發(fā)布時間：2021-04-17 20:23

　　本研究旨在克隆山羊DLK1基因,預測編碼蛋白的結構與功能,同時研究該基因在山羊組織器官中的表達規(guī)律及其與肌內脂肪含量的相關性。以簡州大耳羊為試驗動物,采用RT-PCR克隆DLK1基因序列,結合生物信息學方法分析其生物學特性,熒光定量檢測DLK1mRNA表達情況,并將表達量與肌內脂肪含量進行相關性分析。結果顯示,克隆得到山羊DLK1長度為1 137bp,開放閱讀框（ORF）長度為927bp（GenBank登錄號:KP686197）,編碼308個氨基酸,山羊核苷酸序列和氨基酸序列與牛的相似性最高（97%）,系統(tǒng)進化樹分析表明山羊與牛親緣關系最近;生物信息學預測顯示,該蛋白屬于不穩(wěn)定酸性疏水蛋白;有8個磷酸化位點和1個N-糖基化位點;亞細胞定位于內質網（44.4%）、高爾基體（33.3%）和質膜（22.2%）,屬于分泌跨膜蛋白;具有5個表皮生長因子結構域和2個表皮生長因子家族特有的保守結構域EGF-CA;預測二級結構由12.99%β-折疊和87.01%無規(guī)則卷曲組成的非常規(guī)蛋白。熒光定量PCR結果顯示,DLK1基因在山羊不同組織中都存在表達,其在腎中表達水平最高,在脂肪組織中表達水平最低;D... 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學報. 2016,47(03)北大核心CSCD

【文章頁數】：10 頁

【部分圖文】：

圖１ＤＬＫ１基因擴增結果Ｆｉｇ．１ＡｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＤＬＫ１ｇｅｎｅｉｎｇｏａｔＭ．ＤＬ２０００ｍａｒｋｅｒ；１．ＤＬＫ１

表達研究２．２山羊ＤＬＫ１與其他物種同源比較通過ＮＣＢＩ進行同源性在線分析，將山羊ＤＬＫ１基因與ＧｅｎＢａｎｋ已經公布的物種牛（ＢＣ１２０４２９．１）、野豬（ＤＱ３０９４５８．１）、人（Ｕ１５９８１．１）、小家鼠（ＮＭ＿００１１９０７０４．１）以及大鼠（ＢＣ１６７７５２．１）等５個物種核苷酸序列以及氨基酸序列進行比對。結果顯示（表２），山羊與牛的相似性最高。通過ＭＥＧＡ５．０和ｃｌｕｓｔａｌｘ１．８３構建核苷酸序列系統(tǒng)發(fā)育樹（圖３）。結果顯示，山羊與牛聚為一支，符合物種進化規(guī)律。２．３ＤＬＫ１編碼蛋白結構分析２．３．１理化性質分析山羊ＤＬＫ１蛋白分子式表２山羊ＤＬＫ１基因核苷酸和氨基酸序列與其他動物的一致性分析Ｔａｂｌｅ２ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｎｄａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＤＬＫ１ｉｎｇｏａｔａｎｄｏｔｈｅｒｓｐｅｃｉｅｓ物種Ｓｐｅｃｉｅｓ核苷酸／％Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ氨基酸／％Ａｍｉｎｏａｃｉｄ牛Ｂｏｓｔａｕｒｕｓ９７９７野豬Ｓｕｓｓｃｒｏｆａ９１９０人Ｈｕｍａｎ８６８２小家鼠Ｍｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓ８４８１大鼠Ｒａｔｔｕｓｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ８３６０圖３采用ＭＥＧＡ５．０構建ＤＬＫ１基因系統(tǒng)進化樹Ｆｉｇ．３ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆＤＬＫ１ｇｅｎｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｂｙＭＥＧＡ５．０為Ｃ１４１２Ｈ２１９４Ｎ３９０Ｏ４４５Ｓ３９，相對分子質量３３．００ｋｕ，理論等電點（ｐＩ）４．６６，說明該蛋白為酸性蛋白質。

０８，疏水性平均值為０．０１４，說明該蛋白為疏水蛋白。含有２０種常見氨基酸殘基中Ｃｙｓ（１１％）、Ｇｌｙ（１０．１％）、Ｌｅｕ（８．４％）頻率較高，帶負電荷的氨基殘基（Ａｓｐ＋Ｇｌｕ＝３６）多于帶正電荷的氨基酸殘基（Ａｒｇ＋Ｌｙｓ＝１８）。２．３．２蛋白跨膜結構分析ＴＭＨＭＭ在線跨膜分析顯示（圖４），在２３０～２５２位存在一個跨膜螺旋，表明該蛋白為跨膜蛋白，同時預測１～２２９氨基酸殘基位于膜外，２５３～３０８位于膜內。圖４ＤＬＫ１跨膜蛋白分析Ｆｉｇ．４ＤＬＫ１ｐｒｏｔｅｉｎｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｒｅｇｉｏｎａｎａｌｙｓｅｓ２．３．３ＤＬＫ１蛋白修飾結構的預測ＤＬＫ１蛋白修飾結構的預測顯示，ＤＬＫ１蛋白存在８個磷酸化位點；分別在第１２０、１４３、２１０和２８０位氨基酸序列共４個絲氨酸（Ｓｅｒ）磷酸化位點，第９３和９５位共２個蘇氨酸（Ｔｈｒ）磷酸化位點，第１１１和２６４位共２個酪氨酸（Ｔｙｒ）磷酸化位點。無Ｏ－糖基化位點。在第１００位對應天冬氨酰氨殘基的酰胺氮原子存在一個Ｎ－糖基化修飾位點，其概率為０．６９。２．３．４亞細胞定位和蛋白結構域預測ＤＬＫ１蛋白亞細胞定位顯示，該蛋白主要在內質網（４４．４％）、高爾基體（３３．３％）和質膜（２２．２％）中發(fā)揮生物學作用。蛋白質結構域（圖５）預測表明，山羊ＤＬＫ１含有５個ＥＧＦ結構域，分別位于２５～５５、５６～８６、９１～１２５、１３０～１６８和１７３～２０６，跨膜結構４７１

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]山羊印記基因H19、Dlk1、CLPG和毛囊發(fā)育相關基因Dkk1的研究[D]. 曹貴玲.山東農業(yè)大學 2008



本文編號：3144085