胰腺導(dǎo)管腺癌差異基因表達(dá)及臨床預(yù)后分析
發(fā)布時(shí)間:2021-01-28 13:56
目的分析胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)差異基因表達(dá)及臨床預(yù)后。方法從GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取基因及微RNA(miRNA)數(shù)據(jù)集,并采用R 3.6.1分析數(shù)據(jù)集中的差異表達(dá)基因。采用注釋、可視化和集成發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)(DAVID)對(duì)差異基因的基因本體論(GO)富集通路和京都基因與基因組百科全書(shū)(KEGG)通路進(jìn)行分析,使用miRwalk在線數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)miRNA靶基因。通過(guò)STRING數(shù)據(jù)庫(kù)、miRNet網(wǎng)站和Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)和miRNA-基因網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)Kaplan-Meier plot數(shù)據(jù)庫(kù)繪制生存曲線,并使用加利福尼亞大學(xué)圣克魯斯分校Xena數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建基因表達(dá)分析聚類圖。結(jié)果從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)4個(gè)基因數(shù)據(jù)集獲得217個(gè)差異基因,2個(gè)miRNA數(shù)據(jù)集獲得13個(gè)差異表達(dá)的miRNA,DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)現(xiàn)217個(gè)基因高度富集于8個(gè)生物學(xué)過(guò)程,8個(gè)細(xì)胞成分通路,5個(gè)分子功能通路及4個(gè)KEGG通路[偽發(fā)現(xiàn)率(FDR)<0.05]。連接系數(shù)> 0.4的基因被用來(lái)構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),共有167個(gè)基因通過(guò)分子復(fù)合物檢測(cè)工具分析...
【文章來(lái)源】:醫(yī)學(xué)綜述. 2020,26(22)
【文章頁(yè)數(shù)】:8 頁(yè)
【部分圖文】:
5 APOL1高低表達(dá)組的生存情況
4個(gè)重要的KEGG通路
1 FN1高低表達(dá)組的生存情況
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]2019年胰腺癌研究及診療新進(jìn)展[J]. 劉夢(mèng)奇,吉順榮,徐曉武,虞先濬. 中國(guó)癌癥雜志. 2020(01)
本文編號(hào):3005115
【文章來(lái)源】:醫(yī)學(xué)綜述. 2020,26(22)
【文章頁(yè)數(shù)】:8 頁(yè)
【部分圖文】:
5 APOL1高低表達(dá)組的生存情況
4個(gè)重要的KEGG通路
1 FN1高低表達(dá)組的生存情況
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]2019年胰腺癌研究及診療新進(jìn)展[J]. 劉夢(mèng)奇,吉順榮,徐曉武,虞先濬. 中國(guó)癌癥雜志. 2020(01)
本文編號(hào):3005115
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