大白菜生長素受體基因家族生物信息學(xué)鑒定與表達分析
發(fā)布時間:2021-02-22 08:44
【目的】對大白菜生長素受體BrTIR1/AFBs基因家族進行系統(tǒng)分析,為大白菜BrTIR1/AFBs基因家族的功能挖掘和性狀遺傳改良提供理論依據(jù)!痉椒ā坷蒙镄畔W(xué)方法,分析大白菜生長素受體基因家族的進化關(guān)系、編碼蛋白、保守結(jié)構(gòu)域和順式作用元件;贜CBI轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-sep)數(shù)據(jù),分析BrTIR1/AFBs基因家族在大白菜不同組織中的表達模式以及在根腫病入侵條件下的表達情況!窘Y(jié)果】從大白菜基因組數(shù)據(jù)庫中鑒定得到10個BrTIR1/AFBs基因。擬南芥、莖瘤芥和大豆生長素受體基因家族多序列比對以及系統(tǒng)進化樹分析結(jié)果顯示:BrTIR1/AFBs基因分為6個亞家族(TIR1、AFB1、AFB2、AFB3、AFB4和AFB5),處于同一亞族的基因具有相似的結(jié)構(gòu)。染色體定位結(jié)果顯示:BrTIR1/AFBs基因家族成員分布在除Chr5、Chr6和Chr10號染色體之外的7條染色體上,呈現(xiàn)出不均勻分布。順式作用元件分析結(jié)果顯示:所有的BrTIR1/AFBs基因家族成員都含有響應(yīng)生長素、防御和逆境脅迫的作用元件,預(yù)示著這些基因可能參與相應(yīng)的生物學(xué)過程。組織表達模式分析發(fā)現(xiàn):10個BrT...
【文章來源】:云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)). 2020,35(06)北大核心
【文章頁數(shù)】:12 頁
【參考文獻】:
期刊論文
[1]大白菜LOG基因家族的鑒定與生物信息學(xué)分析[J]. 霍如雪,孫琳,劉振寧. 北方園藝. 2018(04)
[2]大豆生長素受體基因家族及組織化學(xué)表達模式分析[J]. 程春紅,蔡兆明. 中國油料作物學(xué)報. 2017(04)
[3]白菜SAUR基因家族的生物信息學(xué)分析[J]. 趙敬會,王瑞雪,李榮沖,梁晶龍,張濤. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2012(22)
[4]植物生長素受體蛋白研究現(xiàn)狀[J]. 皮冬梅,劉悅萍. 生物技術(shù)通報. 2011(06)
本文編號:3045736
【文章來源】:云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)). 2020,35(06)北大核心
【文章頁數(shù)】:12 頁
【參考文獻】:
期刊論文
[1]大白菜LOG基因家族的鑒定與生物信息學(xué)分析[J]. 霍如雪,孫琳,劉振寧. 北方園藝. 2018(04)
[2]大豆生長素受體基因家族及組織化學(xué)表達模式分析[J]. 程春紅,蔡兆明. 中國油料作物學(xué)報. 2017(04)
[3]白菜SAUR基因家族的生物信息學(xué)分析[J]. 趙敬會,王瑞雪,李榮沖,梁晶龍,張濤. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2012(22)
[4]植物生長素受體蛋白研究現(xiàn)狀[J]. 皮冬梅,劉悅萍. 生物技術(shù)通報. 2011(06)
本文編號:3045736
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