目的:系統(tǒng)性紅斑狼瘡（systemic lupus erythematosus,SLE）是一種復雜的自身免疫性疾病。目前全基因組關(guān)聯(lián)研究（genome-wide association studies,GWAS）發(fā)現(xiàn)的SLE易感基因只能解釋其遺傳性的一小部分,提示還有許多的易感基因有待發(fā)現(xiàn)。本研究擬通過對現(xiàn)存的SLE GWAS數(shù)據(jù)進行進一步深入分析,發(fā)現(xiàn)新的SLE的易感基因/位點,進一步揭示SLE的生物學機制,為SLE的治療提供藥物研究靶點。方法:實驗包括兩個階段:發(fā)現(xiàn)階段和驗證階段。發(fā)現(xiàn)階段運用已發(fā)表的全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù),包括歐洲隊列（4943例SLE病例和8483例正常對照）和亞洲隊列（包括2485例病例和3947例對照）的SLE GWAS數(shù)據(jù),利用千人基因組數(shù)據(jù)庫對這些樣本進行基因型推算（Imputation）,以推斷未直接分型的遺傳標記位點基因型信息。通過質(zhì)量控制和總結(jié)關(guān)聯(lián)研究結(jié)果,篩選出三個與SLE可能相關(guān)聯(lián)的候選SNPs隨后進行驗證。驗證階段首先在在香港隊列（1255例病例和951例對照）中展開,檢測候選SNPs的基因型。通過分析該隊列中候選位點與疾病的相關(guān)性,與發(fā)現(xiàn)階段... 

【文章來源】：福建醫(yī)科大學福建省

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

TaqMan實驗原理

21圖4TaqMan基因分型實驗結(jié)果示例5.數(shù)據(jù)分析5.1基因型推算（Imputation）將亞洲隊列和歐洲隊列，參照千人基因組數(shù)據(jù)庫用IMPUTE2進行基因型推算（Imputation）以補充缺失的SNP分型，若infoscore>0.9，則推測該SNP為缺失的點。腳本示例如下：impute2-use_prephased_g-Ne20000-iter30-align_by_maf_g-os0123-seed1000000-int145000001150000001-mgenetic_map_chr2_combined_b37.txt-h1000GP_Phase3_chr2.hap.gz-l1000GP_Phase3_chr2.legend.gz-known_haps_gphased_QC5_chr2.haps-ochunk30

285.基因的功能注釋5.1BLUEPRINT和eQTL數(shù)據(jù)庫根據(jù)BLUEPRINT數(shù)據(jù)庫，在與rs7251可能相關(guān)的幾個基因中，IRF3基因是最可能相關(guān)的（http://blueprint-dev.bioinfo.cnio.es/WP10/qtls/）。全血eQTL數(shù)據(jù)庫說明rs7251是一個非同義變異位點，該變異將導致位于IRF3基因第427位的氨基酸編碼由絲氨酸轉(zhuǎn)變?yōu)樘K氨酸。5.2GTEx和NCBI數(shù)據(jù)庫GTEx數(shù)據(jù)庫顯示，rs7251在甲狀腺、動脈、腦等組織中調(diào)控IRF3的表達（詳見圖5）。IRF3在脾、宮頸、甲狀腺等組織中高表達（詳見圖6）。NCBI數(shù)據(jù)庫顯示IRF3在脾、淋巴結(jié)、闌尾等組織中高表達（詳見圖7）。圖5rs7251在各組織中調(diào)控IRF3的情況（GTEx數(shù)據(jù)庫）


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