【摘要】：MADS-box轉(zhuǎn)錄因子是植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程的重要調(diào)控因子。為了解菠蘿MADS-box轉(zhuǎn)錄因子的序列特征和分類(lèi)情況,本研究采用生物信息學(xué)方法,對(duì)菠蘿全基因組的MADS-box進(jìn)行序列分析,包括菠蘿MADS-box轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)量、外顯子和內(nèi)含子組成情況、編碼蛋白的基本特性及系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的分析。結(jié)果表明,菠蘿基因組中有40個(gè)MADS-box轉(zhuǎn)錄因子,且基因結(jié)構(gòu)分析表明8個(gè)菠蘿MADS-box基因符合植物MADS-box基因的典型結(jié)構(gòu),具有6個(gè)內(nèi)含子和7個(gè)外顯子;27個(gè)菠蘿MADS-box轉(zhuǎn)錄因子編碼氨基酸在200~300個(gè)之間,其中最小的Ac MADS40僅有104個(gè)氨基酸組成,最大的Ac MADS08由436個(gè)氨基酸組成;40個(gè)MADS-box蛋白中有31個(gè)偏堿性,4個(gè)顯酸性,5個(gè)呈中性;二級(jí)結(jié)構(gòu)分析結(jié)果表明,6個(gè)MADS-box蛋白無(wú)規(guī)卷曲所占比例最高,Ac MADS02α-螺旋和無(wú)規(guī)卷曲都為25個(gè),β-轉(zhuǎn)角為5個(gè);其余33個(gè)菠蘿MADS-box蛋白均以α-螺旋所占比例最高;亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果表明,大多數(shù)MADS-box蛋白定位于細(xì)胞核,其他零星分布于其他細(xì)胞器;保守基序查找分析表明,包含基序1和基序2的MADS-box蛋白所占比率均在85%以上,說(shuō)明基序1和基序2是菠蘿MADS-box蛋白中的重要保守基序;系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析表明,屬于Ⅰ型的菠蘿MADS-box基因有14個(gè),屬于Ⅱ型的菠蘿MADS-box基因有26個(gè),且可細(xì)分為11個(gè)亞組,除了FLC和AGL15這兩個(gè)亞組中沒(méi)有菠蘿MADS-box的成員,其他9個(gè)亞組均有菠蘿MADS-box基因的分布。

【相似文獻(xiàn)】

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1 高之楨,陳銳,詹樹(shù)萱,孫崇榮,曹凱鳴;水稻中一個(gè)與花發(fā)育相關(guān)的MADS-box基因的表達(dá)檢測(cè)[J];復(fù)旦學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2002年01期

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3 段遠(yuǎn)霖,李維明,吳為人,劉華清;植物MADS-box基因的研究進(jìn)展[J];福建農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2003年01期

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