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油橄欖轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中HMGR基因的挖掘及生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2020-02-17 11:29
【摘要】:藥用植物中萜類次生代謝產(chǎn)物數(shù)量龐大,結(jié)構(gòu)多樣,藥理活性突出。3-羥基-3-甲基戊二酸單酰輔酶A還原酶(HMGR)是MVA途徑中第一個(gè)速控酶,對(duì)藥用植物活性萜類成分的生物合成起重要調(diào)控作用。HMGR在很多植物中均有研究,但未見油橄欖中該基因的報(bào)道。本研究從油橄欖轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中挖掘到兩條HMGR基因序列(Oe HMGR1和Oe HMGR2),并對(duì)其編碼蛋白的理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)特征、功能及系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行了預(yù)測(cè)分析。結(jié)果表明,Oe HMGR1基因與人參Pg HMGR基因一致性達(dá)到80%,含有1 713 bp的開放閱讀框(ORF);Oe HMGR2基因與人參Pg HMGR基因一致性達(dá)到76%,含有1 773 bp的ORF。Oe HMGR基因編碼蛋白均包含2個(gè)跨膜區(qū),不含信號(hào)肽,具有N、L、S 3個(gè)催化活性中心結(jié)構(gòu)域。Oe HMGR基因位于雙子葉植物進(jìn)化枝,在進(jìn)化中保守度較高,Oe HMGR1與Eu HMGR和Pg HMGR遺傳距離較近,Oe HMGR2與Js HMGR遺傳距離最近。本研究為進(jìn)一步鑒定Oe HMGR的功能和開展萜類成分的合成生物學(xué)研究提供了一定的理論依據(jù)。

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本文編號(hào):2580394

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