煙草酪氨酸轉(zhuǎn)氨酶基因家族分析
發(fā)布時間：2019-09-02 14:27
【摘要】：為揭示煙草酪氨酸轉(zhuǎn)氨酶(Tyrosine aminotransferase,TAT)基因家族的遺傳特征和功能,利用生物信息學對不同煙草品種中該基因家族進行鑒定和分析。結(jié)果表明,普通煙草中存在4個TATs基因,林煙草和絨毛狀煙草中各有3個TATs基因。亞家族Ⅰ中TATs基因的編碼序列在1 263~1 338 bp,編碼404~445個氨基酸,蛋白質(zhì)分子量為42.81~49.64 k D,均為不含跨膜結(jié)構(gòu)域的穩(wěn)定蛋白。亞家族Ⅱ中TATs蛋白均為不穩(wěn)定蛋白。除NtabTAT4外,其余TATs基因均含有7個外顯子和6個內(nèi)含子。煙草TATs蛋白可分為兩類:Group Ⅰ和Group Ⅱ。qPCR分析表明,NtabTATs在普通煙草K326的根、莖、葉和花中都有表達。
【圖文】：
，其中9個順式作用元件（ARE、Box4、Box1、CAAT-box、MBS、TATA-box、TCT-motif、TCA-element和circadian）為NtabTATs啟動子所共有。根據(jù)順式作用元件的功能將51個順式作用元件分為兩類（表3）：一類是與生物和非生物脅迫相關(guān)的順式作用元件，，包括生物脅迫響應(yīng)元件Box-W1，非生物脅迫響應(yīng)元件中的光響應(yīng)元件BoxI、Box4、CATT-motif等，生長素響應(yīng)元件AuxRR-core和TGA-element，茉莉酸響應(yīng)元件TGACG-motif，水楊酸響應(yīng)元件SARE和TCA-element，以及干旱應(yīng)答元件、熱激元件、低溫響應(yīng)元方框為外顯子，水平線為內(nèi)含子圖1普通煙草、林煙草和絨毛狀煙草TATs基因的進化及結(jié)構(gòu)示意圖Fig.1PhylogeneticrelationshipsandgenestructuresofTATgenesinNicotianatabacum,NicotianasylvestrisandNicotianatomentosiformis表3NtabTATs啟動子的順式作用元件Tab.3Cis-regulatoryelementsofNtabTATpromoters生物與非生物脅迫相關(guān)的順式作用元件3-AF1bindingsiteATCT-motifATC-motifAE-boxBox4Box1CATT-motifG-boxGAG-motifGATA-motifGT1-motifTAAGAGAGGAAAATCTAATCCAGTAATCTAGAAACAAATTAATTTTCAAAGCATTCTACGTGAGAGATGAAGGATAAGGGGTTAATSolanumtuberosumPisumsativumSpinaciaoleracea/ArabidopsisthalianaArabidopsisthalianaPetroselinumcrispumPisumsativumZeamaysDaucuscarotaSpinaciaoleraceaSolanumtuberosumAvenasativaTAT3TAT2,TAT3TAT4TAT1TAT1,TAT2,TAT3,TAT4TAT1,TAT2,TAT3,TAT4TAT1TAT1,TAT3TAT1,TAT2,TAT3TAT3TAT3光響應(yīng)元件光響應(yīng)保守DNA的部分元件光響應(yīng)保守DNA的部分元件部分光響應(yīng)元件光響應(yīng)保守DNA的部分元件光響應(yīng)元件部分
2017煙草科技年黑色方框所示的序列為TAT家族典型的結(jié)構(gòu)域，黑色下劃線所示為SLSKRWLVPGWRLG序列，黑點所示為保守的Arg殘基圖2NtabTATs蛋白的序列比對Fig.2SequencesalignmentofNtabTATproteinsNtab、Ntom、Nsyl、At、Os和Soly分別代表普通煙草、林煙草、絨毛狀煙草、擬南芥、水稻和番茄圖3煙草、番茄、擬南芥和水稻TAT基因家族的進化分析Fig.3PhylogeneticanalysisofTATgenefamiliesintobacco,Lycopersiconesculentum,ArabidopsisthalianaandOryzasativa·6·
【作者單位】： 鄭州大學生命科學學院;中國煙草總公司鄭州煙草研究院;
【基金】：中國煙草總公司煙草基因組計劃重大專項項目“基于基因組編輯技術(shù)的煙草重要基因功能研究”[110201501015(JY-02)]
【分類號】：Q943.2;S572
本文編號：2530982
【圖文】：
，其中9個順式作用元件（ARE、Box4、Box1、CAAT-box、MBS、TATA-box、TCT-motif、TCA-element和circadian）為NtabTATs啟動子所共有。根據(jù)順式作用元件的功能將51個順式作用元件分為兩類（表3）：一類是與生物和非生物脅迫相關(guān)的順式作用元件，，包括生物脅迫響應(yīng)元件Box-W1，非生物脅迫響應(yīng)元件中的光響應(yīng)元件BoxI、Box4、CATT-motif等，生長素響應(yīng)元件AuxRR-core和TGA-element，茉莉酸響應(yīng)元件TGACG-motif，水楊酸響應(yīng)元件SARE和TCA-element，以及干旱應(yīng)答元件、熱激元件、低溫響應(yīng)元方框為外顯子，水平線為內(nèi)含子圖1普通煙草、林煙草和絨毛狀煙草TATs基因的進化及結(jié)構(gòu)示意圖Fig.1PhylogeneticrelationshipsandgenestructuresofTATgenesinNicotianatabacum,NicotianasylvestrisandNicotianatomentosiformis表3NtabTATs啟動子的順式作用元件Tab.3Cis-regulatoryelementsofNtabTATpromoters生物與非生物脅迫相關(guān)的順式作用元件3-AF1bindingsiteATCT-motifATC-motifAE-boxBox4Box1CATT-motifG-boxGAG-motifGATA-motifGT1-motifTAAGAGAGGAAAATCTAATCCAGTAATCTAGAAACAAATTAATTTTCAAAGCATTCTACGTGAGAGATGAAGGATAAGGGGTTAATSolanumtuberosumPisumsativumSpinaciaoleracea/ArabidopsisthalianaArabidopsisthalianaPetroselinumcrispumPisumsativumZeamaysDaucuscarotaSpinaciaoleraceaSolanumtuberosumAvenasativaTAT3TAT2,TAT3TAT4TAT1TAT1,TAT2,TAT3,TAT4TAT1,TAT2,TAT3,TAT4TAT1TAT1,TAT3TAT1,TAT2,TAT3TAT3TAT3光響應(yīng)元件光響應(yīng)保守DNA的部分元件光響應(yīng)保守DNA的部分元件部分光響應(yīng)元件光響應(yīng)保守DNA的部分元件光響應(yīng)元件部分
2017煙草科技年黑色方框所示的序列為TAT家族典型的結(jié)構(gòu)域，黑色下劃線所示為SLSKRWLVPGWRLG序列，黑點所示為保守的Arg殘基圖2NtabTATs蛋白的序列比對Fig.2SequencesalignmentofNtabTATproteinsNtab、Ntom、Nsyl、At、Os和Soly分別代表普通煙草、林煙草、絨毛狀煙草、擬南芥、水稻和番茄圖3煙草、番茄、擬南芥和水稻TAT基因家族的進化分析Fig.3PhylogeneticanalysisofTATgenefamiliesintobacco,Lycopersiconesculentum,ArabidopsisthalianaandOryzasativa·6·
【作者單位】： 鄭州大學生命科學學院;中國煙草總公司鄭州煙草研究院;
【基金】：中國煙草總公司煙草基因組計劃重大專項項目“基于基因組編輯技術(shù)的煙草重要基因功能研究”[110201501015(JY-02)]
【分類號】：Q943.2;S572
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本文編號：2530982
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