目的:建立痛風(fēng)相關(guān)基因單核苷酸多態(tài)性（SNP）位點(diǎn)的基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜（MALDI-TOF）分子診斷方法,完成48個(gè)SNP位點(diǎn)的分型檢測(cè)并驗(yàn)證其在西北地區(qū)痛風(fēng)人群的遺傳易感相關(guān)性。對(duì)MALDI-TOF基因分型的結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)與對(duì)比,完成MALDI-TOF與PCR-HRM的方法學(xué)評(píng)價(jià)。方法:通過(guò)軟件設(shè)計(jì)48個(gè)SNP位點(diǎn)的特異性擴(kuò)增引物以及單堿基延伸引物,建立基于MALDI-TOF技術(shù)的分子診斷方法,對(duì)400份痛風(fēng)樣本的48個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè),使用統(tǒng)計(jì)軟件對(duì)病例組和對(duì)照組的基因型及等位基因頻率進(jìn)行分析。將MALDI-TOF分型結(jié)果與PCR-HRM分型結(jié)果進(jìn)行對(duì)比,以Sanger測(cè)序結(jié)果為“金標(biāo)準(zhǔn)”評(píng)價(jià)兩個(gè)方法的差異性及檢測(cè)性能。結(jié)果:（1）所建立的MALDI-TOF檢測(cè)體系完成了對(duì)400份樣本的48個(gè)SN P位點(diǎn)的檢測(cè),總體成功率為99.73%（19148/19200）,有7個(gè)位點(diǎn)的52個(gè)基因型檢測(cè)失敗。21個(gè)基因中有12個(gè)基因的19個(gè)SNP位點(diǎn)等位基因攜帶者痛風(fēng)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)增加;其中11個(gè)基因的19個(gè)SNP位點(diǎn)等位基因攜帶者痛風(fēng)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)降低。（2）MALDI-TOF方法檢測(cè)結(jié)果... 

【文章來(lái)源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：128 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

MALDI-TOF原理圖[51]

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文痛風(fēng)相關(guān)基因SNP位點(diǎn)分子診斷方法的建立與比較評(píng)價(jià)8圖1-2MALDI-TOF基因分型實(shí)驗(yàn)流程圖該方法具有快速、高通量、自動(dòng)化程度高等優(yōu)點(diǎn)，已在眾多基因相關(guān)研究中廣泛使用，其準(zhǔn)確性和低成本在大樣本研究中具有優(yōu)勢(shì)，研究顯示該方法單位點(diǎn)成本為1.11~1.3美元，而RELP分型方法為1.21美元，Taqman方法為0.93美元，但是當(dāng)增加多重反應(yīng)時(shí)，其低成本優(yōu)勢(shì)便顯現(xiàn)出來(lái)，4重反應(yīng)即4個(gè)位點(diǎn)時(shí)，其成本為0.28~0.33美元，當(dāng)增加至7重反應(yīng)時(shí)，成本低至0.15~0.18美元[45,46]。本研究即建立基于MALDI-TOF技術(shù)的痛風(fēng)相關(guān)基因SNP位點(diǎn)分子診斷方法，并對(duì)其檢測(cè)性能和適用性做出比較評(píng)價(jià)。

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文痛風(fēng)相關(guān)基因SNP位點(diǎn)分子診斷方法的建立與比較評(píng)價(jià)13圖2-1基因組DNA提取操作流程圖2.5引物設(shè)計(jì)質(zhì)譜設(shè)計(jì)引物使用Sequenom公司GenotypingTools軟件和MassarrayAssayDesign軟件設(shè)計(jì)待測(cè)48個(gè)位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物及單堿基延伸引物，通常需要查詢目的SNP位點(diǎn)上下游250bp的序列信息。質(zhì)譜方法的擴(kuò)增引物應(yīng)符合以下要求：①引物長(zhǎng)度18~30bp，包括一個(gè)10bp的通用標(biāo)簽序列：ACGTTGGATG，PCR產(chǎn)物80~200bp，最佳大小為90bp；②Tm值55~65℃，退火溫度60℃左右；③GC含量40~70%；④要特別注意避免引物二聚體和非特異性擴(kuò)增的存在。延伸引物一般長(zhǎng)度為17~24bp，Tm值位于45~100℃。48個(gè)位點(diǎn)MALDI方法的引物以及單堿基延伸引物序列如下表2-4。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]高分辨率熔解曲線技術(shù)及應(yīng)用新進(jìn)展[J]. 王姣,尤崇革.  蘭州大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2016(05)
[2]高分辨熔解技術(shù)常用熒光染料的SNP基因分型能力比較[J]. 尤崇革,李曉軍,郜莉娜,李菲菲.  臨床檢驗(yàn)雜志. 2011(08)

碩士論文
[1]基于HRM技術(shù)建立胃癌和RA關(guān)聯(lián)基因SNP位點(diǎn)分子診斷方法[D]. 楊美娟.蘭州大學(xué) 2019
[2]SLC2A9、SLC22A12、SLC17A1和GCKR基因多態(tài)性分子診斷技術(shù)的建立與應(yīng)用[D]. 張小珍.蘭州大學(xué) 2018
[3]ABCG2基因多態(tài)性PCR-HRM分子診斷技術(shù)的建立與應(yīng)用[D]. 王姣.蘭州大學(xué) 2018
[4]痛風(fēng)關(guān)聯(lián)基因多態(tài)性分子診斷技術(shù)的建立及應(yīng)用[D]. 閆雯.蘭州大學(xué) 2018



本文編號(hào)：3050879