香石竹水孔蛋白基因的克隆及表達(dá)分析
發(fā)布時間:2019-09-16 17:27
【摘要】:以香石竹(Dianthus caryophyllus)‘馬斯特’為試驗材料,在分析香石竹和石竹轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上克隆得到10個水孔蛋白(AQP)基因,7個屬于PIP亞家族,3個屬于TIP亞家族;其中DcaAQP1、DcaAQP2、DcaAQP3、DcaAQP4、DcaAQP6、DcaAQP8和DcaAQP10在萼片中優(yōu)勢表達(dá),DcaAQP5在莖和花瓣中優(yōu)勢表達(dá),DcaAQP7在葉中優(yōu)勢表達(dá),DcaAQP9在各個組織中表達(dá)均比較低;在切花開放萎蔫過程中,DcaAQP1、DcaAQP3和DcaAQP6的表達(dá)量從花蕾期開始升高,半開期達(dá)到最高,DcaAQP4、DcaAQP7、DcaAQP9和DcaAQP10在盛開期表達(dá)量達(dá)到最高;DcaAQP2在花蕾期表達(dá)量最高,DcaAQP5在開始萎蔫期表達(dá)量達(dá)到最高,表明多個AQP基因協(xié)同作用來維持切花開放萎蔫過程中花瓣細(xì)胞水分吸收和營養(yǎng)物質(zhì)轉(zhuǎn)運。
【圖文】:
ATTTACACCCACCCGTACACAGAACCGCCACCACCAAAAGTCGTDcaAQP8-F1CCAAGAAGGCTAGAGTTGTTAAGAACAACATCTTAGCGGGTGGGGDcaAQP8-R1GCCAAGTTTTACAAGCATTCACCATCAACGAGCAGACGAGGGADcaAQP9-F1AGTGGAGAGTTGAGAAAGCCATACCTTACCCCTTTCGACGATGCCDcaAQP9-R1GCGATAATTTAACATCATAACACCCATGAGATAAACTCCGCCAGACCCDcaAQP10-F1ATGGCAATAGCCTTTGGTAGATGCTTCTTGGTGCTGTTGCTGGDcaAQP10-R1ATTCATAAGGGTAGAAACATCAAACTGTAGACGAGGGCGAATGTGADcaGAPDH-FCGGAAAGTTGACTGGTATGGCCGGAAAGTTGACTGGTATGGCDcaGAPDH-RCATCCTCGGTGTAGCCCAAAATCATCCTCGGTGTAGCCCAAAAT圖1香石竹切花開放階段劃分Fig.1Differentstagesofcarnationflowersduringtheopeningprocess2結(jié)果與分析2.1香石竹AQP生物信息學(xué)分析2.1.1香石竹AQP基因的確定共克隆得到10個香石竹AQP基因(表2)。將10個AQP的預(yù)測氨基酸序列與模式植物擬南芥(Arabidopsisthaliana)AQP氨基酸序列進(jìn)行聚類分析,10個AQP分別屬于PIP和TIP亞家族,PIP亞家族又進(jìn)一步分為PIP1和PIP2亞類,TIP亞家族進(jìn)一步分為TIP1和TIP2亞類。其中PIP1亞類有DcaAQP1,PIP2亞類有DcaAQP2、DcaAQP3、DcaAQP4、DcaAQP5、DcaAQP6和DcaAQP7共6個基因,TIP1亞類包含DcaAQP8和DcaAQP9,TIP2亞類有DcaAQP10(圖2)。
孔維龍,胡瑞,包滿珠,傅小鵬.香石竹水孔蛋白基因的克隆及表達(dá)分析.園藝學(xué)報,2017,44(3):515 527.519表2香石竹AQP基因的確定Table2IdentityofcarnationAQPgenes亞家族Subfamily亞組Subgroup基因名Gene轉(zhuǎn)錄組序列號TranscriptomeNo.cDNA/bpORF/bp氨基酸數(shù)Totalnumberofaminoacid文獻(xiàn)ReferencePIP1DcaAQP1918870289Haradaetal.,2010DcaAQP2920858285李紅梅等,2011DcaAQP3FX297112.1873861286DcaAQP4FX297693.1892837278DcaAQP5FX298065.1880843280DcaAQP6FX302411.1873861286PIPPIP2DcaAQP7908888295TIPTIP1DcaAQP8FX296505.1783759252DcaAQP9876762253TIP2DcaAQP10744744247圖2香石竹AQP氨基酸序列聚類分析圖中樹枝上的數(shù)字表示重復(fù)1000次后該樹枝可信度的比例。Fig.2Clusteranalysisofcarnation10AQPbasedonaminoacidThebranchesinfigureshowedthattheproportionofcredibilityafterrepeated1000times.2.1.2香石竹AQP氨基酸序列對比分析香石竹的10個AQP基因都有AQP基因家族基因的兩個非常保守的NPA(Asn-Pro-Ala)基序,以及MIP超家族基因的特征基序SGXHXNPAVTFG(圖3),并且7個PIP類AQP都有高等植物PIP所特有的兩個保守基序GGGANXXXXGY和TGINPARSL/FGAAI/VI(圖3)。
【作者單位】: 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝林學(xué)學(xué)院園藝植物生物學(xué)教育部重點實驗室;
【基金】:國家自然科學(xué)基金項目(31000918) 中央高校基本科研業(yè)務(wù)費專項(2662015PY052;2662016PY041)
【分類號】:S682.19
【圖文】:
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孔維龍,胡瑞,包滿珠,傅小鵬.香石竹水孔蛋白基因的克隆及表達(dá)分析.園藝學(xué)報,2017,44(3):515 527.519表2香石竹AQP基因的確定Table2IdentityofcarnationAQPgenes亞家族Subfamily亞組Subgroup基因名Gene轉(zhuǎn)錄組序列號TranscriptomeNo.cDNA/bpORF/bp氨基酸數(shù)Totalnumberofaminoacid文獻(xiàn)ReferencePIP1DcaAQP1918870289Haradaetal.,2010DcaAQP2920858285李紅梅等,2011DcaAQP3FX297112.1873861286DcaAQP4FX297693.1892837278DcaAQP5FX298065.1880843280DcaAQP6FX302411.1873861286PIPPIP2DcaAQP7908888295TIPTIP1DcaAQP8FX296505.1783759252DcaAQP9876762253TIP2DcaAQP10744744247圖2香石竹AQP氨基酸序列聚類分析圖中樹枝上的數(shù)字表示重復(fù)1000次后該樹枝可信度的比例。Fig.2Clusteranalysisofcarnation10AQPbasedonaminoacidThebranchesinfigureshowedthattheproportionofcredibilityafterrepeated1000times.2.1.2香石竹AQP氨基酸序列對比分析香石竹的10個AQP基因都有AQP基因家族基因的兩個非常保守的NPA(Asn-Pro-Ala)基序,以及MIP超家族基因的特征基序SGXHXNPAVTFG(圖3),并且7個PIP類AQP都有高等植物PIP所特有的兩個保守基序GGGANXXXXGY和TGINPARSL/FGAAI/VI(圖3)。
【作者單位】: 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝林學(xué)學(xué)院園藝植物生物學(xué)教育部重點實驗室;
【基金】:國家自然科學(xué)基金項目(31000918) 中央高校基本科研業(yè)務(wù)費專項(2662015PY052;2662016PY041)
【分類號】:S682.19
【參考文獻(xiàn)】
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1 顏培玲;潘學(xué)軍;張文娥;;野生毛葡萄水通道蛋白基因VhPIP1的克隆及其在干旱脅迫下的表達(dá)分析[J];園藝學(xué)報;2015年02期
2 張e,
本文編號:2536332
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