辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達(dá)分析
發(fā)布時(shí)間：2021-01-11 05:51
辣椒原產(chǎn)地墨西哥,茄科辣椒屬,因富含辣椒素和維生素而風(fēng)味獨(dú)特,是人類喜食的蔬菜之一。據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),我國(guó)辣椒擁有2000萬(wàn)畝的栽培面積,產(chǎn)量高達(dá)2800萬(wàn)噸,辣椒的銷售已逐漸成為農(nóng)民重要的經(jīng)濟(jì)來(lái)源,因此栽培面積仍在不斷擴(kuò)大。生長(zhǎng)素具有極其復(fù)雜的作用機(jī)制。目前,與生長(zhǎng)素調(diào)控相關(guān)的基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)研究已取得突破性進(jìn)展,其中轉(zhuǎn)錄抑制蛋白Aux/IAA在生長(zhǎng)素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路中起著關(guān)鍵作用。然而,有關(guān)辣椒Aux/IAA基因家族的報(bào)道卻較少。本文借助生物信息學(xué)方法對(duì)辣椒Aux/IAA基因家族成員進(jìn)行鑒定,并對(duì)其理化性質(zhì)、進(jìn)化關(guān)系、染色體定位、基因結(jié)構(gòu)與組織表達(dá)模式等信息進(jìn)行具體分析,采用qRT-PCR技術(shù)驗(yàn)證辣椒Aux/IAA基因家族成員在果肉、種子和胎座中以及在脫落酸ABA、茉莉酸JA、赤霉素GA3、高溫和低溫脅迫下葉片中的表達(dá)情況。主要研究結(jié)果如下:1.從Zunla-1基因組中共鑒定到22個(gè)辣椒Aux/IAA基因家族成員,可將其分成A、B、C、D、E、F和G等7個(gè)組。在辣椒所有染色體中只有7條分布了這些基因,第三條染色體分布最多,并且其上、下兩端各有4個(gè)和3個(gè)基因形成基因簇。這些...
【文章來(lái)源】：湖南大學(xué)湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：60 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
辣椒Aux/IAA基因家族的典型保守序列比對(duì)Fig2.2TypicalconservedsequencealignmentofpepperAux/IAAgenefamily
Capana06g002018、Capana06g000110、Capana03g000311 這些蛋白序列都含有 4個(gè)保守基序，但是每條序列所含基序的種類都不盡相同，且含 motif4 、motif3 、motif5 和 motif2 這 4 個(gè) 基 序 的 基 因 居 多 ， 表 明 這 4 個(gè) 基 序 高 度 保 守 。Capana09g001096、Capana00g002758、Capana06g001465、Capana06g001308、Capana02g000711 、 Capana00g000845 這 些 蛋 白 序 列 都 包 含 三 個(gè) 保 守 基 序 ；Capana07g000391 含 2 個(gè)基序，分別為 motif2 和 motif3；Capana07g000990 只含modif5；Capana00g002644 只含 modif2；Capana01g001423 和 Capana03g000548只含 modif1。綜上所述，大多數(shù)基因都含有 3-4 個(gè)保守基序，只有極少數(shù)只含 1個(gè)保守基序，它們的結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單。
辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達(dá)分析-18-芥Aux/IAA基因，包含CaIAA–ATIAA、ATIAA–ATIAA和CaIAA–CaIAA各1對(duì)；C組含有2個(gè)辣椒Aux/IAA基因和4個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含1對(duì)ATIAA–ATIAA。D組含有6個(gè)辣椒Aux/IAA基因和1個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含1對(duì)CaIAA–ATIAA，2對(duì)CaIAA–CaIAA。E組含有5個(gè)辣椒Aux/IAA基因和3個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含1對(duì)CaIAA–CaIAA，2對(duì)CaIAA–ATIAA。F組含有1個(gè)辣椒Aux/IAA基因和6個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含3對(duì)ATIAA–ATIAA。G組含有1個(gè)辣椒Aux/IAA基因和7個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含3對(duì)ATIAA–ATIAA。圖2.4辣椒Aux/IAA基因家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹Fig2.4TheunrootedphylogenetictreeofAux/IAAgenefamilyinpepper紅色代表擬南芥Aux/IAA基因家族成員，藍(lán)色代表辣椒Aux/IAA基因家族成員。2.2.6辣椒Aux/IAA基因結(jié)構(gòu)分析辣椒22個(gè)Aux/IAA基因都含有內(nèi)含子，每個(gè)基因所含內(nèi)含子的數(shù)目或相位則不相同（圖2.5）。Capana09g000285含5個(gè)內(nèi)含子，相位分別為2、2、1、2和1；Capana03g004567、Capana06g003073、Capana03g000310、Capana09g001096、Capana03g004455和Capana03g000244都有4個(gè)內(nèi)含子，相位為1或2；
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達(dá)分析[J]. 張帆,馬艷青,李雪峰,楊博智,鄭井元,鄒學(xué)校,謝玲玲,劉峰. 湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(06)
[2]植物果實(shí)發(fā)育調(diào)控的分子機(jī)理研究進(jìn)展[J]. 易婷,劉峰,梁成亮,馮文鵬,張帆,鄒學(xué)校. 湖南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(10)
[3]不同濃度赤霉素對(duì)長(zhǎng)苞冷杉種子發(fā)芽的影響[J]. 楊文宏,黃杏娥,和加衛(wèi),楊正松,和建平,李燕. 貴州農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(09)
[4]赤霉素、6-糠氨基嘌呤與萘乙酸對(duì)風(fēng)信子花期及葉綠素含量的影響[J]. 邱振魯,李筱涵,朱蕾,張穩(wěn)軒,劉文薪,于洪泉. 綠色科技. 2018(16)
[5]非生物脅迫對(duì)芍藥屬植物生長(zhǎng)發(fā)育影響的研究進(jìn)展[J]. 張夏燕,劉慧娜,蘇江洪,陶俊,趙大球. 分子植物育種. 2018(15)
[6]辣椒疫病抗性與形態(tài)學(xué)性狀相關(guān)分析[J]. 赫衛(wèi),張慧,賁海燕,董延龍,王瑩. 北方園藝. 2018(13)
[7]擬南芥泛素連接酶RING1A參與ABA信號(hào)途徑的調(diào)控[J]. 張峻川,張力,李蘇迪,石武良. 福建農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(02)
[8]辣椒類甜蛋白基因家族鑒定及表達(dá)分析[J]. 劉潮,韓利紅,宋培兵,王德琴,王海波,唐利洲. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(01)
[9]赤霉素對(duì)植物生長(zhǎng)影響的研究進(jìn)展[J]. 李琦. 農(nóng)家參謀. 2018(05)
[10]水稻與病原物互作中植物激素功能的研究進(jìn)展[J]. 曠永潔,柳浪,嚴(yán)芳,任斌,閆大琦,張大偉,林宏輝,周煥斌. 生物技術(shù)通報(bào). 2018(02)
博士論文
[1]小ERF轉(zhuǎn)錄因子參與調(diào)控?cái)M南芥對(duì)ABA和鹽脅迫的響應(yīng)[D]. 王曉蘋.東北師范大學(xué) 2016
[2]鹽堿脅迫及外源植物激素對(duì)小麥和羊草生長(zhǎng)發(fā)育的影響[D]. 李曉宇.東北師范大學(xué) 2010
[3]擬南芥Aux/IAA家族基因IAA2的反向遺傳學(xué)功能研究[D]. 林偉強(qiáng).浙江大學(xué) 2007
[4]番茄Aux/IAA基因的克隆與功能分析[D]. 張俊紅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
碩士論文
[1]山新楊生長(zhǎng)素關(guān)鍵基因響應(yīng)木霉和鏈格孢菌誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 姜傳英.東北林業(yè)大學(xué) 2017
[2]辣椒SBP-box基因家族分析及CaSBP11和CaSBP12基因功能的鑒定[D]. 張淮霞.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[3]生長(zhǎng)素相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子家族基因在西瓜果實(shí)膨大過(guò)程中的調(diào)控作用分析[D]. 袁靜賢.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]山核桃嫁接過(guò)程中Aux/IAA基因功能研究和小RNA測(cè)序分析[D]. 司馬曉嬌.浙江農(nóng)林大學(xué) 2015
[5]茉莉酸甲酯調(diào)控刺槐抗鹽性的生理機(jī)制研究[D]. 龐洪影.東北林業(yè)大學(xué) 2012
[6]擬南芥中一個(gè)SAUR基因的功能研究[D]. 朱宇斌.浙江大學(xué) 2010
[7]陸地棉Aux/IAA家族九個(gè)基因的克隆和表達(dá)分析[D]. 韓曉勇.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
本文編號(hào)：2970214
【文章來(lái)源】：湖南大學(xué)湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：60 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
辣椒Aux/IAA基因家族的典型保守序列比對(duì)Fig2.2TypicalconservedsequencealignmentofpepperAux/IAAgenefamily
Capana06g002018、Capana06g000110、Capana03g000311 這些蛋白序列都含有 4個(gè)保守基序，但是每條序列所含基序的種類都不盡相同，且含 motif4 、motif3 、motif5 和 motif2 這 4 個(gè) 基 序 的 基 因 居 多 ， 表 明 這 4 個(gè) 基 序 高 度 保 守 。Capana09g001096、Capana00g002758、Capana06g001465、Capana06g001308、Capana02g000711 、 Capana00g000845 這 些 蛋 白 序 列 都 包 含 三 個(gè) 保 守 基 序 ；Capana07g000391 含 2 個(gè)基序，分別為 motif2 和 motif3；Capana07g000990 只含modif5；Capana00g002644 只含 modif2；Capana01g001423 和 Capana03g000548只含 modif1。綜上所述，大多數(shù)基因都含有 3-4 個(gè)保守基序，只有極少數(shù)只含 1個(gè)保守基序，它們的結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單。
辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達(dá)分析-18-芥Aux/IAA基因，包含CaIAA–ATIAA、ATIAA–ATIAA和CaIAA–CaIAA各1對(duì)；C組含有2個(gè)辣椒Aux/IAA基因和4個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含1對(duì)ATIAA–ATIAA。D組含有6個(gè)辣椒Aux/IAA基因和1個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含1對(duì)CaIAA–ATIAA，2對(duì)CaIAA–CaIAA。E組含有5個(gè)辣椒Aux/IAA基因和3個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含1對(duì)CaIAA–CaIAA，2對(duì)CaIAA–ATIAA。F組含有1個(gè)辣椒Aux/IAA基因和6個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含3對(duì)ATIAA–ATIAA。G組含有1個(gè)辣椒Aux/IAA基因和7個(gè)擬南芥Aux/IAA基因，包含3對(duì)ATIAA–ATIAA。圖2.4辣椒Aux/IAA基因家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹Fig2.4TheunrootedphylogenetictreeofAux/IAAgenefamilyinpepper紅色代表擬南芥Aux/IAA基因家族成員，藍(lán)色代表辣椒Aux/IAA基因家族成員。2.2.6辣椒Aux/IAA基因結(jié)構(gòu)分析辣椒22個(gè)Aux/IAA基因都含有內(nèi)含子，每個(gè)基因所含內(nèi)含子的數(shù)目或相位則不相同（圖2.5）。Capana09g000285含5個(gè)內(nèi)含子，相位分別為2、2、1、2和1；Capana03g004567、Capana06g003073、Capana03g000310、Capana09g001096、Capana03g004455和Capana03g000244都有4個(gè)內(nèi)含子，相位為1或2；
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達(dá)分析[J]. 張帆,馬艷青,李雪峰,楊博智,鄭井元,鄒學(xué)校,謝玲玲,劉峰. 湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(06)
[2]植物果實(shí)發(fā)育調(diào)控的分子機(jī)理研究進(jìn)展[J]. 易婷,劉峰,梁成亮,馮文鵬,張帆,鄒學(xué)校. 湖南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(10)
[3]不同濃度赤霉素對(duì)長(zhǎng)苞冷杉種子發(fā)芽的影響[J]. 楊文宏,黃杏娥,和加衛(wèi),楊正松,和建平,李燕. 貴州農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(09)
[4]赤霉素、6-糠氨基嘌呤與萘乙酸對(duì)風(fēng)信子花期及葉綠素含量的影響[J]. 邱振魯,李筱涵,朱蕾,張穩(wěn)軒,劉文薪,于洪泉. 綠色科技. 2018(16)
[5]非生物脅迫對(duì)芍藥屬植物生長(zhǎng)發(fā)育影響的研究進(jìn)展[J]. 張夏燕,劉慧娜,蘇江洪,陶俊,趙大球. 分子植物育種. 2018(15)
[6]辣椒疫病抗性與形態(tài)學(xué)性狀相關(guān)分析[J]. 赫衛(wèi),張慧,賁海燕,董延龍,王瑩. 北方園藝. 2018(13)
[7]擬南芥泛素連接酶RING1A參與ABA信號(hào)途徑的調(diào)控[J]. 張峻川,張力,李蘇迪,石武良. 福建農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(02)
[8]辣椒類甜蛋白基因家族鑒定及表達(dá)分析[J]. 劉潮,韓利紅,宋培兵,王德琴,王海波,唐利洲. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(01)
[9]赤霉素對(duì)植物生長(zhǎng)影響的研究進(jìn)展[J]. 李琦. 農(nóng)家參謀. 2018(05)
[10]水稻與病原物互作中植物激素功能的研究進(jìn)展[J]. 曠永潔,柳浪,嚴(yán)芳,任斌,閆大琦,張大偉,林宏輝,周煥斌. 生物技術(shù)通報(bào). 2018(02)
博士論文
[1]小ERF轉(zhuǎn)錄因子參與調(diào)控?cái)M南芥對(duì)ABA和鹽脅迫的響應(yīng)[D]. 王曉蘋.東北師范大學(xué) 2016
[2]鹽堿脅迫及外源植物激素對(duì)小麥和羊草生長(zhǎng)發(fā)育的影響[D]. 李曉宇.東北師范大學(xué) 2010
[3]擬南芥Aux/IAA家族基因IAA2的反向遺傳學(xué)功能研究[D]. 林偉強(qiáng).浙江大學(xué) 2007
[4]番茄Aux/IAA基因的克隆與功能分析[D]. 張俊紅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
碩士論文
[1]山新楊生長(zhǎng)素關(guān)鍵基因響應(yīng)木霉和鏈格孢菌誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 姜傳英.東北林業(yè)大學(xué) 2017
[2]辣椒SBP-box基因家族分析及CaSBP11和CaSBP12基因功能的鑒定[D]. 張淮霞.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[3]生長(zhǎng)素相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子家族基因在西瓜果實(shí)膨大過(guò)程中的調(diào)控作用分析[D]. 袁靜賢.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]山核桃嫁接過(guò)程中Aux/IAA基因功能研究和小RNA測(cè)序分析[D]. 司馬曉嬌.浙江農(nóng)林大學(xué) 2015
[5]茉莉酸甲酯調(diào)控刺槐抗鹽性的生理機(jī)制研究[D]. 龐洪影.東北林業(yè)大學(xué) 2012
[6]擬南芥中一個(gè)SAUR基因的功能研究[D]. 朱宇斌.浙江大學(xué) 2010
[7]陸地棉Aux/IAA家族九個(gè)基因的克隆和表達(dá)分析[D]. 韓曉勇.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
本文編號(hào)：2970214
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