜繀^(qū)域(11個大葉型居群:分別來自廣西、貴州和云南。H缓蠛Y選出具有多態(tài)性的兩條線粒體片段和一條單拷貝核基因片段分析細(xì)葉石斛的進(jìn)化過程、動態(tài)歷史、時空分布和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。基于線粒體序列和單拷貝核基因序列的細(xì)葉石斛親緣地理學(xué)研究結(jié)果如下:篩選了兩條線粒體基因片段(ccb256和rpl5)和一條單拷貝核基因片段(LEAFY intron1)分別對細(xì)葉石斛32個野生居...
【文章來源】:南京師范大學(xué)江蘇省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:70 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖2.1細(xì)葉石斛居群的地理分布??Fig?2.1?Geographic?distribution?of?32?populations?of?D.?hancockii??
缺失位點(diǎn)13個,共定義30種單倍型。單倍型序列多態(tài)性位點(diǎn)見表2.3。所有的??序列都以單倍型H1作為參照。細(xì)葉石斛居群mtDNA的30種單倍型的地理分布??見表2.4和圖2.2。重慶黔江(QJ)和云南石屏(SP)這兩個居群的單倍型分布??最多,都有4種單倍型。小葉型的細(xì)葉石斛(Groupl)主要分布于中國的中部(重??慶、湖南、湖北、河南)和西北部(陜西、甘肅、四川),共有]8種單倍型。??大葉型的細(xì)葉石斛(GrouP2)主要分布于貴州、廣西和云南三省,有12種??17??
Fig?2.3?Network?of?D.?hancockii?based?on?30?haplotypes??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛為外類群,用MEGA?5.0構(gòu)建ML系統(tǒng)發(fā)??生樹(圖2.4a)。從ML樹可以看出,外類群澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛被??嚴(yán)格分開,各節(jié)點(diǎn)的后驗(yàn)概率都超過了?50%,各單倍型呈現(xiàn)單系或者并系的關(guān)系。??細(xì)葉石斛的30種mtDNA單倍型,分成了兩大組,分別對應(yīng)著小葉型的細(xì)葉石??斛和大葉型的細(xì)葉石斛。H8-HI8聚在-起,位于樹的頂端,對應(yīng)單倍型網(wǎng)絡(luò)??閣中的Clade?B;?H19-H24聚在一起,對應(yīng)單倍型M絡(luò)閣中的Clade?D。ML系統(tǒng)??發(fā)育樹的聚類情況與mtDNA單倍型的Network網(wǎng)絡(luò)閣的分布情況大體是一致??的。??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石解為外類群,用Mrbayes法構(gòu)建Bayesian??系統(tǒng)樹(圖2.4b)。從Bayesian嚴(yán)格一致樹可以看出,外類群澳洲石斛、竹枝??石斛和密花石斛被嚴(yán)格地分開。細(xì)葉石斛的30種mtDNA單倍型明顯地分成了??兩人組,分別對應(yīng)著小葉型的細(xì)葉石斛和大葉型的細(xì)葉石斛,支持率為95%。大??葉型的細(xì)葉石斛又明顯地分成了兩個分支
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于PCR的冬蟲夏草檢測方法研究[J]. 梁恒興,王巍,段慶梓,張彪,尚柯,張玉. 中藥材. 2018(03)
[2]基于ITS序列的銀柴胡種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[J]. 孟祥善,代曉華,劉萍,米美多. 中藥材. 2018(01)
[3]基于ITS序列對野生大型真菌進(jìn)行分子鑒定及系統(tǒng)地位研究[J]. 李秋玲,吳智艷,喬潔,黃巖,侯曉強(qiáng). 廊坊師范學(xué)院學(xué)報(自然科學(xué)版). 2017(04)
[4]細(xì)葉石斛離體快速繁殖研究[J]. 劉清,包英華,毛怡霏,黎幸欣,白音. 韶關(guān)學(xué)院學(xué)報. 2017(03)
[5]分子鐘假說的基本原理及在古生物等學(xué)科中的應(yīng)用[J]. 劉曉楓,張愛兵. 古生物學(xué)報. 2016(03)
[6]應(yīng)用單拷貝核基因標(biāo)記研究我國歐洲山楊自然居群的遺傳多樣性[J]. 杜淑輝,王兆山,保爾江·阿布都哈米提,邢世巖,張建國. 林業(yè)科學(xué)研究. 2016(01)
[7]新型聯(lián)合片段:nrDNA ITS+nad 1-intron 2在楓斗類石斛鑒定中的意義[J]. 耿麗霞,鄭瑞,任潔,牛志韜,孫宇龍,薛慶云,劉薇,丁小余. 藥學(xué)學(xué)報. 2015(08)
[8]4種石斛屬植物花朵揮發(fā)性成分分析[J]. 李崇暉,黃明忠,黃少華,尹俊梅. 熱帶亞熱帶植物學(xué)報. 2015(04)
[9]石斛屬植物光合碳同化途徑地理分異研究進(jìn)展[J]. 任建武,白偉嵐. 生物技術(shù)進(jìn)展. 2015(01)
[10]珍稀細(xì)莖石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛藥材鑒定中的意義[J]. 邢文瑞,侯北偉,管婧姣,羅晶,丁小余. 藥學(xué)學(xué)報. 2013(04)
本文編號:3403220
【文章來源】:南京師范大學(xué)江蘇省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:70 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖2.1細(xì)葉石斛居群的地理分布??Fig?2.1?Geographic?distribution?of?32?populations?of?D.?hancockii??
缺失位點(diǎn)13個,共定義30種單倍型。單倍型序列多態(tài)性位點(diǎn)見表2.3。所有的??序列都以單倍型H1作為參照。細(xì)葉石斛居群mtDNA的30種單倍型的地理分布??見表2.4和圖2.2。重慶黔江(QJ)和云南石屏(SP)這兩個居群的單倍型分布??最多,都有4種單倍型。小葉型的細(xì)葉石斛(Groupl)主要分布于中國的中部(重??慶、湖南、湖北、河南)和西北部(陜西、甘肅、四川),共有]8種單倍型。??大葉型的細(xì)葉石斛(GrouP2)主要分布于貴州、廣西和云南三省,有12種??17??
Fig?2.3?Network?of?D.?hancockii?based?on?30?haplotypes??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛為外類群,用MEGA?5.0構(gòu)建ML系統(tǒng)發(fā)??生樹(圖2.4a)。從ML樹可以看出,外類群澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛被??嚴(yán)格分開,各節(jié)點(diǎn)的后驗(yàn)概率都超過了?50%,各單倍型呈現(xiàn)單系或者并系的關(guān)系。??細(xì)葉石斛的30種mtDNA單倍型,分成了兩大組,分別對應(yīng)著小葉型的細(xì)葉石??斛和大葉型的細(xì)葉石斛。H8-HI8聚在-起,位于樹的頂端,對應(yīng)單倍型網(wǎng)絡(luò)??閣中的Clade?B;?H19-H24聚在一起,對應(yīng)單倍型M絡(luò)閣中的Clade?D。ML系統(tǒng)??發(fā)育樹的聚類情況與mtDNA單倍型的Network網(wǎng)絡(luò)閣的分布情況大體是一致??的。??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石解為外類群,用Mrbayes法構(gòu)建Bayesian??系統(tǒng)樹(圖2.4b)。從Bayesian嚴(yán)格一致樹可以看出,外類群澳洲石斛、竹枝??石斛和密花石斛被嚴(yán)格地分開。細(xì)葉石斛的30種mtDNA單倍型明顯地分成了??兩人組,分別對應(yīng)著小葉型的細(xì)葉石斛和大葉型的細(xì)葉石斛,支持率為95%。大??葉型的細(xì)葉石斛又明顯地分成了兩個分支
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于PCR的冬蟲夏草檢測方法研究[J]. 梁恒興,王巍,段慶梓,張彪,尚柯,張玉. 中藥材. 2018(03)
[2]基于ITS序列的銀柴胡種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[J]. 孟祥善,代曉華,劉萍,米美多. 中藥材. 2018(01)
[3]基于ITS序列對野生大型真菌進(jìn)行分子鑒定及系統(tǒng)地位研究[J]. 李秋玲,吳智艷,喬潔,黃巖,侯曉強(qiáng). 廊坊師范學(xué)院學(xué)報(自然科學(xué)版). 2017(04)
[4]細(xì)葉石斛離體快速繁殖研究[J]. 劉清,包英華,毛怡霏,黎幸欣,白音. 韶關(guān)學(xué)院學(xué)報. 2017(03)
[5]分子鐘假說的基本原理及在古生物等學(xué)科中的應(yīng)用[J]. 劉曉楓,張愛兵. 古生物學(xué)報. 2016(03)
[6]應(yīng)用單拷貝核基因標(biāo)記研究我國歐洲山楊自然居群的遺傳多樣性[J]. 杜淑輝,王兆山,保爾江·阿布都哈米提,邢世巖,張建國. 林業(yè)科學(xué)研究. 2016(01)
[7]新型聯(lián)合片段:nrDNA ITS+nad 1-intron 2在楓斗類石斛鑒定中的意義[J]. 耿麗霞,鄭瑞,任潔,牛志韜,孫宇龍,薛慶云,劉薇,丁小余. 藥學(xué)學(xué)報. 2015(08)
[8]4種石斛屬植物花朵揮發(fā)性成分分析[J]. 李崇暉,黃明忠,黃少華,尹俊梅. 熱帶亞熱帶植物學(xué)報. 2015(04)
[9]石斛屬植物光合碳同化途徑地理分異研究進(jìn)展[J]. 任建武,白偉嵐. 生物技術(shù)進(jìn)展. 2015(01)
[10]珍稀細(xì)莖石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛藥材鑒定中的意義[J]. 邢文瑞,侯北偉,管婧姣,羅晶,丁小余. 藥學(xué)學(xué)報. 2013(04)
本文編號:3403220
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