【摘要】：在細(xì)胞核內(nèi),基因組的空間排列并不是隨機(jī)的。不同種類細(xì)胞的染色質(zhì)會有不同的空間排布;同一種類細(xì)胞的染色質(zhì),在不同的發(fā)育過程中,其空間排列也不盡相同。核纖層可以和染色質(zhì)上的LADs(lamina-associated domains)相結(jié)合,使LADs錨定在細(xì)胞核核周,從而抑制特定基因的轉(zhuǎn)錄。我們前期研究發(fā)現(xiàn),在肢體發(fā)育過程中,同源異型框蛋白Msx1富集在細(xì)胞核核周。而且,在小鼠成肌細(xì)胞C2C12中,外源性的Msx1也富集在細(xì)胞核核周,與此同時,Msx1的抑制性靶標(biāo)基因(Myo D,Myf5等)也傾向于定位在細(xì)胞核核周。那么,Msx1對其靶標(biāo)基因的抑制是否與LADs有關(guān)呢?因此,我們系統(tǒng)地分析了Msx1在基因組水平對DNA的結(jié)合與LAD之間的關(guān)系。研究表明,在小鼠成肌細(xì)胞C2C12中,作為轉(zhuǎn)錄抑制因子,Msx1在基因組內(nèi)的結(jié)合位點(diǎn)約有20%(這些結(jié)合位點(diǎn)幾乎都位于抑制性靶標(biāo)基因內(nèi))位于LADs內(nèi)或者與之重疊。反之,68%~71%的LADs含有至少一個Msx1結(jié)合位點(diǎn),而在與細(xì)胞核核周相結(jié)合的LADs中,高達(dá)75%的LADs含有至少一個Msx1結(jié)合位點(diǎn)。而主要作為轉(zhuǎn)錄激活因子的Myo D,其在基因組內(nèi)的結(jié)合位點(diǎn)雖與Msx1基本同樣多,但位于LADs內(nèi)或者與之重疊的就較少;含有至少一個Myo D結(jié)合位點(diǎn)的LADs也明顯較少。這表明Msx1在抑制性靶標(biāo)基因上的結(jié)合位點(diǎn)傾向于分布在LADs內(nèi),這為今后研究Msx1抑制靶標(biāo)基因的機(jī)制提供了新的思路。
[Abstract]:In the nucleus, the spatial arrangement of the genome is not random. The chromatin of different kinds of cells can be arranged in different spaces; the chromatin of the same kind of cells is different in its spatial arrangement in different development processes. The nuclear fiber layer can be combined with the LADs on the chromatin to anchor the LADs in the nucleus of the nucleus, thereby inhibiting the transcription of a specific gene. In the early stage of our study, the homeobox protein Msx1 was enriched in the nucleus of the nucleus during the limb development. In addition, in the mouse myoblasts C2C12, the exogenous Msx1 is also enriched in the nucleus of the nucleus, while the inhibitory target gene (Myo D, Myf5, etc.) of Msx1 also tends to be positioned in the nucleus of the nucleus. So, is Msx1 related to the inhibition of its target gene? Therefore, we have systematically analyzed the relationship between the binding of Msx1 to the DNA and the LAD at the genomic level. In the mouse myoblasts, C2C12, Msx1, as a transcription-inhibitory factor, has about 20% of the binding sites of Msx1 in the genome (these binding sites are located almost in the inhibitory target gene) in or in the LADs. In contrast,68% to 71% of LADs contain at least one Msx1 binding site, and up to 75% of LADs contain at least one Msx1 binding site in the LDS combined with the nuclear nuclear week. Myo D, which is mainly used as a transcription activator, has a much lower binding site in the genome than Msx1, but it is less in the LADs or overlaps with Msx1; and the LAMDs containing at least one of the Myo D binding sites are also significantly less. This indicates that the binding site of Msx1 on the inhibitory target gene tends to be distributed within the LADs, which provides a new way for studying the mechanism of Msx1 to inhibit the target gene in the future.
【作者單位】： 復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院遺傳工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：上海市浦江人才計(jì)劃(14PJ1401300) 上海高校特聘教授(東方學(xué)者)崗位計(jì)劃(TP2015009)共同資助
【分類號】：Q78

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本文編號：2518133