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芒果果實(shí)類胡蘿卜素相關(guān)基因挖掘及初步鑒定

發(fā)布時(shí)間:2020-11-14 22:52
   芒果是我國極具特色的熱帶水果,素有“熱帶果王”之美稱。色澤是果實(shí)外觀品質(zhì)中的核心指標(biāo),其對(duì)果實(shí)的營養(yǎng)品質(zhì)和經(jīng)濟(jì)價(jià)值具有重要作用。色素的積累是果實(shí)色澤形成的物質(zhì)基礎(chǔ),色素的種類和含量決定了果實(shí)的色質(zhì)和呈色深度。果實(shí)的呈色素主要包括葉綠素、類胡蘿卜素、花青苷和黃酮類等物質(zhì)。其中類胡蘿卜素在芒果果實(shí)中的分布十分廣泛,并隨種類不同,呈現(xiàn)無色、淺黃色、黃色、橙色到紅色不等,而其所含的主要類胡蘿卜種類和含量尚不清楚,研究利用高效液相色譜法檢測‘紅玉’芒果和‘桂熱82號(hào)’芒果2個(gè)品種成熟果實(shí)的果皮中的主要類胡蘿卜種類和含量。以‘紅玉’芒果為試驗(yàn)材料,開展轉(zhuǎn)錄組測序分析,篩選鑒定了部分與類胡蘿卜素相關(guān)的基因片段,并以類蘿卜素代謝為基礎(chǔ)克隆了部分重要基因,開展了生物信息學(xué)分析,同時(shí)采用實(shí)時(shí)熒光定量技術(shù)進(jìn)行初步鑒定,為闡明芒果果皮類胡蘿卜素合成和調(diào)控機(jī)制奠定基礎(chǔ),本研究的研究結(jié)果如下:1、利用高效液相色譜法檢測‘紅玉’芒果和‘桂熱82號(hào)’芒果2個(gè)品種成熟果實(shí)的果皮中的主要類胡蘿卜種類和含量,以正己烷,二氯甲烷等多種有機(jī)溶劑提取果皮的類胡蘿卜素,使用高效液相色譜法進(jìn)行定性定量分析,結(jié)果表明‘紅玉'芒果和‘桂熱82號(hào)’芒果的成熟果實(shí)均積累葉黃素和β-胡蘿卜素,而品種間的積累量存在差異,不同成熟階段的積累量也存在差異。‘紅玉’芒果在采后Oh階段中含122.70 μg/g的β-胡蘿卜素,是采后6個(gè)成熟時(shí)間段中的最高含量,葉黃素在采后Oh階段的含量為最高,其含量為5.20μg/g,是其他階段的1.7倍左右。‘桂熱82號(hào)’芒果采后48h含量達(dá)到最大值,其含量為100.00 μg/g,葉黃素含量保持在3.30μg/g左右基本不變。2種芒果的葉黃素含量變化不大,并且β-胡蘿卜素含量均高于葉黃素的含量,其中紅玉芒果的β-胡蘿卜素含量隨著果實(shí)成熟和果皮變黃呈現(xiàn)下降趨勢,但桂熱82號(hào)’芒果的β-胡蘿卜素含量則呈現(xiàn)小幅度上升,所以β-胡蘿卜素的降解是芒果果皮從綠色變成黃色的原因之一,芒果中高積累β-胡蘿卜素,為以后研究芒果積累β-胡蘿卜素的分子機(jī)理提供理想的研究材料。2、選用‘紅玉’芒果進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,結(jié)果共獲得原始數(shù)據(jù)6.80Gb,通過拼接獲得了 58058個(gè)isogenes,共包含66965683 bp,平均長度為1153.43bp,共鑒定得到26871個(gè)Unigene。采用GO功能分類工具可將序列劃分為3個(gè)大類55個(gè)亞類,共涉及到代謝過程、細(xì)胞過程、應(yīng)激反應(yīng)、生物調(diào)節(jié)等諸多生理生化過程。通過KEGG pathway分析,芒果果實(shí)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)有27667個(gè)Unigene能注釋到296類代謝途徑中,包括維生素消化吸收、細(xì)胞受體信號(hào)途徑代謝通路等代謝通路,共有45個(gè)Unigene注釋到類胡蘿卜素生物合成通路上,鑒定后獲得32個(gè)類胡蘿卜素合成相關(guān)基因。所以對(duì)芒果后熟過程的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行研究,揭示了芒果后熟轉(zhuǎn)錄組的整體表達(dá)特征,獲得了芒果轉(zhuǎn)錄組unigene序列和芒果后熟過程中有重要功能的基因序列。為深入研究芒果分子標(biāo)記等研究提供數(shù)據(jù)資源。3、利用RT-PCR克隆7個(gè)與芒果合成類胡蘿卜素相關(guān)的基因全長序列,并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)對(duì)以上7個(gè)基因進(jìn)行表達(dá)分析。結(jié)果表明:LCYB、ZDS、CCD、PSY、PDS、BCH、VDE基因的 DNA 全長分別為:1693bp、1883bp、1900bp、1620bp、1822bp、1061bp、1446bp;ORF finder分別為:1506 bp、1710bp、1614bp、1299bp、1170bp、888bp、1446bp;氨基酸數(shù)量分別為:501個(gè)氨基酸、569個(gè)氨基酸、537個(gè)氨基酸、432個(gè)氨基酸、389個(gè)氨基酸、295個(gè)氨基酸、481個(gè)氨基酸。同源性比較表明芒果中的LCYB、ZDS、CCD、PSY、PDS、BCH、VDE編碼的蛋白質(zhì)在進(jìn)化中各自都具有高度的保守性。氨基酸理化性質(zhì)的分析顯示LCYB、ZDS、CCD、PSY、PDS各自編碼的蛋白中亮氨酸(Leu)的含量雖有差別但皆是含量最高的氨基酸,但VDE則是谷氨酸(Glu)的含量最高,而BCH是丙氨酸(Ala)的含量最高。氨基酸疏水性/親水性的分析顯示以上基因編碼的蛋白都為親水性蛋白?缒そY(jié)構(gòu)域預(yù)測與分析顯示LCYB、ZDS、CCD、PSY、PDS、VDE肽鏈都位于膜外,皆不存在跨膜結(jié)構(gòu)域,說明植物L(fēng)CYB、ZDS、CCD、PSY、PDS、VDE蛋白在質(zhì)體中完成了合成、翻譯、加工成為成熟的蛋白質(zhì)的整個(gè)過程,并沒有出入細(xì)胞器,但是BCH蛋白存在4個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域,1-90位的氨基酸位于膜內(nèi),91-295氨基酸之間形成4個(gè)典型的跨膜螺旋區(qū),表明BCH蛋白可能是一個(gè)與細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)有關(guān)的膜受體蛋白。實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析表明,'桂熱82號(hào)'芒果和‘紅玉’芒果的6個(gè)時(shí)間段類胡蘿卜素的合成限速酶PSY均是上調(diào)表達(dá)的現(xiàn)象,‘紅玉’芒果PSY基因表達(dá)量都顯著高于‘桂熱82號(hào)’芒果,同時(shí)類胡蘿卜素的合成途徑的相關(guān)基因LCYB、ZDS、PDS、BCH、VDE初始狀態(tài)也是呈現(xiàn)上調(diào)表達(dá),之后有小幅度變化。因此,從‘紅玉’芒果的果皮中克隆得到與類胡蘿卜素合成相關(guān)的基因,這些基因可能參與調(diào)控芒果果皮類胡蘿卜素合成從而影響果皮在后熟過程中的顏色變化,其中PSY基因與果皮從綠色變成黃色有很大的關(guān)系。
【學(xué)位單位】:海南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:S667.7
【部分圖文】:

類胡蘿卜素,焦磷酸,異戊二烯,戊烯


?Vrial?x4Mhi<i??canihafixaiticluri??圖1」類胡蘿卜素分子結(jié)構(gòu)(李福枝,2007)??Figure?1.1?Common?carotenoid?molecular?structure.??1.2類胡蘿卜素的性質(zhì)??類胡蘿卜素是一類脂溶性色素和大分子量的化合物,因?yàn)槠浜辛u基、甲氧??基、環(huán)氧化、羰基、結(jié)構(gòu),所以極性較強(qiáng),有較強(qiáng)親脂性,幾乎不溶解于水中,??易溶于有機(jī)溶劑如:石油醚、己烷、丙酮、三氯甲烷、乙醚等。但是隨著含氧官??能團(tuán)數(shù)量的增加,類胡蘿卜素親脂性的能力則減弱,反而在乙醇中的溶解度增強(qiáng)??(惠伯棣,2005)。??在色素細(xì)胞中,類胡蘿卜素這類脂溶性物質(zhì)是膜蛋白不可或缺的一部分,類??胡蘿卜素具有不穩(wěn)定的分子結(jié)構(gòu),在遇氧、遇酸、強(qiáng)光照、高溫下易降解變化或??異構(gòu)化,故其在生物體中將與結(jié)合蛋白綁定在一起,以達(dá)到可以穩(wěn)定其結(jié)構(gòu)的目??的

階段,果皮,后熟,紅玉


海南大學(xué)碩士學(xué)位論文??2材料與方法??2.1材料??2.1.1實(shí)驗(yàn)材料??(1)紅玉芒:后熟過程中,果皮由綠色逐漸轉(zhuǎn)變成黃色??(2)桂熱82號(hào):后熟過程中,果皮始終為綠色??本研宄所用試材均取自農(nóng)業(yè)部儋州芒果種質(zhì)資源圃,各取‘紅玉’芒、‘桂熱??82號(hào)’芒12個(gè)均勻一致的果,分成4組,3個(gè)果為一生物學(xué)重復(fù),取果皮分裝,??其中每個(gè)小包裝果皮5g左右,液氮速凍10分鐘,-80度保存。間隔24h取樣1??次,共取樣6次,直至芒果完全后熟達(dá)到可食程度。???

紅玉,階段,目錄號(hào)


圖2.2紅玉芒的6個(gè)階段??Fig.?2.2?The?six?stages?of?Hongyu?mango.??2.1.2試劑及儀器設(shè)備??(1)菌株與載體??大腸桿菌感受態(tài)DH5a、克隆載體pMD19-TVector均購自寶生物工程(大連)??有限公司。??(2)主要試劑??RNA提取試劑盒:多糖多酚植物總RNA提取試劑盒購自天根生物科技有限??公司。??反轉(zhuǎn)錄試劑盒購自?Thermo?公司:RevertAid?Fist?strand?CDNA?synthesis?kit,??目錄號(hào):K1622。??反轉(zhuǎn)錄試劑盒:PrimeScriptTM?RT?reagent?Kit?with?gDNA?Eraser(Perfect?Real??Time),?TaKaRa。??聚合酶購自Takara公司:ExTaq,目錄號(hào):RR001〇??
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本文編號(hào):2884040

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