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一種基于MALDI TOF MS的G6PD基因熱點(diǎn)突變檢測方法的初步應(yīng)用

發(fā)布時(shí)間:2021-06-25 13:10
  背景葡萄糖-6-磷酸脫氫酶(G6PD)缺乏癥是人類最常見的遺傳性酶缺陷疾病之一。我國南方地區(qū)被列為致病突變位點(diǎn)頻率較高的地區(qū)。酶缺乏可導(dǎo)致新生兒高膽紅素血癥、急性溶血性貧血(AHA)和慢性非球形細(xì)胞溶血性貧血。G6PD缺乏癥的新生兒膽紅素腦病的發(fā)病率高,并可造成永久的神經(jīng)損害,預(yù)后不良。目前診斷手段常為斑點(diǎn)雜交法或熒光定量分析法進(jìn)行酶活性篩查,但對(duì)女性雜合子的診斷效能有限;?qū)用娴臋z測主要有一代測序法、新一代測序法以及熒光定量熔解曲線法等,但無法兼顧高準(zhǔn)確性、高通量和低成本。目的本研究使用了一種建立在基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOFMS)技術(shù)平臺(tái)的檢測G6PD缺乏癥的方法,旨在研究中國人群常見的葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏癥致病位點(diǎn),并為建立新的快速檢測方法提供基礎(chǔ)研究及驗(yàn)證。方法本文根據(jù)現(xiàn)有的中國流行病學(xué)研究,包括專家共識(shí)及診治指南等,選取了中國人群常見的16種葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏癥致病突變位點(diǎn),檢測了共411例臨床診斷為“葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏癥”患者的血樣標(biāo)本。提取核酸后,按照本實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的16個(gè)突變位點(diǎn)的對(duì)應(yīng)引物,進(jìn)行多重PCR以及單堿基延伸反應(yīng),通... 

【文章來源】:南方醫(yī)科大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】:74 頁

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

一種基于MALDI TOF MS的G6PD基因熱點(diǎn)突變檢測方法的初步應(yīng)用


圖1-1全球G6PDd等位基因地理分布圖(來自Howes,2012)??Fig?1-1?Worldwide?geographical?distribution?map?of?G6PDd?(from?Howes,?2012)??l??

質(zhì)譜,情況,堿基,位點(diǎn)


?碩士學(xué)位論文???基情況。Assay為檢測位點(diǎn)名稱,Call即是檢測出的堿基情況,Description則代??表分析結(jié)果是否可靠,由A、B、C和D組成,依次是Conservation、Moderate、??Aggressive、Low?Probability,如點(diǎn)樣操作失敗或PCR過程出現(xiàn)問題,則出現(xiàn)I.??Bad?Spectrum。如果未能讀取到位點(diǎn)情況,則顯示no?call。圖4-1中,位點(diǎn)c.1388??被機(jī)器判讀為檢測到G?(Guanine,鳥嘌呤)和A?(Adenine,腺嘌呤)兩個(gè)堿基,??根據(jù)資料c.1388處堿基為G,該例樣本中同時(shí)存在G和A,則可以判定該樣本??c.1388位點(diǎn)為G>A雜合突變。??Assay?Call?Description??ciS04?C?AXonservative??c.1824?C?^Conservative??C1339?G?AConservat^e??c.1360?C?A,Consen?atlve??c.1376?G?AvConservattve??c.1387?C?A.Conservative??c.13?&8?GA?/^Conservative??C1466?C?A.Conservath/e??c.202?G?^Conservative??T?A.?Conservative??C392?G?A,C_erva_??c473?G?AConservatt^e??c.487?G?九?Conservative??cA93?A?A.Conservative??c592?C?A.Conservath?e??c87l?G?A.?C

位點(diǎn),檢出,情況


位點(diǎn)情況??男女??69?ci?ci376?■■■■■■■■■■■■■■?s〇??89?C1388?Cl?388?57??26?C95?C95?■■M?22??9?■陰性?陰性■■■?18??15?■■?C871?C871?■?7??8?■?C1024?Cl024?I?5??9?■?C392?C392?|?4??7?_?C1360?C1360?1??2?C1004?C1004?〇??1?C202?C202?0??1?C592?C592?0??圖4-3位點(diǎn)檢出情況??Fig?4-3?Distribution?of?detected?mutations??(2)純合突變??共檢出279例純合突變,詳見表4-2,占比例最高的是c.1388,共有104例,??占總數(shù)的37.3%,其次是c.?1376,共有96例,占34.4%,而c.95排在第三位,??檢出32例純合突變,占11.5%。前三個(gè)位點(diǎn)占總純合突變的83.2%,其他位點(diǎn)??突變具體為?c.871,共?14?例(5.0%),?c.1024,?13?例(4.7%);?c.392,共?11?例??(3.9%);?c.1360,?6例(2.1%);其余位點(diǎn)除c.1004和c.202分別檢出2例和1??例外,余位點(diǎn)均未能檢出純合突變。??(3)雜合突變??雜合位點(diǎn)的情況如表4-3。雜合突變最多的是c.1376,有40例,占總雜合突??變的46.5%,?c.1388位點(diǎn)共有27例(31.4%),?c.95位點(diǎn)共10例(11.6%),其余??檢出雜合突變位點(diǎn)的有c.871,6例(7.0%),c.392、c.1360、c.592則均為1例??

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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本文編號(hào):3249266

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