【摘要】：為了探討青稞轉錄中SSR位點信息及其所在基因的生物學功能,使用MISA軟件分析青稞轉錄組中SSR的分布頻率和重復基元的基本類型,通過BLASTX對含有SSR的Unigene與nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共數據庫進行比對和功能注釋。結果表明,在青稞轉錄組拼接得到的58 065個Unigene中發(fā)現(xiàn)9 576條序列中含有11 930個SSR位點,SSR發(fā)生頻率為16.49%,平均每6.63kb出現(xiàn)1個SSR位點,共有119種重復基元(motif)。青稞轉錄組SSR出現(xiàn)頻率最高的是三核苷酸重復基元(64.19%),其次是二核苷酸重復基元(24.05%)。AG/CT和AGG/CCT、CCG/CGG、AGC/CTG分別是二核苷酸重復和三核苷酸重復中的優(yōu)勢重復基元。在轉錄組中SSR重復次數以5~12次為主,基序長度主要集中在12~25bp,平均長度為21.15bp。9 576個含SSR的Unigene與nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共數據庫進行BLASTX比對,分別得到7 987、5 559、5 588和2 077個注釋。通過基因功能注釋發(fā)現(xiàn)青稞轉錄組中含SSR的序列主要與生物的基礎代謝相關。
【圖文】：

ＣＴ）長度為２６ｂｐ的ＳＳＲ重復僅有１個。未出現(xiàn)基元長度為２９ｂｐ的ＳＳＲ。圖１青稞轉錄組ＳＳＲ重復序列長度的分布頻率Ｆｉｇ．１Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙｏｆｒｅｐｅａｔｓｅｑｕｅｎｃｅｌｅｎｇｔｈｉｎｈｕｌｌｅｓｓｂａｒｌｅｙｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ２．２青稞轉錄組中含ＳＳＲ序列的基因功能注釋通過ＭＩＳＡ軟件的搜索，，共有９５７６條Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ含有ＳＳＲ。為了解青稞轉錄組中含有ＳＳＲ序列的基因功能，本研究通過與公共蛋白數據庫進行比對，以期得到含有ＳＳＲ序列的Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注釋及分類信息。結果發(fā)現(xiàn)，有７９８７、５５５９、５５８８、２０７７條Ｕｎｉｇｅｎｅ分別與ｎｒ、ＣＯＧ、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ和ＫＥＧＧ比對得到注釋信息，有１６８３條Ｕｎｉｇｅｎｅ在上述４個數據庫中得到共同注釋信息。ＧＯ注釋用于描繪基因及其基因產物的特點，將基因功能分為３個本體，即細胞組分（ｃｅｌｌｕ－ｌａｒｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、分子功能（ｍｏｌｅｃｕｌａｒｆｕｎｃｔｉｏｎ）和生物進程（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓ）。其下又分了很多亞類，各類間互相關聯(lián)，從不同角度對基因的功能進行分類注釋。通過對含ＳＳＲ的青稞Ｕｎｉｇｅｎｅ進行ＧＯ注釋，可以全面描述青稞中含ＳＳＲ基因和基因產物的屬性。將搜索到含有ＳＳＲ的Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ序列使用ＢＬＡＳＴＸ比對到ｎｒ蛋白數據庫，取比對分值最高的為序列的注釋信息。其中７９８７條Ｕｎｉｇｅｎｅ序列得到了注釋信息，１５８９條Ｕｎｉｇｅｎｅ序列無注釋信息。再

ＣＴ）長度為２６ｂｐ的ＳＳＲ重復僅有１個。未出現(xiàn)基元長度為２９ｂｐ的ＳＳＲ。圖１青稞轉錄組ＳＳＲ重復序列長度的分布頻率Ｆｉｇ．１Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙｏｆｒｅｐｅａｔｓｅｑｕｅｎｃｅｌｅｎｇｔｈｉｎｈｕｌｌｅｓｓｂａｒｌｅｙｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ２．２青稞轉錄組中含ＳＳＲ序列的基因功能注釋通過ＭＩＳＡ軟件的搜索，共有９５７６條Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ含有ＳＳＲ。為了解青稞轉錄組中含有ＳＳＲ序列的基因功能，本研究通過與公共蛋白數據庫進行比對，以期得到含有ＳＳＲ序列的Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注釋及分類信息。結果發(fā)現(xiàn)，有７９８７、５５５９、５５８８、２０７７條Ｕｎｉｇｅｎｅ分別與ｎｒ、ＣＯＧ、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ和ＫＥＧＧ比對得到注釋信息，有１６８３條Ｕｎｉｇｅｎｅ在上述４個數據庫中得到共同注釋信息。ＧＯ注釋用于描繪基因及其基因產物的特點，將基因功能分為３個本體，即細胞組分（ｃｅｌｌｕ－ｌａｒｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、分子功能（ｍｏｌｅｃｕｌａｒｆｕｎｃｔｉｏｎ）和生物進程（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓ）。其下又分了很多亞類，各類間互相關聯(lián)，從不同角度對基因的功能進行分類注釋。通過對含ＳＳＲ的青稞Ｕｎｉｇｅｎｅ進行ＧＯ注釋，可以全面描述青稞中含ＳＳＲ基因和基因產物的屬性。將搜索到含有ＳＳＲ的Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ序列使用ＢＬＡＳＴＸ比對到ｎｒ蛋白數據庫，取比對分值最高的為序列的注釋信息。其中７９８７條Ｕｎｉｇｅｎｅ序列得到了注釋信息，１５８９條Ｕｎｉｇｅｎｅ序列無注釋信息。再

【參考文獻】

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本文編號：2565613