非同義單核苷酸多態(tài)性（Non-synonymous Single Nucleotide Polymorphisms,nsSNPs）可改變氨基酸的序列,形成單氨基酸多態(tài)性（Single Amino acid Polymorphisms,SAPs）并導(dǎo)致蛋白功能的改變。盡管國內(nèi)外研究已經(jīng)預(yù)測了許多潛在與磷酸化/激酶相關(guān)的單氨基酸多態(tài)性（phosphorylation related SAPs,pSAPs）位點(diǎn),但目前這些預(yù)測的pSAPs蛋白序列還基本未驗(yàn)證過,且它們的特征和功能的研究并不充分。本研究從多角度系統(tǒng)挖掘了pSAPs及它們的編碼基因表達(dá)特征及功能作用。根據(jù)先前通過質(zhì)譜數(shù)據(jù)驗(yàn)證過的SAPs和已知的磷酸化信息,我們鑒定到了847個(gè)高可信度的pSAPs,其中涉及到814個(gè)不同的變異蛋白。這些pSAPs具有690個(gè)編碼基因,而且這些基因在GTEx（Genotype-Tissue Expression）數(shù)據(jù)集中的27種不同正常組織中廣泛表達(dá),其中一部分在特定的組織中顯著富集高表達(dá)。接著,我們探索了pSAPs影響蛋白磷酸化修飾的方式,并系統(tǒng)分析pSAPs變異對蛋白功能的影響,結(jié)果顯示90%的... 

【文章來源】：華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：107 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

研究策略及流程

是找到文本的位置，在該位置給出現(xiàn)給定的模式，允許匹配中出現(xiàn)有限數(shù)量的。這些錯(cuò)誤是生物學(xué)家知道的遺傳序列中常見的操作。兩個(gè)序列之間的距離被為將一個(gè)序列轉(zhuǎn)換成另一個(gè)序列的最小操作序列。兩個(gè)序列之間的比對只是每列的字符之間的配對匹配。成對序列比對分析通過搜索得分最高的比對來評判兩個(gè)序列的相似性�；谝�(guī)劃方法的成對序列分析有兩種對齊方式：1 ）全局對齊：嘗試對齊每個(gè)序列中的每個(gè)剩余部分，當(dāng)查詢集中的序列相似大小大致相等時(shí)，這種對齊方式最有用。Needleman 和 Wunsch 是第一個(gè)提出規(guī)劃算法的人[33]，該算法可以找到兩個(gè)氨基酸序列之間的全局對齊。2 ）局部對齊：對于懷疑在其較大序列上下文中包含相似區(qū)域的不同序列更有。Smith 和 Waterman[34]引入了一種新的算法，該算法采用了不同的評分相似法，目的是以全局評分為代價(jià)來尋找最佳的局部比對。

python2.7 實(shí)現(xiàn)了蛋白質(zhì)氨基酸序列比對的算法。人們早就知道結(jié)構(gòu)信息比其基礎(chǔ)序列對應(yīng)物更具彈性[36]。序列匹配的原理相當(dāng)簡單，利用 SAP（周圍±7 個(gè)氨基酸殘基）序列與PhosphoSitePlus（2018.11.16）中的磷酸化位點(diǎn)/激酶結(jié)合區(qū)域序列，通過成對比對算法來構(gòu)建搜索 pSAPs 的算法（圖 2-2）。通過這種方式，可以無縫地組合序列比配算法，處理缺少或者對齊的情況，特別適合用于匹配變異肽段或者突變基因序列。組合磷酸化位點(diǎn)和激酶結(jié)合區(qū)域的幾個(gè)替代結(jié)構(gòu)對準(zhǔn)器的解決方案也提供了一種方便的方法，來客觀地解決基于替代結(jié)構(gòu)的序列比對模型時(shí)產(chǎn)生的困難。在這種情況下，基于一致性的方法可以識別所有考慮的方法中最佳匹配的變異肽段。

【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]SAPs對蛋白質(zhì)功能影響特征分析及性能評估[D]. 龔小龍.華中科技大學(xué) 2011



本文編號：3366932