白血病是一種常見造血干細(xì)胞惡性腫瘤疾病,具有復(fù)發(fā)率高、機(jī)制復(fù)雜的特點(diǎn),并且會(huì)帶來多種并發(fā)癥。通過藥物的靶向治療可以控制疾病的發(fā)展,且對(duì)正常細(xì)胞影響很小,但是該方法需要針對(duì)已經(jīng)明確的致癌位點(diǎn)進(jìn)行治療。由于目前還未清楚白血病的發(fā)病機(jī)理,許多潛在的與疾病相關(guān)的關(guān)鍵基因尚待探究。僅僅使用傳統(tǒng)的生物學(xué)實(shí)驗(yàn)來識(shí)別關(guān)鍵基因的效率很低,而利用生物信息數(shù)據(jù),結(jié)合計(jì)算機(jī)科學(xué)、復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)科學(xué)及數(shù)據(jù)挖掘等技術(shù)則避免了這一缺點(diǎn)。為了尋找白血病潛在的治療靶點(diǎn),本文主要從白血病的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)及網(wǎng)絡(luò)可控性對(duì)其分析,篩選出與白血病相關(guān)的關(guān)鍵基因,具體的工作內(nèi)容概括如下:1)首先為了構(gòu)建一個(gè)更精準(zhǔn)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),本文提出了基于deepwalk的基因網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)算法,可以引入新的有效的生物信息數(shù)據(jù),并且可以避免使用高維稀疏特征。通過在真實(shí)數(shù)據(jù)集上與目前的重構(gòu)模型做對(duì)比實(shí)驗(yàn),驗(yàn)證方法的可行性與有效性。本文依據(jù)以上算法構(gòu)建了白血病基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并基于該網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)尋找到10個(gè)關(guān)鍵基因。2)加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）是另外一種尋找關(guān)鍵基因的重要方法,該方法在疾病與性狀或基因的關(guān)聯(lián)分析中被廣泛使用,其假設(shè)基因... 

【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的正向研究

如基因表達(dá)數(shù)據(jù)和其他高通量表達(dá)數(shù)據(jù)，同時(shí)結(jié)合生物先驗(yàn)知識(shí)對(duì)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)和重構(gòu)，如圖1-2 所示。本小節(jié)對(duì)已有的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法做簡單介紹。圖 1-1 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的正向研究圖 1-2 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)逆向工程

圖 1-4 訓(xùn)練集與測(cè)試集的構(gòu)建Supervised Inference of Regulatory Network（SIRENE）[16]是基于支持向量機(jī)（S方法，其在 protein-protein interaction（PPI）網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建上表現(xiàn)出色。該方法因表達(dá)值數(shù)據(jù)及已知的有調(diào)控關(guān)系的轉(zhuǎn)錄因子和靶基因，并且 SIRENE 算法

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]急性T淋巴細(xì)胞性白血病關(guān)鍵基因的篩選與驗(yàn)證[J]. 蔣光潔,陳燕華,郭維,張航,鄒琳.  南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(03)
[2]基因自調(diào)控環(huán)路的功能[J]. 苑占江,張家軍,周天壽.  生物物理學(xué)報(bào). 2010(06)

博士論文
[1]復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)可控性基礎(chǔ)理論研究[D]. 李新鋒.浙江大學(xué) 2017

碩士論文
[1]集成特征選擇與基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建研究[D]. 周廣博.大連理工大學(xué) 2016



本文編號(hào)：3006977