GRF （Growth regulating factor）是植物特有的轉(zhuǎn)錄因子家族,前期研究表明它們參與植物生長(zhǎng)發(fā)育及抗逆脅迫過(guò)程的調(diào)控,與作物農(nóng)藝性狀密切相關(guān)。但有關(guān)基因組水平上的芝麻GRF基因家族研究未曾有報(bào)道。本研究利用生物信息學(xué)方法,在芝麻基因組中共鑒定出11條GRF基因家族成員,并更正了其中對(duì)SIN₁007585和SIN₁005885兩條基因注釋的錯(cuò)誤。預(yù)測(cè)了其蛋白的分子量、等電點(diǎn)、親水性總平均值等基本特征信息。發(fā)現(xiàn)每一條GRF家族基因只含有2或3個(gè)內(nèi)含子,其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物m RNA都含有MicroRNA396a反向互補(bǔ)序列,表明小RNA是控制GRF功能的重要上游成分。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)11條基因不均勻地分布于9條染色體上,無(wú)串聯(lián)重復(fù),基因組內(nèi)有3對(duì)6個(gè)基因具有共線關(guān)系,共線基因數(shù)超過(guò)家族基因組數(shù)的50%,表現(xiàn)出全基因組復(fù)制的特征。還發(fā)現(xiàn)預(yù)期蛋白結(jié)構(gòu)比較保守,與擬南芥GRF家族蛋白相似,其N端都含有1個(gè)QLQ和1個(gè)WRC結(jié)構(gòu)域,C端具有多個(gè)保守基序,表明它們具有同樣的功能和調(diào)控機(jī)制。再者,系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析顯示GRF基因家族可以分為G1、G2、... 

【文章來(lái)源】：分子植物育種. 2020,18(22)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：11 頁(yè)

【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 芝麻GRF家族基因的鑒定
    1.2 芝麻GRF家族基因的染色體分布、命名及理化特性
    1.3 芝麻GRF家族基因的系統(tǒng)發(fā)育
    1.4 芝麻GRF家族基因內(nèi)含子結(jié)構(gòu)和Micro R-NA396a互補(bǔ)序列
    1.5 芝麻GRF家族蛋白保守結(jié)構(gòu)域和基序分析
    1.6 Si GRFs基因共線分析
    1.7 芝麻Si GRF家族基因表達(dá)模式
2 討論
3 材料與方法
    3.1 網(wǎng)絡(luò)生物信息數(shù)據(jù)資源
    3.2 網(wǎng)上生物信息學(xué)分析工具
    3.3 本地生物信息學(xué)分析工具
    3.4 下載整理數(shù)據(jù)
    3.5 芝麻GRF （Si GRF）家族成員的鑒定和命名
    3.6 Si GRF基因和蛋白序列的分布及生理生化和結(jié)構(gòu)特征分析
    3.7 Si GRF家族蛋白的進(jìn)化分析
    3.8 Si GRF家族的表達(dá)分析
作者貢獻(xiàn)



本文編號(hào)：3160408