黃瓜果實(shí)長(zhǎng)度調(diào)控基因SF2的克隆及分子機(jī)制的研究
發(fā)布時(shí)間:2021-05-12 00:31
植物器官大小和形狀的調(diào)控機(jī)制是重要的基礎(chǔ)生物學(xué)問題。在細(xì)胞學(xué)水平上,細(xì)胞增殖和細(xì)胞膨大決定了器官的大小和形態(tài),然而其分子調(diào)控機(jī)制依然存在許多未知。果實(shí)的大小和形狀影響了收獲器官的產(chǎn)量和商品品質(zhì),是重要的農(nóng)藝性狀。黃瓜(Cucumis sativus L.)作為我國(guó)設(shè)施栽培的主要蔬菜作物之一,具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。同時(shí)黃瓜果實(shí)屬于瓠果,果實(shí)生長(zhǎng)速度快,形態(tài)變異豐富多樣,是研究果實(shí)形態(tài)建成的優(yōu)良系統(tǒng)。因此,解析黃瓜果實(shí)形態(tài)建成的遺傳機(jī)理和分子機(jī)制,將具有重要的理論和應(yīng)用價(jià)值。本課題利用一個(gè)黃瓜短瓜突變體sf2(short fruit 2),通過遺傳克隆得到一個(gè)控制果長(zhǎng)的候選基因SF2(Short Fruit 2)。對(duì)SF2基因的功能及全基因組靶點(diǎn)進(jìn)行挖掘分析,揭示了SF2通過直接調(diào)控激素合成和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)的關(guān)鍵基因影響細(xì)胞增殖,從而調(diào)控黃瓜果實(shí)發(fā)育的復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò);并提出了SF2介導(dǎo)的基因激活和抑制的表觀調(diào)控模型。主要結(jié)果如下:1、明確了SF2通過促進(jìn)細(xì)胞增殖調(diào)控黃瓜果實(shí)發(fā)育短瓜突變體sf2的短瓜表型是由一個(gè)隱性單基因控制,利用MutMap技術(shù)結(jié)合傳統(tǒng)遺傳定位的方法,克隆了果長(zhǎng)候選基因SF2;...
【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:146 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
縮略詞
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 植物器官大小的研究進(jìn)展
1.1.1 植物器官大小的特征和意義
1.1.2 植物器官的發(fā)育過程
1.1.3 植物器官大小調(diào)控因子的研究進(jìn)展
1.2 植物果實(shí)發(fā)育的研究進(jìn)展
1.2.1 植物果實(shí)的形態(tài)特征
1.2.2 植物果實(shí)發(fā)育的細(xì)胞學(xué)基礎(chǔ)
1.2.3 植物果實(shí)發(fā)育過程中的激素調(diào)控
1.2.4 黃瓜果實(shí)發(fā)育相關(guān)進(jìn)展
1.3 組蛋白去乙;笍(fù)合體在植物中的功能研究進(jìn)展
1.4 本研究的目的和意義
第二章 黃瓜果實(shí)長(zhǎng)度基因SF2的克隆及其功能初步分析
2.1 引言
2.2 材料與方法
2.2.1 試驗(yàn)材料
2.2.2 主要試劑和儀器
2.2.3 引物
2.2.4 試驗(yàn)方法
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 sf2 短瓜突變體表型分析與鑒定
2.3.2 SF2 基因定位與克隆
2.3.3 SF2 是一個(gè)保守的核定位蛋白
2.3.4 轉(zhuǎn)基因互補(bǔ)sf2 短瓜表型
2.3.5 利用CRISPR/Cas9 系統(tǒng)轉(zhuǎn)基因敲除SF2
2.3.6 多克隆抗體的特異性鑒定
2.3.7 黃瓜不同組織SF2的mRNA和蛋白表達(dá)分析
2.3.8 黃瓜果實(shí)不同發(fā)育時(shí)期SF2的mRNA和蛋白表達(dá)分析
2.3.9 SF2 在果實(shí)中的免疫熒光定位
2.4 討論
第三章 SF2 參與HDAC復(fù)合體的形成及作用機(jī)制研究
3.1 引言
3.2 材料與方法
3.2.1 試驗(yàn)材料
3.2.2 主要試劑和儀器
3.2.3 引物
3.2.4 試驗(yàn)方法
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 SF2 互作蛋白的挖掘與驗(yàn)證
3.3.2 SF2G515E對(duì) SF2 的全基因組結(jié)合能力的影響
3.3.3 G515E突變促進(jìn)了全基因組的乙酰化水平
3.4 討論
第四章 SF2全基因組靶點(diǎn)的挖掘與分析
4.1 引言
4.2 材料與方法
4.2.1 試驗(yàn)材料
4.2.2 主要試劑和儀器
4.2.3 引物
4.2.4 試驗(yàn)方法
4.3 結(jié)果與分析
4.3.1 野生型WT與突變體sf2 果實(shí)的RNA-seq分析
4.3.2 SF2 主要結(jié)合在靶基因的啟動(dòng)子和基因body區(qū)域
4.3.3 SF2 的結(jié)合元件的分析
4.3.4 SF2 的全基因組結(jié)合水平與乙;降年P(guān)聯(lián)性分析
4.3.5 SF2 的全基因組結(jié)合水平與基因表達(dá)水平的關(guān)聯(lián)性分析
4.3.6 WT和 sf2 果實(shí)中H3K9ac和 H3K14ac結(jié)合peaks分析
4.3.7 核心抑制靶基因集的挖掘
4.3.8 核心激活靶基因集的挖掘
4.3.9 SF2 激活基因集具有更高的SF2 結(jié)合水平、H3K9ac水平以及H3K14ac水平
4.4 討論
4.4.1 SF2 通過組蛋白去乙;揎椧种萍に睾铣珊托盘(hào)相關(guān)基因的表達(dá)
4.4.2 SF2 通過組蛋白去乙;揎椉せ罴(xì)胞周期途徑相關(guān)基因的表達(dá)
4.4.3 SF2 抑制和促進(jìn)基因表達(dá)的表觀調(diào)控機(jī)制
第五章 SF2下游調(diào)控網(wǎng)絡(luò)在果實(shí)發(fā)育過程中的功能研究
5.1 引言
5.2 材料與方法
5.2.1 試驗(yàn)材料
5.2.2 主要試劑和儀器
5.2.3 引物
5.2.4 試驗(yàn)方法
5.3 結(jié)果與分析
5.3.1 核心抑制靶基因集在早期果實(shí)發(fā)育過程中的表達(dá)模式
5.3.2 核心激活靶基因集在早期果實(shí)發(fā)育過程中的表達(dá)模式
5.3.3 SF2 通過調(diào)控細(xì)胞分裂素合成代謝途徑影響果實(shí)細(xì)胞增殖
5.3.4 SF2 通過調(diào)控多胺合成途徑影響果實(shí)細(xì)胞增殖
5.3.5 細(xì)胞分裂素和多胺在果實(shí)細(xì)胞增殖過程中的協(xié)同調(diào)控
5.4 討論
第六章 結(jié)論與創(chuàng)新點(diǎn)
6.1 結(jié)論
6.2 創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡(jiǎn)介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]植物器官大小相關(guān)基因研究進(jìn)展(英文)[J]. 黃瓊林,何瑞,詹若挺,陳蔚文. 熱帶亞熱帶植物學(xué)報(bào). 2013(06)
[2]擬南芥YUAN1基因調(diào)控器官形狀和大小[J]. 張海瑞,徐冉,高玉梅,金維環(huán),郜剛,李云海. 遺傳. 2013(09)
[3]細(xì)胞分裂素對(duì)植物生長(zhǎng)發(fā)育的影響[J]. 陳潔. 現(xiàn)代園藝. 2012(14)
[4]植物激素對(duì)果樹單性結(jié)實(shí)調(diào)控的研究進(jìn)展[J]. 王西成,王晨,房經(jīng)貴,上官凌飛,劉洪,韓鍵. 植物生理學(xué)報(bào). 2012(07)
[5]高等植物赤霉素代謝及其信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路[J]. 岳川,曾建明,曹紅利,王新超,章志芳. 植物生理學(xué)報(bào). 2012(02)
[6]組蛋白修飾組合模式研究進(jìn)展[J]. 崔向軍,李宏. 內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2012(01)
[7]植物干細(xì)胞調(diào)控的分子機(jī)制[J]. 馬克學(xué),李芬,席興字. 生命的化學(xué). 2007(04)
[8]BUD2,encoding an S-adenosylmethionine decarboxylase,is required for Arabidopsis growth and development[J]. Chunmin Ge~(1,2,*) Xia Cui~(1,2,*) Yonghong Wang~1 Yuxin Hu~3 Zhiming Fu~1 Dongfen Zhang~(1,2) Zhukuan Cheng~1 Jiayang Li~1 ~1State Key Laboratory of Plant Genomics and National Center for Plant Gene Research,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China;~2Graduate School,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China;~3Institute of Botany,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100093,China. Cell Research. 2006(05)
[9]Spd和MGBG對(duì)黃瓜子房?jī)?nèi)源多胺和蛋白質(zhì)組成的影響及與單性結(jié)實(shí)的關(guān)系[J]. 陳學(xué)好,于杰,徐強(qiáng),郭紹貴. 園藝學(xué)報(bào). 2005(04)
[10]外源多胺對(duì)富士蘋果花和幼果內(nèi)源多胺與激素的影響[J]. 徐繼忠,陳海江,馬寶焜,章文才. 園藝學(xué)報(bào). 2001(03)
本文編號(hào):3182388
【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:146 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
縮略詞
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 植物器官大小的研究進(jìn)展
1.1.1 植物器官大小的特征和意義
1.1.2 植物器官的發(fā)育過程
1.1.3 植物器官大小調(diào)控因子的研究進(jìn)展
1.2 植物果實(shí)發(fā)育的研究進(jìn)展
1.2.1 植物果實(shí)的形態(tài)特征
1.2.2 植物果實(shí)發(fā)育的細(xì)胞學(xué)基礎(chǔ)
1.2.3 植物果實(shí)發(fā)育過程中的激素調(diào)控
1.2.4 黃瓜果實(shí)發(fā)育相關(guān)進(jìn)展
1.3 組蛋白去乙;笍(fù)合體在植物中的功能研究進(jìn)展
1.4 本研究的目的和意義
第二章 黃瓜果實(shí)長(zhǎng)度基因SF2的克隆及其功能初步分析
2.1 引言
2.2 材料與方法
2.2.1 試驗(yàn)材料
2.2.2 主要試劑和儀器
2.2.3 引物
2.2.4 試驗(yàn)方法
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 sf2 短瓜突變體表型分析與鑒定
2.3.2 SF2 基因定位與克隆
2.3.3 SF2 是一個(gè)保守的核定位蛋白
2.3.4 轉(zhuǎn)基因互補(bǔ)sf2 短瓜表型
2.3.5 利用CRISPR/Cas9 系統(tǒng)轉(zhuǎn)基因敲除SF2
2.3.6 多克隆抗體的特異性鑒定
2.3.7 黃瓜不同組織SF2的mRNA和蛋白表達(dá)分析
2.3.8 黃瓜果實(shí)不同發(fā)育時(shí)期SF2的mRNA和蛋白表達(dá)分析
2.3.9 SF2 在果實(shí)中的免疫熒光定位
2.4 討論
第三章 SF2 參與HDAC復(fù)合體的形成及作用機(jī)制研究
3.1 引言
3.2 材料與方法
3.2.1 試驗(yàn)材料
3.2.2 主要試劑和儀器
3.2.3 引物
3.2.4 試驗(yàn)方法
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 SF2 互作蛋白的挖掘與驗(yàn)證
3.3.2 SF2G515E對(duì) SF2 的全基因組結(jié)合能力的影響
3.3.3 G515E突變促進(jìn)了全基因組的乙酰化水平
3.4 討論
第四章 SF2全基因組靶點(diǎn)的挖掘與分析
4.1 引言
4.2 材料與方法
4.2.1 試驗(yàn)材料
4.2.2 主要試劑和儀器
4.2.3 引物
4.2.4 試驗(yàn)方法
4.3 結(jié)果與分析
4.3.1 野生型WT與突變體sf2 果實(shí)的RNA-seq分析
4.3.2 SF2 主要結(jié)合在靶基因的啟動(dòng)子和基因body區(qū)域
4.3.3 SF2 的結(jié)合元件的分析
4.3.4 SF2 的全基因組結(jié)合水平與乙;降年P(guān)聯(lián)性分析
4.3.5 SF2 的全基因組結(jié)合水平與基因表達(dá)水平的關(guān)聯(lián)性分析
4.3.6 WT和 sf2 果實(shí)中H3K9ac和 H3K14ac結(jié)合peaks分析
4.3.7 核心抑制靶基因集的挖掘
4.3.8 核心激活靶基因集的挖掘
4.3.9 SF2 激活基因集具有更高的SF2 結(jié)合水平、H3K9ac水平以及H3K14ac水平
4.4 討論
4.4.1 SF2 通過組蛋白去乙;揎椧种萍に睾铣珊托盘(hào)相關(guān)基因的表達(dá)
4.4.2 SF2 通過組蛋白去乙;揎椉せ罴(xì)胞周期途徑相關(guān)基因的表達(dá)
4.4.3 SF2 抑制和促進(jìn)基因表達(dá)的表觀調(diào)控機(jī)制
第五章 SF2下游調(diào)控網(wǎng)絡(luò)在果實(shí)發(fā)育過程中的功能研究
5.1 引言
5.2 材料與方法
5.2.1 試驗(yàn)材料
5.2.2 主要試劑和儀器
5.2.3 引物
5.2.4 試驗(yàn)方法
5.3 結(jié)果與分析
5.3.1 核心抑制靶基因集在早期果實(shí)發(fā)育過程中的表達(dá)模式
5.3.2 核心激活靶基因集在早期果實(shí)發(fā)育過程中的表達(dá)模式
5.3.3 SF2 通過調(diào)控細(xì)胞分裂素合成代謝途徑影響果實(shí)細(xì)胞增殖
5.3.4 SF2 通過調(diào)控多胺合成途徑影響果實(shí)細(xì)胞增殖
5.3.5 細(xì)胞分裂素和多胺在果實(shí)細(xì)胞增殖過程中的協(xié)同調(diào)控
5.4 討論
第六章 結(jié)論與創(chuàng)新點(diǎn)
6.1 結(jié)論
6.2 創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡(jiǎn)介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]植物器官大小相關(guān)基因研究進(jìn)展(英文)[J]. 黃瓊林,何瑞,詹若挺,陳蔚文. 熱帶亞熱帶植物學(xué)報(bào). 2013(06)
[2]擬南芥YUAN1基因調(diào)控器官形狀和大小[J]. 張海瑞,徐冉,高玉梅,金維環(huán),郜剛,李云海. 遺傳. 2013(09)
[3]細(xì)胞分裂素對(duì)植物生長(zhǎng)發(fā)育的影響[J]. 陳潔. 現(xiàn)代園藝. 2012(14)
[4]植物激素對(duì)果樹單性結(jié)實(shí)調(diào)控的研究進(jìn)展[J]. 王西成,王晨,房經(jīng)貴,上官凌飛,劉洪,韓鍵. 植物生理學(xué)報(bào). 2012(07)
[5]高等植物赤霉素代謝及其信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路[J]. 岳川,曾建明,曹紅利,王新超,章志芳. 植物生理學(xué)報(bào). 2012(02)
[6]組蛋白修飾組合模式研究進(jìn)展[J]. 崔向軍,李宏. 內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2012(01)
[7]植物干細(xì)胞調(diào)控的分子機(jī)制[J]. 馬克學(xué),李芬,席興字. 生命的化學(xué). 2007(04)
[8]BUD2,encoding an S-adenosylmethionine decarboxylase,is required for Arabidopsis growth and development[J]. Chunmin Ge~(1,2,*) Xia Cui~(1,2,*) Yonghong Wang~1 Yuxin Hu~3 Zhiming Fu~1 Dongfen Zhang~(1,2) Zhukuan Cheng~1 Jiayang Li~1 ~1State Key Laboratory of Plant Genomics and National Center for Plant Gene Research,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China;~2Graduate School,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China;~3Institute of Botany,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100093,China. Cell Research. 2006(05)
[9]Spd和MGBG對(duì)黃瓜子房?jī)?nèi)源多胺和蛋白質(zhì)組成的影響及與單性結(jié)實(shí)的關(guān)系[J]. 陳學(xué)好,于杰,徐強(qiáng),郭紹貴. 園藝學(xué)報(bào). 2005(04)
[10]外源多胺對(duì)富士蘋果花和幼果內(nèi)源多胺與激素的影響[J]. 徐繼忠,陳海江,馬寶焜,章文才. 園藝學(xué)報(bào). 2001(03)
本文編號(hào):3182388
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