直腸癌循環(huán)腫瘤細胞與原發(fā)腫瘤組織基因表達譜的差異分析
【圖文】:
tp://bioinfo.capitalbio.com/mas3/)軟件進行GO(GeneOntology)分析,其中MAS系統(tǒng)包括3個公共數(shù)據(jù)庫:MolecularFunction、BiologicalProcess和CellularComponent,從而探討差異基因的功能以及可能涉及的相關(guān)信號通路。1.7統(tǒng)計學(xué)處理采用SPSS19.0統(tǒng)計學(xué)軟件,兩組數(shù)據(jù)比較采用非配對t檢驗,以P<0.05或P<0.01表示差異有統(tǒng)計學(xué)意義。2結(jié)果2.1成功檢測出直腸癌CTC入選病例一般資料及檢測CTC數(shù)見表1。利用流式細胞術(shù)檢測CTC(DAPI+/CD45/Epcam+)和白細胞對照(DAPI+/CD45-/Epcam-)見圖1,4例患者檢測出CTC數(shù)量為53~120個。表1入選病例一般資料和分選CTC個數(shù)Tab.1ClinicalfeaturesandsortedCTCnumberofthe4patientswithrectalcancerNo.SexAge(t/a)PathologicaltypeGradingandStaging(WHO2010)CTCnumber1Male44ModeratelydifferentiatedulcerativeadenocarcinomaofrectumpT3N1M0,ⅢB672Male59SameasabovepT3N0M0,ⅡA783Female60SameasabovepT2N0M0,Ⅰ534Female66SameasabovepT2N1cM0,ⅢA120圖1流式細胞儀檢測和分選CTCFig.1IdentificationandsortingofCTCsbyflowcytometry2.2直腸癌組織及血液CTC中部分基因表達明顯上調(diào)或下調(diào)2.2.1腫瘤組織及血液CTC基因芯片散點分布散點圖(圖2)中腫瘤組織用T表示,癌旁正常組織用N表示,CTC用C表示,白細胞用W表示。散點圖分別展示了T/N和C/W樣品之間基因表達的差異情況。其中X軸和Y軸分別以熒光信號強度為坐標(biāo),圖中每個點代表芯片上一個探針集(基因)的熒光信號強度,其中標(biāo)注為紅色的分別是T/N和C/W發(fā)生上調(diào)的基因,標(biāo)注為綠色的是T/N和C/W發(fā)生下調(diào)的基因,標(biāo)注為黑色的是表達無差異基因。A:Rectalcarcinomaandnormalintestinaltis
sandsortedCTCnumberofthe4patientswithrectalcancerNo.SexAge(t/a)PathologicaltypeGradingandStaging(WHO2010)CTCnumber1Male44ModeratelydifferentiatedulcerativeadenocarcinomaofrectumpT3N1M0,ⅢB672Male59SameasabovepT3N0M0,ⅡA783Female60SameasabovepT2N0M0,Ⅰ534Female66SameasabovepT2N1cM0,ⅢA120圖1流式細胞儀檢測和分選CTCFig.1IdentificationandsortingofCTCsbyflowcytometry2.2直腸癌組織及血液CTC中部分基因表達明顯上調(diào)或下調(diào)2.2.1腫瘤組織及血液CTC基因芯片散點分布散點圖(圖2)中腫瘤組織用T表示,癌旁正常組織用N表示,CTC用C表示,,白細胞用W表示。散點圖分別展示了T/N和C/W樣品之間基因表達的差異情況。其中X軸和Y軸分別以熒光信號強度為坐標(biāo),圖中每個點代表芯片上一個探針集(基因)的熒光信號強度,其中標(biāo)注為紅色的分別是T/N和C/W發(fā)生上調(diào)的基因,標(biāo)注為綠色的是T/N和C/W發(fā)生下調(diào)的基因,標(biāo)注為黑色的是表達無差異基因。A:Rectalcarcinomaandnormalintestinaltissues(T/N);B:CTCsandwhitecells(C/W)圖2直腸癌組織與血液CTC細胞表達譜散點圖Fig.2ScatterplotofbothrectalcancertissuesandbloodCTCsexpressionprofile2.2.2聚類分析顯示直腸癌組織與CTC的基因表達譜差異較大根據(jù)4例樣品表達模式的相關(guān)性用Cluster3.0軟件進行聚類分析,TreeView繪制聚類圖(圖3)。直腸癌組織與正常腸組織、CTC與白細胞各組之間均聚類良好;組織(T和N)與細胞(C和W)這兩大組的表達譜差異很大,大于單獨T/N或·350·
【作者單位】: 福建醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院福建省腫瘤醫(yī)院國家臨床重點腫瘤?聘=ㄊ∧[瘤生物治療重點實驗室;
【基金】:福建省醫(yī)學(xué)創(chuàng)新基金資助項目(No.2015-CXB-4) 福建省自然科學(xué)基金資助項目(No.2016J01436) 國家臨床重點?平ㄔO(shè)基金資助項目(No.2015-544)~~
【分類號】:R730.231;;R735.3
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本文編號:2530150
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