【摘要】：早期的研究表明IRF11是魚類特有的IRF家族成員。查詢最近解析的斑馬魚第九版基因組時(shí),發(fā)現(xiàn)斑馬魚IRF1和IRF11命名出現(xiàn)了混亂。通過對(duì)脊椎動(dòng)物IRF1和IRF11基因位點(diǎn)進(jìn)行同線型分析表明,IRF11與IRF1是兩個(gè)不同的基因,不宜命名為IRF1b和IRF1a。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn),在脊椎動(dòng)物中IRF11基因比IRF1起源更早;兩棲類以后的脊椎動(dòng)物基因組只有IRF1,沒有IRF11,其中原因可能是因?yàn)榛騺G失。斑馬魚IRF11與脊椎動(dòng)物IRF1一樣,其表達(dá)蛋白定位在細(xì)胞核中。缺失分析揭示斑馬魚IRF11的DBD有一個(gè)能引導(dǎo)蛋白定位進(jìn)入細(xì)胞核的序列。表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)poly(I:C)能誘導(dǎo)斑馬魚IRF11的表達(dá),但其表達(dá)水平低于IRF1。
【圖文】：

圖1不同物種IRF1(A)和IRF11(B)基因位點(diǎn)的同線型分析Fig.1SyntenyanalysisofIRF1(A)andIRF11(B)genelocusfromdifferentspecies查詢3種哺乳動(dòng)物(人、小鼠、狗),1種鳥類(雞),1種爬行類(安樂蜥)以及12種魚類(斑馬魚、亞馬遜花溕、墨西哥麗脂鯉、矛尾魚、大西洋鱈、紅鰭東方豚、青溕、眼斑雀鱔、三刺魚、綠河豚、羅非魚、花斑劍尾魚)的基因組,分析IRF1(A)和IRF11(B)基因及其上下游基因的組成。由于缺少上下游基因信息,花斑劍尾魚IRF1、大西洋鱈和羅非魚IRF11所在基因組片段在圖1A和圖1B中沒有顯示BysearchingthegenomedatafromhumanH.sapiens,mouseM.musculus,dogC.familiaris,chickenG.gallus,anoleLizardA.carolinensis,zebrafishD.rerio,amazonmollyP.Formosa,cavefishA.mexicanus,CoelacanthL.chalumnae,codG.morhua,fuguT.rubripes,medakaO.latipes,spottedgarL.oculatus,sticklebackG.aculeatus,tetraodonT.nigroviridis,tilapiaO.niloticus,andplatfishX.maculates,thearrangementofgenesupstreamanddownstreamofIRF1andIRF11wereanalyzed.IRF1ofplatfish(scaffoldJH559106.1)andIRF11sofcod(GeneScaffold_3537)andtilapia(scaffoldGL831287.1)werenotincludedinFig.1AorFig.1Bduetolackofdownstreamorupstreamgenesinthecurrentgenomedata4水生生物學(xué)報(bào)41卷

一步發(fā)現(xiàn),作為IRF1亞家族的一個(gè)分支,魚類IRF11在進(jìn)化上相對(duì)保守,起源早于脊椎動(dòng)物的IRF1和IRF2,且IRF11與IRF1和IRF2的進(jìn)化距離相似。由此可以推測(cè),在魚類和哺乳類共同祖先物種的基因組中,不僅有IRF1和IRF2基因,而且有IRF11基因。在進(jìn)化過程中當(dāng)物種分化進(jìn)化產(chǎn)生兩棲類時(shí),IRF11基因在兩棲類基因組中丟失,由此導(dǎo)致兩棲類、以及后來的爬行類、鳥類和哺乳類的基因組都沒有IRF11基因,只保留了IRF1等其他IRF家族基因。但是魚類祖先保留了IRF11基因,因此現(xiàn)存魚類都具有IRF11基因。表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)polyI:C不僅能誘導(dǎo)斑馬魚圖2脊椎動(dòng)物IRF家族的進(jìn)化樹分析Fig.2PhylogenetictreeofIRFfamily利用Mega6.0軟件對(duì)17種代表性物種的IRF家族成員運(yùn)用NJ法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹;IRF序列信息來源請(qǐng)見表1PhylogenetictreewasmadewithIRFfamilymembersfrom17representativespecies,byusingneighbor-joiningmethodwithinMega6.0program.TheaccessionnumbersofIRFgenesareshowninTab.11期熊亞瑋等:斑馬魚IRF11基因的鑒定、亞細(xì)胞定位及表達(dá)特征5

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6 李潔斐,李衛(wèi)華,金泰^，

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