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全基因組關(guān)聯(lián)分析中基因—基因交互作用檢測(cè)算法研究

發(fā)布時(shí)間:2021-03-30 18:03
  全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association studies,GWAS)是經(jīng)過剖析大量生命體全基因組SNP位點(diǎn)上的基因型信息和相關(guān)疾病表型信息來揭露復(fù)雜疾病致病基因的有效途徑。目前,GWAS采用的主要模式是疾病與單個(gè)SNP位點(diǎn)相關(guān)統(tǒng)計(jì)分析的方法,但是人類的復(fù)雜疾病往往是多基因交互作用(Gene-gene interactions)的結(jié)果。大量研究結(jié)果表明,乳腺癌、糖尿病和冠心病等人類常見疾病與多基因交互作用密切相關(guān),而基于單個(gè)SNP位點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)方法可能無法探測(cè)到所有的基因交互作用。探測(cè)基因交互作用有助于基因功能的識(shí)別,對(duì)于發(fā)現(xiàn)隱藏的藥物靶標(biāo)和人類復(fù)雜疾病的遺傳機(jī)制尤為突出。隨著基因分型技術(shù)的快速展開,常見疾病表型信息及相關(guān)個(gè)體的全基因組基因型信息呈爆發(fā)性增長(zhǎng),高維基因交互作用的探測(cè)在計(jì)算上面臨著巨大的挑戰(zhàn)。機(jī)器學(xué)習(xí)(Machine learning)是讓機(jī)器模擬人類的認(rèn)知過程來處理問題的辦法,不用預(yù)設(shè)基因交互作用模型,而是讓計(jì)算機(jī)算法通過大量數(shù)據(jù)進(jìn)行學(xué)習(xí),以此獲得處理高維非線性交互作用的能力。通過近20年的研究和發(fā)展,許多機(jī)器學(xué)習(xí)模型被用于探測(cè)基因與基因之間的交互作用... 

【文章來源】:湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】:59 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

全基因組關(guān)聯(lián)分析中基因—基因交互作用檢測(cè)算法研究


圖1-1人類男性體細(xì)胞染色體??1.3.2染色體與基因??

雙螺旋結(jié)構(gòu),單核苷酸多態(tài)性,堿基


?中,在有T的地方加上一個(gè)堿基A,在有堿基C的地方加上一個(gè)堿基G,直到??所有的堿基都有配對(duì),DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)如圖1-2所示,堿基互補(bǔ)配對(duì)如圖1-3??所示R??|?_?-…?以??*0—???0?Q?{0)?DKA?Ne?h?llx??,L<lX???X?r?????-o-Lo?叫??1〇c^j?*??q?1?sugar-phosphate?,/?..邊■:??I?’?backbone^?/C??/??-〇一P〇?又?^:還暨csr,??-〇_?=〇?HH2?/??t?(^x?s?*?=?T""^\??’Tv0、??。?5-??3-??o??rind??圖1_2?DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)??3’—-今今今%l5.-??辱辱¥今##令_辱辱??5.?成…―??:V—ACCGATATCGGA—5’??5'—TGGCTATAGCCT—3'??圖1-3堿基互補(bǔ)配對(duì)??1.3.3單核苷酸多態(tài)性和基因型??單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism,?SNP):當(dāng)基因組序列中??的單個(gè)核苷酸(A,?T,C或G)發(fā)生改變時(shí)引起的DNA序列變異,每個(gè)人都有??許多單核苷酸多態(tài)性,這些多態(tài)性為每個(gè)人創(chuàng)造獨(dú)特的DNA序列[14]。在一個(gè)群??6??

單核苷酸多態(tài)性,堿基,雙螺旋結(jié)構(gòu),序列變異


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【參考文獻(xiàn)】:
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博士論文
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[2]浙江漢族人群?jiǎn)魏塑账岫鄳B(tài)性與胸主動(dòng)脈瘤遺傳易感性的研究[D]. 王岳.浙江大學(xué) 2012
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碩士論文
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[4]懲罰logistic回歸與多因子降維法交互作用分析及其應(yīng)用[D]. 駱常好.山西醫(yī)科大學(xué) 2009



本文編號(hào):3109918

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