發(fā)布時(shí)間：2021-01-17 09:26

　　為明確蓖麻HSF基因家族的結(jié)構(gòu)特征與冷脅迫下的表達(dá)模式,利用序列比對法實(shí)現(xiàn)蓖麻HSF基因家族成員的全基因組鑒定,通過生物信息學(xué)手段對基因家族成員的序列結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)、染色體定位、啟動(dòng)子順式作用元件、蛋白保守結(jié)構(gòu)域、系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系以及聚類方式進(jìn)行分析,并結(jié)合RNA-Seq與qRT-PCR對RcHSFs的表達(dá)水平進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果表明,蓖麻基因組中含有19個(gè)RcHSF基因家族成員;基因分析發(fā)現(xiàn)RcHSFs分別含有1～3個(gè)外顯子,定位在17個(gè)染色體片段上且呈不均勻分布,其中大多數(shù)RcHSFs均含有AAGAA-motif、MYB與MYC元件,暗示其響應(yīng)植物激素與逆境脅迫;蛋白分析表明,RcHSFs按照基序類型與排布方式被聚為A、B、C 3類,推測不同類型HSF的蛋白功能存在差異,盡管所有成員均存在不同程度的motif缺失,但結(jié)構(gòu)域高度保守;RNA-Seq分析發(fā)現(xiàn)僅RcHSF4與RcHSF10受冷脅迫誘導(dǎo)表達(dá),與qRT-PCR驗(yàn)證結(jié)果一致。結(jié)果為RcHSFs基因的克隆與功能研究提供重要的理論基礎(chǔ),為蓖麻抗冷新種質(zhì)資源的建立提供候選基因。 

【文章來源】：華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2020,35(05)北大核心

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

蓖麻RcHSF基因結(jié)構(gòu)分布

根據(jù)基因家族成員的染色體定位信息,使用TBtools工具繪制基因染色體分布圖,由于蓖麻基因組拼接與染色體組裝不完整,只能將RcHSFs基因定位在未完整拼接的染色體片段上。最終分析結(jié)果(圖4)顯示,所有RcHSF基因被定位在17個(gè)染色體片段上,呈不均勻分布。Gu等[24]將2個(gè)同源性均大于75%且比對長度大于較長序列80%的基因定義為串聯(lián)重復(fù)基因。本研究中,由于RcHSF9與RcHSF10基因沒有相連,RcHSF15與RcHSF16基因的同源性較低,且所有染色體片段之間沒有表現(xiàn)出微共線性,充分證明在基因組復(fù)制過程中RcHSF基因家族成員并未發(fā)生串聯(lián)重復(fù)與片段重復(fù)事件。圖4 蓖麻RcHSF基因的染色體分布

蓖麻RcHSF基因的染色體分布


本文編號：2982608