目的:利用高通量測序技術對HBV相關肝細胞癌組織以及配對癌旁組織的mRNA進行測序分析,篩選差異表達mRNA,并利用生物信息學手段分析差異表達mRNA,揭示肝細胞癌發(fā)生發(fā)展過程中可能的關鍵調(diào)控通路以及關鍵差異表達的mRNA,為下一步的研究打下基礎。方法:1.肝細胞癌差異表達mRNA分析。對HBV相關肝細胞癌以及配對癌旁組織進行高通量測序（各3例）,計算mRNA表達量,篩選差異表達mRNA,構建肝細胞癌mRNA差異表達譜。2.應用生物信息學手段對差異表達的mRNA進行分析。對差異表達的mRNA進行GO功能富集分析﹑KEGG信號通路富集分析以及KO分析等,揭示差異mRNA可能存在差異的功能以及差異表達mRNA主要參與的代謝途徑和信號通路;結合富集分析的結果,篩選關鍵調(diào)控通路以及關鍵差異表達的mRNA。3.擴大樣本量驗證。對HBV相關肝細胞癌組織及其配對癌旁組織各8例,利用實時熒光定量PCR技術以及免疫組化技術對關鍵調(diào)控通路上的顯著差異mRNA在基因和蛋白水平上的表達進行驗證,為下一步研究打下基礎。結果:1.經(jīng)過高通量測序分析共篩選到2386個差異mRNA。其中癌旁組相對肝細胞癌組織組有11... 

【文章來源】：廣西醫(yī)科大學廣西壯族自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：88 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
個人簡歷
摘要
ABSTRACT
前言
技術路線
材料方法
結果
    1.樣本RNA的濃度、純度及完整性
    2.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量分析
    3.數(shù)據(jù)過濾
    4.堿基質(zhì)量分布
    5.堿基含量分布
    6.Reads平均質(zhì)量分布
    7.比對參考基因組分析
    8.基因覆蓋均一度
    9.PCA分析
    10.差異基因表達分析
    11.聚類分析
    12.差異表達基因功能富集分析
    13.實時熒光定量PCR結果
    14.免疫組化結果
討論
結論
創(chuàng)新性
參考文獻
綜述
    參考文獻
致謝
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文


【參考文獻】：
期刊論文
[1]下調(diào)Claspin抑制肝癌增殖的研究[J]. 李娟,孫冉冉,孫繼紅,朱威威,宋瑞鵬,余祖江.  中華實驗外科雜志. 2018 (09)
[2]Interaction of 14-3-3σ with KCMF1 suppresses the proliferation and colony formation of human colon cancer stem cells[J]. Jian Zou,Lin Mi,Xiao-Feng Yu,Jie Dong.  World Journal of Gastroenterology. 2013(24)
[3]基因芯片技術在植物基因克隆中的應用研究進展[J]. 孫兵,閆彩霞,張廷婷,鄭奕雄,畢玉平,陳高,單世華.  基因組學與應用生物學. 2009(01)
[4]The crystal structure of the non-liganded 14-3-3σ protein: insights into determinants of isoform specific ligand binding and dimerization[J]. Anne BENZINGER,Grzegorz M. POPOWICZ,Joma K. JOY,Sudipta MAJUMDAR,Tad A. HOLAK,Heiko HERMEKING.  Cell Research. 2005(04)
[5]The role of epigenetic inactivation of 14-3-3σ in human cancer[J]. Dmitri LODYGIN,Heiko HERMEKING.  Cell Research. 2005(04)

博士論文
[1]結腸癌相關差異性通路內(nèi)關鍵基因篩選和SFN基因功能研究[D]. 高峰.山東大學 2018

碩士論文
[1]14-3-3σ在UVB誘導的人表皮細胞輻射損傷中的作用及其機制的初步探討[D]. 黃海波.南方醫(yī)科大學 2016



本文編號：3160450