彩色馬蹄蓮不同品種和組織qRT-PCR內參基因篩選
發(fā)布時間:2021-07-14 10:32
為篩選出彩色馬蹄蓮不同品種和組織最佳內參基因,以彩色馬蹄蓮不同品種和不同組織為研究材料,運用實時熒光定量PCR技術(qRT-PCR)結合3個內參基因穩(wěn)定性分析軟件(geNorm, NormFinder和BestKeeper),對彩色馬蹄蓮6個候選內參基因(18S rRNA, ACT, EF1α, GAPDH, LEU和TUB)的表達穩(wěn)定性進行了分析。通過geNorm軟件計算出彩色馬蹄蓮不同品種和組織的最適內參基因數(shù)目均為3個;綜合3個軟件的分析結果,篩選出彩色馬蹄蓮不同品種中穩(wěn)定性最好的3個基因為18S rRNA、LEU和GAPDH;不同組織中穩(wěn)定性最佳的3個基因為ACT、EF1α和18S rRNA。本研究為彩色馬蹄蓮品種間葉片表型差異、種球發(fā)育、赤霉素敏感差異等機理研究提供參考依據(jù)。
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(12)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
6個內參基因PCR產(chǎn)物對應蛋白的系統(tǒng)進化樹
經(jīng)ge Norm軟件計算得到的表達穩(wěn)定值(M值)越小(M值始終≤1.5),則該內參基因穩(wěn)定性越高。通過geNorm軟件對候選內參基因在7個彩色馬蹄蓮品種‘慕拉’、‘桑達’、‘行為’、‘首領’、‘刀鋒’、‘菲戈’、‘瑪雷諾’的葉片和‘首領’品種的根、佛焰苞、莖段、球莖、肉穗、葉6個不同組織表達穩(wěn)定性進行分析(表1)。在不同彩色馬蹄蓮品種中,6個候選內參基因的表達穩(wěn)定性存在顯著差異,其M值從小到大依次為EF1α=LEU<18S rRNA<ACT<GAPDH<TUB,即EF1α和LEU基因表達最為穩(wěn)定,其次是18S rRNA,表達最不穩(wěn)定的基因是TUB。在彩色馬蹄蓮‘首領’的不同組織中,6個內參基因M值從小到大排序依次為:EF1α=ACT<18S rRNA<TUB<LEU<GAPDH,因此,在不同組織中表達最為穩(wěn)定的是EF1α和ACT,其次是18S rRNA和TUB,而GAPDH和LEU的M值分別為2.841和1.897,即均大于1.5,不適合作為彩色馬蹄蓮不同組織的內參基因。圖3 6個內參基因在不同品種中的Ct平均值
6個內參基因在不同品種中的Ct平均值
【參考文獻】:
期刊論文
[1]西南鳶尾花色變異實時定量PCR內參基因的篩選與驗證[J]. 馬璐琳,崔光芬,王祥寧,賈文杰,段青,杜文文,王繼華,陳發(fā)棣. 核農(nóng)學報. 2019(09)
[2]玉蘭鹽脅迫下qRT-PCR分析中內參基因的篩選[J]. 常鵬杰,申亞梅,董彬,卞賽男,王寧杭,宣鈴娟,范李杰,俞芹,王型力,張超,王小德. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2018(09)
[3]朱頂紅實時熒光定量PCR中不同組織器官內參基因的篩選[J]. 劉曉婷,王順利,薛璟祺,薛玉前,呂英民,張秀新. 園藝學報. 2018(05)
[4]黃精實時熒光定量PCR內參基因的篩選[J]. 王世強,黨凱凱,?》,強毅,王喆之. 基因組學與應用生物學. 2017(11)
[5]百合體胚誘導、發(fā)育及不同組織實時定量PCR內參基因篩選[J]. 陳敏敏,張茹佳,查倩,楊柳燕,李心,殷麗青,張永春. 分子植物育種. 2018(15)
[6]胡椒實時熒光定量PCR內參基因的篩選[J]. 胡麗松,范睿,伍寶朵,吳剛,譚樂和,郝朝運. 熱帶作物學報. 2017(10)
[7]芍藥實時定量PCR內參基因的篩選和驗證[J]. 李健. 分子植物育種. 2017(07)
[8]荷花花瓣著色過程實時熒光定量PCR內參基因的篩選及驗證[J]. 王彥杰,陳葉清,薛澤云,周華,金奇江,徐迎春. 南京農(nóng)業(yè)大學學報. 2017(03)
[9]上海地區(qū)設施基質栽培對彩色馬蹄蓮種球生長和開花的影響[J]. 楊柳燕,張永春,孫翊,顧俊杰,王暉,蔣剛偉. 上海農(nóng)業(yè)學報. 2015(03)
[10]彩色馬蹄蓮2n配子育種技術初探[J]. 李潔筠,吳紅芝,陳溪,周滌. 中國農(nóng)學通報. 2011(08)
博士論文
[1]馬蹄蓮屬(Zantedeschia)品種指紋圖譜及生殖生物學研究[D]. 楊柳燕.南京林業(yè)大學 2013
碩士論文
[1]彩色馬蹄蓮佛焰苞呈色物質及其分布特征研究[D]. 雷霆.昆明理工大學 2017
本文編號:3283967
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(12)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
6個內參基因PCR產(chǎn)物對應蛋白的系統(tǒng)進化樹
經(jīng)ge Norm軟件計算得到的表達穩(wěn)定值(M值)越小(M值始終≤1.5),則該內參基因穩(wěn)定性越高。通過geNorm軟件對候選內參基因在7個彩色馬蹄蓮品種‘慕拉’、‘桑達’、‘行為’、‘首領’、‘刀鋒’、‘菲戈’、‘瑪雷諾’的葉片和‘首領’品種的根、佛焰苞、莖段、球莖、肉穗、葉6個不同組織表達穩(wěn)定性進行分析(表1)。在不同彩色馬蹄蓮品種中,6個候選內參基因的表達穩(wěn)定性存在顯著差異,其M值從小到大依次為EF1α=LEU<18S rRNA<ACT<GAPDH<TUB,即EF1α和LEU基因表達最為穩(wěn)定,其次是18S rRNA,表達最不穩(wěn)定的基因是TUB。在彩色馬蹄蓮‘首領’的不同組織中,6個內參基因M值從小到大排序依次為:EF1α=ACT<18S rRNA<TUB<LEU<GAPDH,因此,在不同組織中表達最為穩(wěn)定的是EF1α和ACT,其次是18S rRNA和TUB,而GAPDH和LEU的M值分別為2.841和1.897,即均大于1.5,不適合作為彩色馬蹄蓮不同組織的內參基因。圖3 6個內參基因在不同品種中的Ct平均值
6個內參基因在不同品種中的Ct平均值
【參考文獻】:
期刊論文
[1]西南鳶尾花色變異實時定量PCR內參基因的篩選與驗證[J]. 馬璐琳,崔光芬,王祥寧,賈文杰,段青,杜文文,王繼華,陳發(fā)棣. 核農(nóng)學報. 2019(09)
[2]玉蘭鹽脅迫下qRT-PCR分析中內參基因的篩選[J]. 常鵬杰,申亞梅,董彬,卞賽男,王寧杭,宣鈴娟,范李杰,俞芹,王型力,張超,王小德. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2018(09)
[3]朱頂紅實時熒光定量PCR中不同組織器官內參基因的篩選[J]. 劉曉婷,王順利,薛璟祺,薛玉前,呂英民,張秀新. 園藝學報. 2018(05)
[4]黃精實時熒光定量PCR內參基因的篩選[J]. 王世強,黨凱凱,?》,強毅,王喆之. 基因組學與應用生物學. 2017(11)
[5]百合體胚誘導、發(fā)育及不同組織實時定量PCR內參基因篩選[J]. 陳敏敏,張茹佳,查倩,楊柳燕,李心,殷麗青,張永春. 分子植物育種. 2018(15)
[6]胡椒實時熒光定量PCR內參基因的篩選[J]. 胡麗松,范睿,伍寶朵,吳剛,譚樂和,郝朝運. 熱帶作物學報. 2017(10)
[7]芍藥實時定量PCR內參基因的篩選和驗證[J]. 李健. 分子植物育種. 2017(07)
[8]荷花花瓣著色過程實時熒光定量PCR內參基因的篩選及驗證[J]. 王彥杰,陳葉清,薛澤云,周華,金奇江,徐迎春. 南京農(nóng)業(yè)大學學報. 2017(03)
[9]上海地區(qū)設施基質栽培對彩色馬蹄蓮種球生長和開花的影響[J]. 楊柳燕,張永春,孫翊,顧俊杰,王暉,蔣剛偉. 上海農(nóng)業(yè)學報. 2015(03)
[10]彩色馬蹄蓮2n配子育種技術初探[J]. 李潔筠,吳紅芝,陳溪,周滌. 中國農(nóng)學通報. 2011(08)
博士論文
[1]馬蹄蓮屬(Zantedeschia)品種指紋圖譜及生殖生物學研究[D]. 楊柳燕.南京林業(yè)大學 2013
碩士論文
[1]彩色馬蹄蓮佛焰苞呈色物質及其分布特征研究[D]. 雷霆.昆明理工大學 2017
本文編號:3283967
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