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辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達分析

發(fā)布時間:2021-01-11 05:51
  辣椒原產(chǎn)地墨西哥,茄科辣椒屬,因富含辣椒素和維生素而風味獨特,是人類喜食的蔬菜之一。據(jù)不完全統(tǒng)計,我國辣椒擁有2000萬畝的栽培面積,產(chǎn)量高達2800萬噸,辣椒的銷售已逐漸成為農(nóng)民重要的經(jīng)濟來源,因此栽培面積仍在不斷擴大。生長素具有極其復雜的作用機制。目前,與生長素調控相關的基因轉錄表達研究已取得突破性進展,其中轉錄抑制蛋白Aux/IAA在生長素信號轉導通路中起著關鍵作用。然而,有關辣椒Aux/IAA基因家族的報道卻較少。本文借助生物信息學方法對辣椒Aux/IAA基因家族成員進行鑒定,并對其理化性質、進化關系、染色體定位、基因結構與組織表達模式等信息進行具體分析,采用qRT-PCR技術驗證辣椒Aux/IAA基因家族成員在果肉、種子和胎座中以及在脫落酸ABA、茉莉酸JA、赤霉素GA3、高溫和低溫脅迫下葉片中的表達情況。主要研究結果如下:1.從Zunla-1基因組中共鑒定到22個辣椒Aux/IAA基因家族成員,可將其分成A、B、C、D、E、F和G等7個組。在辣椒所有染色體中只有7條分布了這些基因,第三條染色體分布最多,并且其上、下兩端各有4個和3個基因形成基因簇。這些... 

【文章來源】:湖南大學湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:60 頁

【學位級別】:碩士

【部分圖文】:

辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達分析


辣椒Aux/IAA基因家族的典型保守序列比對Fig2.2TypicalconservedsequencealignmentofpepperAux/IAAgenefamily

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Capana06g002018、Capana06g000110、Capana03g000311 這些蛋白序列都含有 4個保守基序,但是每條序列所含基序的種類都不盡相同,且含 motif4 、motif3 、motif5 和 motif2 這 4 個 基 序 的 基 因 居 多 , 表 明 這 4 個 基 序 高 度 保 守 。Capana09g001096、Capana00g002758、Capana06g001465、Capana06g001308、Capana02g000711 、 Capana00g000845 這 些 蛋 白 序 列 都 包 含 三 個 保 守 基 序 ;Capana07g000391 含 2 個基序,分別為 motif2 和 motif3;Capana07g000990 只含modif5;Capana00g002644 只含 modif2;Capana01g001423 和 Capana03g000548只含 modif1。綜上所述,大多數(shù)基因都含有 3-4 個保守基序,只有極少數(shù)只含 1個保守基序,它們的結構相對簡單。

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辣椒Aux/IAA基因家族的鑒定與表達分析-18-芥Aux/IAA基因,包含CaIAA–ATIAA、ATIAA–ATIAA和CaIAA–CaIAA各1對;C組含有2個辣椒Aux/IAA基因和4個擬南芥Aux/IAA基因,包含1對ATIAA–ATIAA。D組含有6個辣椒Aux/IAA基因和1個擬南芥Aux/IAA基因,包含1對CaIAA–ATIAA,2對CaIAA–CaIAA。E組含有5個辣椒Aux/IAA基因和3個擬南芥Aux/IAA基因,包含1對CaIAA–CaIAA,2對CaIAA–ATIAA。F組含有1個辣椒Aux/IAA基因和6個擬南芥Aux/IAA基因,包含3對ATIAA–ATIAA。G組含有1個辣椒Aux/IAA基因和7個擬南芥Aux/IAA基因,包含3對ATIAA–ATIAA。圖2.4辣椒Aux/IAA基因家族的系統(tǒng)進化樹Fig2.4TheunrootedphylogenetictreeofAux/IAAgenefamilyinpepper紅色代表擬南芥Aux/IAA基因家族成員,藍色代表辣椒Aux/IAA基因家族成員。2.2.6辣椒Aux/IAA基因結構分析辣椒22個Aux/IAA基因都含有內(nèi)含子,每個基因所含內(nèi)含子的數(shù)目或相位則不相同(圖2.5)。Capana09g000285含5個內(nèi)含子,相位分別為2、2、1、2和1;Capana03g004567、Capana06g003073、Capana03g000310、Capana09g001096、Capana03g004455和Capana03g000244都有4個內(nèi)含子,相位為1或2;

【參考文獻】:
期刊論文
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[4]赤霉素、6-糠氨基嘌呤與萘乙酸對風信子花期及葉綠素含量的影響[J]. 邱振魯,李筱涵,朱蕾,張穩(wěn)軒,劉文薪,于洪泉.  綠色科技. 2018(16)
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博士論文
[1]小ERF轉錄因子參與調控擬南芥對ABA和鹽脅迫的響應[D]. 王曉蘋.東北師范大學 2016
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[3]擬南芥Aux/IAA家族基因IAA2的反向遺傳學功能研究[D]. 林偉強.浙江大學 2007
[4]番茄Aux/IAA基因的克隆與功能分析[D]. 張俊紅.華中農(nóng)業(yè)大學 2006

碩士論文
[1]山新楊生長素關鍵基因響應木霉和鏈格孢菌誘導的轉錄組分析[D]. 姜傳英.東北林業(yè)大學 2017
[2]辣椒SBP-box基因家族分析及CaSBP11和CaSBP12基因功能的鑒定[D]. 張淮霞.西北農(nóng)林科技大學 2016
[3]生長素相關轉錄因子家族基因在西瓜果實膨大過程中的調控作用分析[D]. 袁靜賢.華中農(nóng)業(yè)大學 2015
[4]山核桃嫁接過程中Aux/IAA基因功能研究和小RNA測序分析[D]. 司馬曉嬌.浙江農(nóng)林大學 2015
[5]茉莉酸甲酯調控刺槐抗鹽性的生理機制研究[D]. 龐洪影.東北林業(yè)大學 2012
[6]擬南芥中一個SAUR基因的功能研究[D]. 朱宇斌.浙江大學 2010
[7]陸地棉Aux/IAA家族九個基因的克隆和表達分析[D]. 韓曉勇.南京農(nóng)業(yè)大學 2010



本文編號:2970214

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