【摘要】：為明確小麥中F-box基因的存在種類及數量,作者通過數據庫檢索、編碼區(qū)查找及功能結構域預測等途徑,獲得了NCBI和DFCI兩大數據庫中已報道的小麥F-box蛋白,并根據C端結構域特征對這些F-box蛋白進行了分類統計。數據庫檢索分類結果表明,在NCBI和DFCI數據庫中共檢索到符合條件的F-box基因38條,這些基因可以劃分為F-box/LRR(17條,占總數的45%)、F-box/Kelch(6條,占總數的16%)和C端無明顯結構域特征(15條,占總數的39%)3種類型。其中,F-box/LRR和C端無明顯結構域類型所占比例較大。在此基礎上,利用同源克隆策略在中國春小麥中獲得了3條包含F-box結構域的序列,分別命名為Ta-SKP2A、Ta-FB和Ta-FBL14。Ta-SKP2A和Ta-FBL14屬于F-box/LRR類型,Ta-FB僅包含一個F-box結構域,為C端無明顯結構域類型。這些研究將為深入探討F-box家族基因參與的小麥生物學過程及在其中的作用機理奠定基礎。
【圖文】：

１、ＣＣＧ４８０１６．１、ＡＢＢ１８３８８．１、ＣＡＪ１９３４２．１、ＣＡＪ１９３４５．１、ＡＣＫ４４４７９．１、ＢＡＡ８７８７５．１、ＢＡＡ８７８７６．１、ＣＡＪ１９３４４．１）。對這１５條序列中Ｆ－ｂｏｘ結構域的氨基酸組成進行分析，發(fā)現除ＣＣＧ４８０１６．１的Ｆ－ｂｏｘ結構域由４２個氨基酸組成外，其他均由４１個氨基酸組成，且大部分的起始氨基酸為亮氨酸（Ｌ），在這１５條序列中，第２、２０、２４和２８位氨基酸的同源性比較高（圖１）。用ＳＭＡＲＴ軟件預測結構域，發(fā)現有如圖４Ａ所示的Ｆ－ｂｏｘ功能結構域存在。圖１只強烈顯示Ｆ－ｂｏｘ結構域的序列同源性分析Ｆｉｇ．１ＲｅｓｕｌｔｏｆｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓａｌｉｇｎｍｅｎｔｆｏｒｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｉｔｈＦ－ｂｏｘｄｏｍａｉｎｉｎＮ－ｅｎｄ２．２兼具Ｆ－ｂｏｘ和Ｋｅｌｃｈ結構域的序列既有Ｆ－ｂｏｘ結構域又有Ｋｅｌｃｈ結構域的序列共有６條，其中３條序列來源于ＮＣＢＩ數據庫（ＴＣ３８６５４７、ＴＣ３８１６４７、ＴＣ４１４４４２），３條序列來源于ＤＦＣＩ數據庫（ＣＢＨ３２５７９．１、ＣＢＨ３２５６７．１、ＡＢＲ１４６２７．１）。６條序列的Ｆ－ｂｏｘ結構域均由４１個氨基酸組成，起始氨基酸均為亮氨酸（Ｌ），第１１位和第１４位氨基酸的保守性較強（圖２）。結構域預測軟件發(fā)現６條序列均有如圖４Ｂ所示的Ｆ－ｂｏｘ結構域和Ｋｅｌｃｈ結構域。圖２兼具Ｆ－ｂｏｘ和Ｋｅｌｃｈ結構域的序列同源性分析結果Ｆｉｇ．２Ｒｅｓｕｌｔ

），，６條來源于ＤＦＣＩ數據庫（ＣＢＨ３２５４０．１、ＣＢＨ３２５４１．１、ＣＢＨ３２５３９．１、ＣＢＨ３２５７４．１、ＡＤＫ６６９７４．１、ＡＤＫ６６９７３．１），Ｆ－ｂｏｘ結構域的氨基酸組成數量為４０～４３個不等，除了ＡＤＫ６６９７４．１和ＡＤＫ６６９７３．１外（啟始氨基酸為纈氨酸Ｖ），大部分的啟始氨基酸為亮氨酸（Ｌ）。對這１７條序列的Ｆ－ｂｏｘ結構域進行比較，發(fā)現第１、２、６和２６位氨基酸的同源性比較高（圖３）。圖３兼具Ｆ－ｂｏｘ和ＬＲＲ結構域的序列的同源性分析Ｆｉｇ．３ＲｅｓｕｌｔｏｆｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓａｌｉｇｎｍｅｎｔｆｏｒｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｉｔｈＦ－ｂｏｘｄｏｍａｉｎｉｎＮ－ｅｎｄａｎｄＬＲＲｄｏｍａｉｎｉｎＣ－ｅｎｄ功能結構域預測發(fā)現，該組序列均包含Ｆ－ｂｏｘ結構域和ＬＲＲ結構域，但不同序列包含ＬＲＲ結構域的數量不等，最多的包含７個ＬＲＲ結構域（圖４Ｃ）。圖４Ｆ－ｂｏｘ蛋白功能結構域預測結果Ｆｉｇ．４ＤｏｍａｉｎｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆＦ－ｂｏｘｐｒｏｔｅｉｎ２５
【作者單位】： 河北農業(yè)大學生命科學學院;河北農業(yè)大學河北省植物生理與分子病理學重點實驗室;河北省農作物病蟲害生物防治工程技術研究中心;
【基金】：國家自然科學基金項目(31301649) 高等學校博士學科點專項科研基金(20121302120010)
【分類號】：S512.1

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本文編號：2526139