基于轉(zhuǎn)錄組SSR分子標(biāo)記的甘草屬植物雜交區(qū)組成及種間基因漸滲研究
發(fā)布時(shí)間:2021-01-31 10:30
自然雜交在物種的形成和分化過程中起重要的作用。甘草屬(Glycyrrhiza L.)植物的種間由于生殖隔離的機(jī)制不完善,鄰域和同域分布物種,種間常常發(fā)生雜交及基因漸滲現(xiàn)象,對(duì)自然居群遺傳結(jié)構(gòu)和物種分化產(chǎn)生重要的影響。本研究基于脹果甘草轉(zhuǎn)錄組35,717條genes序列數(shù)據(jù)進(jìn)行SSR的挖掘和分析;并通過篩選出的轉(zhuǎn)錄組SSR對(duì)不同雜交區(qū)雜交居群的遺傳多樣性、物種組成(親代及子代)的遺傳結(jié)構(gòu)、基因漸滲程度和方向進(jìn)行研究;并在此基礎(chǔ)上,對(duì)不同雜交區(qū)土壤含水量、含鹽量與物種組成、遺傳多樣性進(jìn)行相關(guān)性分析。揭示不同雜交區(qū)的雜交物種組成和基因漸滲差異,探討不同環(huán)境選擇壓力下,自然雜交對(duì)甘草屬物種形成和遺傳分化的影響,為甘草屬植物的系統(tǒng)分類研究及雜交物種形成、適應(yīng)進(jìn)化機(jī)制研究提供依據(jù)。結(jié)果如下:1.對(duì)脹果甘草轉(zhuǎn)錄35,717條genes序列的SSR查找和特征結(jié)果表明:共7660條轉(zhuǎn)錄組序列包含10,378個(gè)SSR位點(diǎn);SSR重復(fù)以三核苷酸(5,111,47.60%)重復(fù)最多,重復(fù)類型以CAA/GAA為主;其次是二核苷酸(5,102,47.51%)重復(fù),重復(fù)類型以CT/TC(1,879,36.83%)為...
【文章來源】:石河子大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校
【文章頁數(shù)】:47 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
引物GZ-37在甘草屬植物的SSR多態(tài)擴(kuò)增圖譜.M.Marker1;1~3烏拉爾甘草;4~6.脹果甘草;7~9光果甘草;10~11.密腺甘草;12~15.黃甘草
經(jīng)典的形態(tài)學(xué)分類結(jié)果是一致。該標(biāo)記可被用來分析甘草屬種間的親緣關(guān)系,所以挖掘開發(fā)的 SSR 引物是可適用的。圖2-2 基于脹果甘草轉(zhuǎn)錄組SSR標(biāo)記甘草屬植物UPGMA聚類圖Fig. 2-2 UPGMA dendrogram of Glycyrrhiza species based on SSR markers3 討論3.1 轉(zhuǎn)錄組SSR序列特征到目前為止,甘草屬植物的公共數(shù)據(jù)庫信息仍較少,幾乎所有的序列都來自烏拉爾甘草(李曉嵐, 2015; Liu et al, 2015)。因此,我們開發(fā)的轉(zhuǎn)錄組序列大大增加了公共數(shù)據(jù)庫中甘草的可用的基因資源。本文研究的SSR標(biāo)記,可為進(jìn)一步研究甘草屬物種的基因表達(dá)重要途徑、分子遺傳學(xué)和功能基因組學(xué)在藥用和生態(tài)價(jià)值方面的應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。在大多屬植物中,SSR類型主要以二、三核苷酸為主 (Liang et al, 2009a; 黃海燕等,2013)
圖3-1采樣地理分布點(diǎn)Fig. 3-1 Geographical distribution of the sampled.表3-1 不同甘草屬植物種群采樣點(diǎn)和數(shù)量Table 4-1 Collection places and sample size about different of Glycyrrhiza阿拉爾 A 阿拉爾 B 庫爾勒 焉耆 博湖 哈密 鄯善 吐魯番 民勤 張掖 21 19 14 15 1 15 10 1 29 1 1 15 7 20 27 26 2 15 14 10 16 86 27 36 13 20 23 37 157 74 57 14 44 42 34 15 10 分析增結(jié)果表 3-2 13對(duì)引物在不同種群擴(kuò)增結(jié)果Table 3-2Amplification results of 13 pairs of primers in different populatio
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]48個(gè)果用銀杏品種SSR指紋圖譜構(gòu)建與遺傳多樣性分析[J]. 王星星,周琦,陶?qǐng)@園,胥猛,郁萬文,徐立安. 分子植物育種. 2017(05)
[2]基于馬尾松轉(zhuǎn)錄組的SSR分子標(biāo)記開發(fā)及種質(zhì)鑒定[J]. 梅利那,范付華,崔博文,文曉鵬. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2017(06)
[3]用核DNA和葉綠體DNA序列鑒別鐵線蕨屬Adiantum L.(鳳尾蕨科)新的隱性雜交種[J]. 王瑩,商輝,顧鈺峰,韋宏金,趙國(guó)華,戴錫玲,嚴(yán)岳鴻. 科學(xué)通報(bào). 2015(10)
[4]4種甘草屬植物EST-SSR引物開發(fā)及其親緣關(guān)系分析[J]. 李曉嵐,陸嘉惠,謝良碧,張愛霞,陳曉翠,李學(xué)禹. 西北植物學(xué)報(bào). 2015(03)
[5]三種甘草屬植物的種間雜交親和性及雜交種子活力[J]. 謝良碧,陸嘉惠,李曉嵐,張宇,魏濤,李學(xué)禹. 植物分類與資源學(xué)報(bào). 2014(03)
[6]南方紅豆杉轉(zhuǎn)錄組SSR挖掘及分子標(biāo)記的研究[J]. 李炎林,楊星星,張家銀,黃三文,熊興耀. 園藝學(xué)報(bào). 2014(04)
[7]棉毛橐吾和穗序橐吾的自然雜交研究(英文)[J]. 余姣君,潘莉,潘躍芝,龔洵. 植物分類與資源學(xué)報(bào). 2014(02)
[8]二倍體雜交種棱果沙棘雙向雜交起源及其母本主要來源于中國(guó)沙棘的分子證據(jù)[J]. 蔣嚴(yán)妃,嚴(yán)容,蘇雪,陳紋,孫坤. 植物研究. 2014(01)
[9]基因流存在條件下的物種形成研究述評(píng):生殖隔離機(jī)制進(jìn)化[J]. 李忠虎,劉占林,王瑪麗,錢增強(qiáng),趙鵬,祝娟,楊一欣,閻曉昊,李銀軍,趙桂仿. 生物多樣性. 2014(01)
[10]甘草種質(zhì)資源研究進(jìn)展[J]. 劉洋洋,劉春生,曾斌芳,范冰舵,李朋收,徐暾海,劉銅華. 中草藥. 2013(24)
碩士論文
[1]基于SCoT分子標(biāo)記的甘草屬植物自然居群的遺傳多樣性與基因漸滲研究[D]. 宋鳳.石河子大學(xué) 2017
[2]不同地區(qū)環(huán)境條件下歪頭菜遺傳多樣性研究[D]. 陳輝.蘭州大學(xué) 2016
[3]芨芨草種群的遺傳分化及其群落對(duì)土壤鹽分的生態(tài)適應(yīng)[D]. 張雅瓊.內(nèi)蒙古大學(xué) 2011
[4]蒺藜苜蓿SSR標(biāo)記遺傳圖譜的構(gòu)建及部分農(nóng)藝性狀的QTL定位[D]. 屠德鵬.揚(yáng)州大學(xué) 2011
本文編號(hào):3010690
【文章來源】:石河子大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校
【文章頁數(shù)】:47 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
引物GZ-37在甘草屬植物的SSR多態(tài)擴(kuò)增圖譜.M.Marker1;1~3烏拉爾甘草;4~6.脹果甘草;7~9光果甘草;10~11.密腺甘草;12~15.黃甘草
經(jīng)典的形態(tài)學(xué)分類結(jié)果是一致。該標(biāo)記可被用來分析甘草屬種間的親緣關(guān)系,所以挖掘開發(fā)的 SSR 引物是可適用的。圖2-2 基于脹果甘草轉(zhuǎn)錄組SSR標(biāo)記甘草屬植物UPGMA聚類圖Fig. 2-2 UPGMA dendrogram of Glycyrrhiza species based on SSR markers3 討論3.1 轉(zhuǎn)錄組SSR序列特征到目前為止,甘草屬植物的公共數(shù)據(jù)庫信息仍較少,幾乎所有的序列都來自烏拉爾甘草(李曉嵐, 2015; Liu et al, 2015)。因此,我們開發(fā)的轉(zhuǎn)錄組序列大大增加了公共數(shù)據(jù)庫中甘草的可用的基因資源。本文研究的SSR標(biāo)記,可為進(jìn)一步研究甘草屬物種的基因表達(dá)重要途徑、分子遺傳學(xué)和功能基因組學(xué)在藥用和生態(tài)價(jià)值方面的應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。在大多屬植物中,SSR類型主要以二、三核苷酸為主 (Liang et al, 2009a; 黃海燕等,2013)
圖3-1采樣地理分布點(diǎn)Fig. 3-1 Geographical distribution of the sampled.表3-1 不同甘草屬植物種群采樣點(diǎn)和數(shù)量Table 4-1 Collection places and sample size about different of Glycyrrhiza阿拉爾 A 阿拉爾 B 庫爾勒 焉耆 博湖 哈密 鄯善 吐魯番 民勤 張掖 21 19 14 15 1 15 10 1 29 1 1 15 7 20 27 26 2 15 14 10 16 86 27 36 13 20 23 37 157 74 57 14 44 42 34 15 10 分析增結(jié)果表 3-2 13對(duì)引物在不同種群擴(kuò)增結(jié)果Table 3-2Amplification results of 13 pairs of primers in different populatio
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]48個(gè)果用銀杏品種SSR指紋圖譜構(gòu)建與遺傳多樣性分析[J]. 王星星,周琦,陶?qǐng)@園,胥猛,郁萬文,徐立安. 分子植物育種. 2017(05)
[2]基于馬尾松轉(zhuǎn)錄組的SSR分子標(biāo)記開發(fā)及種質(zhì)鑒定[J]. 梅利那,范付華,崔博文,文曉鵬. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2017(06)
[3]用核DNA和葉綠體DNA序列鑒別鐵線蕨屬Adiantum L.(鳳尾蕨科)新的隱性雜交種[J]. 王瑩,商輝,顧鈺峰,韋宏金,趙國(guó)華,戴錫玲,嚴(yán)岳鴻. 科學(xué)通報(bào). 2015(10)
[4]4種甘草屬植物EST-SSR引物開發(fā)及其親緣關(guān)系分析[J]. 李曉嵐,陸嘉惠,謝良碧,張愛霞,陳曉翠,李學(xué)禹. 西北植物學(xué)報(bào). 2015(03)
[5]三種甘草屬植物的種間雜交親和性及雜交種子活力[J]. 謝良碧,陸嘉惠,李曉嵐,張宇,魏濤,李學(xué)禹. 植物分類與資源學(xué)報(bào). 2014(03)
[6]南方紅豆杉轉(zhuǎn)錄組SSR挖掘及分子標(biāo)記的研究[J]. 李炎林,楊星星,張家銀,黃三文,熊興耀. 園藝學(xué)報(bào). 2014(04)
[7]棉毛橐吾和穗序橐吾的自然雜交研究(英文)[J]. 余姣君,潘莉,潘躍芝,龔洵. 植物分類與資源學(xué)報(bào). 2014(02)
[8]二倍體雜交種棱果沙棘雙向雜交起源及其母本主要來源于中國(guó)沙棘的分子證據(jù)[J]. 蔣嚴(yán)妃,嚴(yán)容,蘇雪,陳紋,孫坤. 植物研究. 2014(01)
[9]基因流存在條件下的物種形成研究述評(píng):生殖隔離機(jī)制進(jìn)化[J]. 李忠虎,劉占林,王瑪麗,錢增強(qiáng),趙鵬,祝娟,楊一欣,閻曉昊,李銀軍,趙桂仿. 生物多樣性. 2014(01)
[10]甘草種質(zhì)資源研究進(jìn)展[J]. 劉洋洋,劉春生,曾斌芳,范冰舵,李朋收,徐暾海,劉銅華. 中草藥. 2013(24)
碩士論文
[1]基于SCoT分子標(biāo)記的甘草屬植物自然居群的遺傳多樣性與基因漸滲研究[D]. 宋鳳.石河子大學(xué) 2017
[2]不同地區(qū)環(huán)境條件下歪頭菜遺傳多樣性研究[D]. 陳輝.蘭州大學(xué) 2016
[3]芨芨草種群的遺傳分化及其群落對(duì)土壤鹽分的生態(tài)適應(yīng)[D]. 張雅瓊.內(nèi)蒙古大學(xué) 2011
[4]蒺藜苜蓿SSR標(biāo)記遺傳圖譜的構(gòu)建及部分農(nóng)藝性狀的QTL定位[D]. 屠德鵬.揚(yáng)州大學(xué) 2011
本文編號(hào):3010690
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