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解淀粉芽孢桿菌PEBA20野生株與變異株SCEV轉(zhuǎn)錄組分析及cheA基因突變株構建

發(fā)布時間:2020-03-18 06:28
【摘要】:解淀粉芽孢桿菌PEBA20是從植物中分離到的內(nèi)生細菌,對多種植物病原真菌和細菌具有良好生防活性。變異株SCEV是PEBA20在單一環(huán)境持續(xù)繼代培養(yǎng)得到的可穩(wěn)定遺傳的表型變異株,其生物膜表型、運動性特征以及抗菌活性都發(fā)生了明顯變化。本研究對變異株SCEV和PEBA20野生株進行轉(zhuǎn)錄組測序分析,并利用同源重組法構建了△cheA突變株。主要研究結果如下:(1)通過RNA-seq得到大約2.4G數(shù)據(jù),WT(野生株)和SCEV中分別有3825和3757個表達基因,共有2339個表達差異基因。通過KEGG富集發(fā)現(xiàn)TCA循環(huán)路徑中存在大量基因表達差異;芽孢形成和休眠調(diào)控路徑中,SCEV芽孢外殼蛋白和孢子萌發(fā)調(diào)控蛋白相關基因表達顯著下調(diào),啟動芽孢形成級聯(lián)反應的關鍵調(diào)控因子spo0A、kinA、sigD和sigF顯著上調(diào);SCEV抗菌化合物合成的非核糖體肽及聚酮類合成路徑的基因全部上調(diào);分析與細菌群體感應相關的基因中,22個上調(diào)表達基因和12個下調(diào)表達基因,趨化性和鞭毛組裝調(diào)控路徑中,SCEV共34個表達差異基因上調(diào)。這些基因表達差異,暗示著SCEV在芽孢形成、抗菌活性、運動特征上可能存在差異。(2)測定了WT和SCEV運動性的差異,在0.3%LB平板上測定細菌的趨化運動能力,發(fā)現(xiàn)WT的趨化運動能力強于SCEV;在0.7%LB平板上測定細菌的群集運動特征,發(fā)現(xiàn)WT表現(xiàn)出明顯的群集運動特征,而SCEV幾乎不產(chǎn)生群集運動。通過同源重組技術構建了PEBA20的che A基因突變株。通過PCR擴增cheA基因同源前臂、同源后臂和kan抗性基因片段,連接到pMUTIN4自殺載體。通過電轉(zhuǎn)化分別轉(zhuǎn)入PEBA20感受態(tài)細胞并通過抗生素篩選獲得了cheA基因突變株。△cheA突變株在固氣界面不能形成復雜的生物膜表型,生物膜表面平坦、光滑,中部塌陷,邊緣略隆起且呈半透明狀。在氣液界面,△cheA突變株不能形成漂浮生物膜。在0.7%LB和0.3%LB平板上,△cheA突變株喪失了群集運動性和趨化運動性。
【學位授予單位】:山東農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2018
【分類號】:S476

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