全基因組關(guān)聯(lián)分析中基因—基因交互作用檢測(cè)算法研究
發(fā)布時(shí)間:2021-03-30 18:03
全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association studies,GWAS)是經(jīng)過剖析大量生命體全基因組SNP位點(diǎn)上的基因型信息和相關(guān)疾病表型信息來揭露復(fù)雜疾病致病基因的有效途徑。目前,GWAS采用的主要模式是疾病與單個(gè)SNP位點(diǎn)相關(guān)統(tǒng)計(jì)分析的方法,但是人類的復(fù)雜疾病往往是多基因交互作用(Gene-gene interactions)的結(jié)果。大量研究結(jié)果表明,乳腺癌、糖尿病和冠心病等人類常見疾病與多基因交互作用密切相關(guān),而基于單個(gè)SNP位點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)方法可能無法探測(cè)到所有的基因交互作用。探測(cè)基因交互作用有助于基因功能的識(shí)別,對(duì)于發(fā)現(xiàn)隱藏的藥物靶標(biāo)和人類復(fù)雜疾病的遺傳機(jī)制尤為突出。隨著基因分型技術(shù)的快速展開,常見疾病表型信息及相關(guān)個(gè)體的全基因組基因型信息呈爆發(fā)性增長(zhǎng),高維基因交互作用的探測(cè)在計(jì)算上面臨著巨大的挑戰(zhàn)。機(jī)器學(xué)習(xí)(Machine learning)是讓機(jī)器模擬人類的認(rèn)知過程來處理問題的辦法,不用預(yù)設(shè)基因交互作用模型,而是讓計(jì)算機(jī)算法通過大量數(shù)據(jù)進(jìn)行學(xué)習(xí),以此獲得處理高維非線性交互作用的能力。通過近20年的研究和發(fā)展,許多機(jī)器學(xué)習(xí)模型被用于探測(cè)基因與基因之間的交互作用...
【文章來源】:湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:59 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-1人類男性體細(xì)胞染色體??1.3.2染色體與基因??
?中,在有T的地方加上一個(gè)堿基A,在有堿基C的地方加上一個(gè)堿基G,直到??所有的堿基都有配對(duì),DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)如圖1-2所示,堿基互補(bǔ)配對(duì)如圖1-3??所示R??|?_?-…?以??*0—???0?Q?{0)?DKA?Ne?h?llx??,L<lX???X?r?????-o-Lo?叫??1〇c^j?*??q?1?sugar-phosphate?,/?..邊■:??I?’?backbone^?/C??/??-〇一P〇?又?^:還暨csr,??-〇_?=〇?HH2?/??t?(^x?s?*?=?T""^\??’Tv0、??。?5-??3-??o??rind??圖1_2?DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)??3’—-今今今%l5.-??辱辱¥今##令_辱辱??5.?成…―??:V—ACCGATATCGGA—5’??5'—TGGCTATAGCCT—3'??圖1-3堿基互補(bǔ)配對(duì)??1.3.3單核苷酸多態(tài)性和基因型??單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism,?SNP):當(dāng)基因組序列中??的單個(gè)核苷酸(A,?T,C或G)發(fā)生改變時(shí)引起的DNA序列變異,每個(gè)人都有??許多單核苷酸多態(tài)性,這些多態(tài)性為每個(gè)人創(chuàng)造獨(dú)特的DNA序列[14]。在一個(gè)群??6??
?中,在有T的地方加上一個(gè)堿基A,在有堿基C的地方加上一個(gè)堿基G,直到??所有的堿基都有配對(duì),DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)如圖1-2所示,堿基互補(bǔ)配對(duì)如圖1-3??所示R??|?_?-…?以??*0—???0?Q?{0)?DKA?Ne?h?llx??,L<lX???X?r?????-o-Lo?叫??1〇c^j?*??q?1?sugar-phosphate?,/?..邊■:??I?’?backbone^?/C??/??-〇一P〇?又?^:還暨csr,??-〇_?=〇?HH2?/??t?(^x?s?*?=?T""^\??’Tv0、??。?5-??3-??o??rind??圖1_2?DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)??3’—-今今今%l5.-??辱辱¥今##令_辱辱??5.?成…―??:V—ACCGATATCGGA—5’??5'—TGGCTATAGCCT—3'??圖1-3堿基互補(bǔ)配對(duì)??1.3.3單核苷酸多態(tài)性和基因型??單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism,?SNP):當(dāng)基因組序列中??的單個(gè)核苷酸(A,?T,C或G)發(fā)生改變時(shí)引起的DNA序列變異,每個(gè)人都有??許多單核苷酸多態(tài)性,這些多態(tài)性為每個(gè)人創(chuàng)造獨(dú)特的DNA序列[14]。在一個(gè)群??6??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]機(jī)器學(xué)習(xí)方法在基因交互作用探測(cè)中的研究進(jìn)展[J]. 彭哲也,唐紫珺,謝民主. 遺傳. 2018(03)
[2]群智能算法優(yōu)化支持向量機(jī)參數(shù)綜述[J]. 李素,袁志高,王聰,陳天恩,郭兆春. 智能系統(tǒng)學(xué)報(bào). 2018(01)
[3]人工智能領(lǐng)域的機(jī)器學(xué)習(xí)算法研究綜述[J]. 劉俊一. 數(shù)字通信世界. 2018(01)
[4]基于SVM的腫瘤特征基因提取與基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析[J]. 譚云,于彬,王琦然,王學(xué)敏,李珊,邱文瑩. 重慶理工大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)). 2016(06)
[5]基于關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)子團(tuán)的乳腺癌候選疾病模塊挖掘算法[J]. 王一斌,程詠梅,張紹武. 東南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(02)
[6]濕性年齡相關(guān)性黃斑變性的治療進(jìn)展[J]. 李銘,魏偉. 國(guó)際眼科雜志. 2015(02)
[7]應(yīng)用多因子降維法分析基因-基因互作效應(yīng)[J]. 楊帆,霍正浩,楊澤. 寧夏醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2012(04)
[8]全基因組關(guān)聯(lián)研究中的交互作用研究現(xiàn)狀[J]. 李放歌,王志鵬,戶國(guó),李輝. 遺傳. 2011(09)
[9]宿主基因單核苷酸多態(tài)性與幽門螺桿菌相關(guān)胃癌[J]. 何彩云,袁媛. 遺傳. 2011(02)
[10]枚舉有符號(hào)基因組的可行交互移位算法[J]. 陳超,欒峻峰. 計(jì)算機(jī)工程與科學(xué). 2010(09)
博士論文
[1]基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的功能模塊識(shí)別及功能預(yù)測(cè)研究[D]. 王曉敏.國(guó)防科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2013
[2]浙江漢族人群?jiǎn)魏塑账岫鄳B(tài)性與胸主動(dòng)脈瘤遺傳易感性的研究[D]. 王岳.浙江大學(xué) 2012
[3]Nodal、GDF1基因多態(tài)性與中國(guó)漢族先天性心臟病的關(guān)聯(lián)研究及基因間的交互作用研究[D]. 孫曉瑋.蘭州大學(xué) 2012
[4]機(jī)器學(xué)習(xí)及數(shù)據(jù)挖掘在生物信息學(xué)中的應(yīng)用研究[D]. 杜偉.吉林大學(xué) 2011
[5]支持向量機(jī)方法及其應(yīng)用研究[D]. 王書舟.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2009
[6]單體型組裝問題參數(shù)化建模及算法研究[D]. 謝民主.中南大學(xué) 2008
[7]支持向量機(jī)算法及其應(yīng)用研究[D]. 張國(guó)云.湖南大學(xué) 2006
碩士論文
[1]基于智能優(yōu)化計(jì)算的雙聚類算法研究[D]. 田小龍.西安電子科技大學(xué) 2014
[2]中國(guó)漢族人群散發(fā)性帕金森病易感基因的全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 胡雅坤.南昌大學(xué) 2012
[3]個(gè)體單體型組裝問題MEC模型的算法研究與比較[D]. 陳姝伊.西安電子科技大學(xué) 2010
[4]懲罰logistic回歸與多因子降維法交互作用分析及其應(yīng)用[D]. 駱常好.山西醫(yī)科大學(xué) 2009
本文編號(hào):3109918
【文章來源】:湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:59 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-1人類男性體細(xì)胞染色體??1.3.2染色體與基因??
?中,在有T的地方加上一個(gè)堿基A,在有堿基C的地方加上一個(gè)堿基G,直到??所有的堿基都有配對(duì),DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)如圖1-2所示,堿基互補(bǔ)配對(duì)如圖1-3??所示R??|?_?-…?以??*0—???0?Q?{0)?DKA?Ne?h?llx??,L<lX???X?r?????-o-Lo?叫??1〇c^j?*??q?1?sugar-phosphate?,/?..邊■:??I?’?backbone^?/C??/??-〇一P〇?又?^:還暨csr,??-〇_?=〇?HH2?/??t?(^x?s?*?=?T""^\??’Tv0、??。?5-??3-??o??rind??圖1_2?DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)??3’—-今今今%l5.-??辱辱¥今##令_辱辱??5.?成…―??:V—ACCGATATCGGA—5’??5'—TGGCTATAGCCT—3'??圖1-3堿基互補(bǔ)配對(duì)??1.3.3單核苷酸多態(tài)性和基因型??單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism,?SNP):當(dāng)基因組序列中??的單個(gè)核苷酸(A,?T,C或G)發(fā)生改變時(shí)引起的DNA序列變異,每個(gè)人都有??許多單核苷酸多態(tài)性,這些多態(tài)性為每個(gè)人創(chuàng)造獨(dú)特的DNA序列[14]。在一個(gè)群??6??
?中,在有T的地方加上一個(gè)堿基A,在有堿基C的地方加上一個(gè)堿基G,直到??所有的堿基都有配對(duì),DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)如圖1-2所示,堿基互補(bǔ)配對(duì)如圖1-3??所示R??|?_?-…?以??*0—???0?Q?{0)?DKA?Ne?h?llx??,L<lX???X?r?????-o-Lo?叫??1〇c^j?*??q?1?sugar-phosphate?,/?..邊■:??I?’?backbone^?/C??/??-〇一P〇?又?^:還暨csr,??-〇_?=〇?HH2?/??t?(^x?s?*?=?T""^\??’Tv0、??。?5-??3-??o??rind??圖1_2?DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)??3’—-今今今%l5.-??辱辱¥今##令_辱辱??5.?成…―??:V—ACCGATATCGGA—5’??5'—TGGCTATAGCCT—3'??圖1-3堿基互補(bǔ)配對(duì)??1.3.3單核苷酸多態(tài)性和基因型??單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism,?SNP):當(dāng)基因組序列中??的單個(gè)核苷酸(A,?T,C或G)發(fā)生改變時(shí)引起的DNA序列變異,每個(gè)人都有??許多單核苷酸多態(tài)性,這些多態(tài)性為每個(gè)人創(chuàng)造獨(dú)特的DNA序列[14]。在一個(gè)群??6??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]機(jī)器學(xué)習(xí)方法在基因交互作用探測(cè)中的研究進(jìn)展[J]. 彭哲也,唐紫珺,謝民主. 遺傳. 2018(03)
[2]群智能算法優(yōu)化支持向量機(jī)參數(shù)綜述[J]. 李素,袁志高,王聰,陳天恩,郭兆春. 智能系統(tǒng)學(xué)報(bào). 2018(01)
[3]人工智能領(lǐng)域的機(jī)器學(xué)習(xí)算法研究綜述[J]. 劉俊一. 數(shù)字通信世界. 2018(01)
[4]基于SVM的腫瘤特征基因提取與基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析[J]. 譚云,于彬,王琦然,王學(xué)敏,李珊,邱文瑩. 重慶理工大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)). 2016(06)
[5]基于關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)子團(tuán)的乳腺癌候選疾病模塊挖掘算法[J]. 王一斌,程詠梅,張紹武. 東南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(02)
[6]濕性年齡相關(guān)性黃斑變性的治療進(jìn)展[J]. 李銘,魏偉. 國(guó)際眼科雜志. 2015(02)
[7]應(yīng)用多因子降維法分析基因-基因互作效應(yīng)[J]. 楊帆,霍正浩,楊澤. 寧夏醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2012(04)
[8]全基因組關(guān)聯(lián)研究中的交互作用研究現(xiàn)狀[J]. 李放歌,王志鵬,戶國(guó),李輝. 遺傳. 2011(09)
[9]宿主基因單核苷酸多態(tài)性與幽門螺桿菌相關(guān)胃癌[J]. 何彩云,袁媛. 遺傳. 2011(02)
[10]枚舉有符號(hào)基因組的可行交互移位算法[J]. 陳超,欒峻峰. 計(jì)算機(jī)工程與科學(xué). 2010(09)
博士論文
[1]基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的功能模塊識(shí)別及功能預(yù)測(cè)研究[D]. 王曉敏.國(guó)防科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2013
[2]浙江漢族人群?jiǎn)魏塑账岫鄳B(tài)性與胸主動(dòng)脈瘤遺傳易感性的研究[D]. 王岳.浙江大學(xué) 2012
[3]Nodal、GDF1基因多態(tài)性與中國(guó)漢族先天性心臟病的關(guān)聯(lián)研究及基因間的交互作用研究[D]. 孫曉瑋.蘭州大學(xué) 2012
[4]機(jī)器學(xué)習(xí)及數(shù)據(jù)挖掘在生物信息學(xué)中的應(yīng)用研究[D]. 杜偉.吉林大學(xué) 2011
[5]支持向量機(jī)方法及其應(yīng)用研究[D]. 王書舟.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2009
[6]單體型組裝問題參數(shù)化建模及算法研究[D]. 謝民主.中南大學(xué) 2008
[7]支持向量機(jī)算法及其應(yīng)用研究[D]. 張國(guó)云.湖南大學(xué) 2006
碩士論文
[1]基于智能優(yōu)化計(jì)算的雙聚類算法研究[D]. 田小龍.西安電子科技大學(xué) 2014
[2]中國(guó)漢族人群散發(fā)性帕金森病易感基因的全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 胡雅坤.南昌大學(xué) 2012
[3]個(gè)體單體型組裝問題MEC模型的算法研究與比較[D]. 陳姝伊.西安電子科技大學(xué) 2010
[4]懲罰logistic回歸與多因子降維法交互作用分析及其應(yīng)用[D]. 駱常好.山西醫(yī)科大學(xué) 2009
本文編號(hào):3109918
本文鏈接:http://sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/3109918.html
最近更新
教材專著