目的:卵巢癌是婦科所有惡性腫瘤中預(yù)后最差的,通常在晚期被發(fā)現(xiàn)其已經(jīng)出現(xiàn)轉(zhuǎn)移�？截悢�(shù)變異（Copy number variations,CNVs）常常導(dǎo)致致癌因子的改變。本研究使用Affymetrix CytoScan?HD芯片檢測轉(zhuǎn)移性卵巢癌組織全基因組的CNVs以及雜合性缺失（Loss of heterozygosity,LOH）,并篩選卵巢癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因,進(jìn)一步分析參與卵巢癌轉(zhuǎn)移過程的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路。方法:采用Affymetrix CytoScan?HD芯片分析得到所有樣本全基因組的CNVs和LOH,篩選6例樣本共有CNVs以及LOH片段,并與2例正常卵巢上皮組織對(duì)比,篩選差異性的片段以及基因。1.利用DAVID在線工具對(duì)候選CNVs以及LOH片段所包含的基因進(jìn)行基因本體（gene ontology,GO）和信號(hào)通路顯著性富集分析,全面了解候選基因在轉(zhuǎn)移性卵巢癌中的作用。2.利用STRING數(shù)據(jù)庫分析構(gòu)建這些差異基因的相互作用通路網(wǎng)絡(luò),并通過Kaplan-Meier plotter在線對(duì)候選基因進(jìn)行生存分析。3.利用PASTAA預(yù)測調(diào)控這些靶標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄因子（Transcripti... 

【文章來源】：福建醫(yī)科大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：54 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

部分基因組瓊脂糖凝膠電泳圖

12Scaner產(chǎn)生的芯片原始數(shù)據(jù)cel文件轉(zhuǎn)換成CYCHP文件，導(dǎo)出8個(gè)樣本CNVs及LOH結(jié)果圖（圖1-2）、每個(gè)樣本log2Ratio（圖1-3）。然后應(yīng)用Nexus軟件分析得到相應(yīng)的圖表。圖1-2樣本3的每個(gè)染色體的CNV、LOH圖，上行為1-12號(hào)染色體，下行為13-22號(hào)以及X染色體。CNV用藍(lán)色（擴(kuò)增）與紅色（缺失）表示，LOH用紫色表示。圖1-3：樣本4的log2Ratio總圖：橫軸為染色體號(hào)數(shù)。正�？截悢�(shù)為2，20=1，以2為底1的對(duì)數(shù)log21=0，因此正�？截悢�(shù)為2的基因位點(diǎn)都在0基線上下1個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差范圍內(nèi)波動(dòng)。3.轉(zhuǎn)移性卵巢癌中共同候選片段的篩選篩選可能與轉(zhuǎn)移性卵巢癌相關(guān)的共同CNVs片段：（1）選擇至少有3個(gè)以上樣本發(fā)生的共同CNVs，這樣與卵巢癌的轉(zhuǎn)移性特性相關(guān)可能較大；

12Scaner產(chǎn)生的芯片原始數(shù)據(jù)cel文件轉(zhuǎn)換成CYCHP文件，導(dǎo)出8個(gè)樣本CNVs及LOH結(jié)果圖（圖1-2）、每個(gè)樣本log2Ratio（圖1-3）。然后應(yīng)用Nexus軟件分析得到相應(yīng)的圖表。圖1-2樣本3的每個(gè)染色體的CNV、LOH圖，上行為1-12號(hào)染色體，下行為13-22號(hào)以及X染色體。CNV用藍(lán)色（擴(kuò)增）與紅色（缺失）表示，LOH用紫色表示。圖1-3：樣本4的log2Ratio總圖：橫軸為染色體號(hào)數(shù)。正�？截悢�(shù)為2，20=1，以2為底1的對(duì)數(shù)log21=0，因此正常拷貝數(shù)為2的基因位點(diǎn)都在0基線上下1個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差范圍內(nèi)波動(dòng)。3.轉(zhuǎn)移性卵巢癌中共同候選片段的篩選篩選可能與轉(zhuǎn)移性卵巢癌相關(guān)的共同CNVs片段：（1）選擇至少有3個(gè)以上樣本發(fā)生的共同CNVs，這樣與卵巢癌的轉(zhuǎn)移性特性相關(guān)可能較大；

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]口腔鱗狀細(xì)胞癌及癌旁正常組織基因表達(dá)譜芯片檢測[J]. 鄭建偉,楊淑娟,利小平,韋從云,李婷,莫文娟,蔡秋云,楊德群,周磊,羅剛.  中國組織工程研究. 2015(27)
[2]紫杉醇聯(lián)合順鉑化療對(duì)人卵巢漿液性囊腺癌組織occludin和ZO-1表達(dá)以及線粒體超微結(jié)構(gòu)的影響[J]. 譚樹芬,楊宏英,李凡,魏向群,李樹清.  中國病理生理雜志. 2013(08)
[3]生物信息學(xué)研究方法探討[J]. 張?jiān)迄i.  黑龍江科技信息. 2012(30)
[4]組織微陣列技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 馬永權(quán),張雪峰,蔣會(huì)勇.  沈陽部隊(duì)醫(yī)藥. 2009(04)
[5]功能基因組學(xué)研究概述[J]. 莊金秋,楊麗梅,賈杏林.  中國生物工程雜志. 2005(S1)
[6]高轉(zhuǎn)移卵巢上皮性癌基因表達(dá)譜中差異表達(dá)基因與染色體拷貝數(shù)變異的相關(guān)性[J]. 應(yīng)莉莎,許沈華,蘇丹,牟瀚舟,顧琳慧,朱赤紅,劉祥麟.  中華婦產(chǎn)科雜志. 2009 (02)



本文編號(hào)：3229684