目的克隆山茱萸Cornus officinalis HMGR1的cDNA序列并進(jìn)行生物信息學(xué)分析。方法以山茱萸轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中unigenec100572_g1序列為參考,在其開放閱讀框兩端設(shè)計(jì)特異引物,經(jīng)實(shí)時(shí)熒光定量PCR（RT-PCR）擴(kuò)增、連接pTOPO-T載體克隆并測(cè)序,獲得CoHMGR1基因的cDNA序列,并利用生物信息學(xué)方法對(duì)該基因及其編碼蛋白進(jìn)行相關(guān)分析。結(jié)果 CoHMGR1基因長(zhǎng)2 116 bp,含長(zhǎng)度為1 338 bp的完整開放閱讀框（ORF）,編碼445個(gè)氨基酸,為疏水性蛋白。多序列比對(duì)和親緣關(guān)系分析顯示,CoHMGR1基因編碼的氨基酸序列與喜樹的序列相似性較高,達(dá)79.56%。結(jié)論首次對(duì)山茱萸葉片和果實(shí)進(jìn)行比較轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的基礎(chǔ)上,成功克隆并分析了CoHMGR1基因,為進(jìn)一步研究CoHMGR1蛋白的功能及山茱萸萜類合成途徑的分子機(jī)制奠定基礎(chǔ)。 

【文章來(lái)源】：中草藥. 2020,51(18)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

Co HMGR1蛋白親疏水性預(yù)測(cè)

Co HMGR1蛋白的跨膜區(qū)預(yù)測(cè)

使用SOPMA軟件在線預(yù)測(cè)CoHMGR1蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)，結(jié)果見圖4。其中二級(jí)結(jié)構(gòu)共有4種，以?-螺旋（藍(lán)色，40.67%）和無(wú)規(guī)卷曲（紫色，40.45%）為主要結(jié)構(gòu)，還有少量的延伸鏈（紅色，13.26%）與β-轉(zhuǎn)角（綠色，5.62%）。利用SWISS-MODEL工具在線預(yù)測(cè)構(gòu)建CoHMGR1蛋白的三維結(jié)構(gòu)見圖5。結(jié)果表明，HMGR1蛋白以3cd0.1.C蛋白作為模板，序列相似性為51.08。圖5 Co HMGR1三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

【參考文獻(xiàn)】：
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