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基于轉(zhuǎn)錄組的荔枝ARF基因家族的鑒定及表達(dá)分析

發(fā)布時(shí)間:2019-09-24 01:44
【摘要】:生長(zhǎng)素反應(yīng)因子(Auxin Response Factors,ARFs)是調(diào)節(jié)生長(zhǎng)素表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子響應(yīng)基因,ARF基因在植物中大多由多基因家族組成;谵D(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),通過(guò)生物信息學(xué)方法對(duì)荔枝ARF基因進(jìn)行鑒定,并分析其理化性質(zhì)、亞細(xì)胞定位、保守基序、系統(tǒng)進(jìn)化以及基因的表達(dá)模式。在荔枝中鑒定出21個(gè)ARF基因,其編碼的蛋白質(zhì)含有53~1 117個(gè)氨基酸,分子量約為6.112~123.872 ku,等電點(diǎn)為4.21~9.45。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果顯示21個(gè)ARF均定位于細(xì)胞核。Lc ARFs基因家族具有相對(duì)保守的結(jié)構(gòu),即包含1個(gè)保守的B3 DNA結(jié)構(gòu)域、ARF結(jié)構(gòu)域和Aux/IAA結(jié)構(gòu)域。進(jìn)化樹(shù)分析表明荔枝ARF蛋白分為5個(gè)亞家族。21個(gè)荔枝ARF基因在花穗發(fā)育過(guò)程中有明顯不同的表達(dá)規(guī)律。該結(jié)果為進(jìn)一步深入研究荔枝ARF基因家族的功能奠定了基礎(chǔ)。
【作者單位】: 中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院南亞熱帶作物研究所農(nóng)業(yè)部熱帶果樹(shù)生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】:中央級(jí)公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)專(zhuān)項(xiàng)(No.1630062016006) 國(guó)家荔枝龍眼產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(No.CARS-33-21)
【分類(lèi)號(hào)】:S667.1

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本文編號(hào):2540586

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