發(fā)布時(shí)間：2019-03-19 16:33

【摘要】：為給后續(xù)柿屬植物葉綠體基因工程研究提供基礎(chǔ),利用Codon W、CUSP、SPSS軟件對(duì)5個(gè)柿屬植物葉綠體基因組中的55條蛋白質(zhì)編碼基因序列進(jìn)行密碼子使用模式分析。結(jié)果顯示,柿屬植物葉綠體基因組密碼子第3位堿基GC含量為26.9%~27.8%,有效密碼子數(shù)在49.58~50.18之間,密碼子偏好性較弱;柿葉綠體基因組不同位置的有效密碼子數(shù)不同,取值范圍為32.36~59.64;中性繪圖分析和ENC-plot繪圖分析結(jié)果表明,柿葉綠體基因組的密碼子偏好性主要受選擇的影響;通過(guò)高頻密碼子和高表達(dá)優(yōu)越密碼子分析相結(jié)合的方法,篩選出23個(gè)柿屬植物最優(yōu)密碼子,且這些密碼子主要以A和U堿基結(jié)尾。
[Abstract]:In order to provide the basis for the research on chloroplast gene engineering of the follow-up persimmon, the analysis of the codon usage of 55 protein-coding gene sequences in the chloroplast genome of five persimmon plants was analyzed by Codon W, CUSP and SPSS. The results showed that the content of the third base GC was 26.9% ~ 27.8%, the number of effective codons was 49.58 ~ 50.18, the codon preference was weak, and the number of effective codons in different positions of the chloroplast genome was 32.36 ~ 59.64. The results of neutral plot analysis and ENC-plot analysis show that the codon preference of the genome of the persimmon chloroplast is mainly influenced by the selection, and the optimal codons of the 23 persimmon plants are screened through the combination of the high-frequency codon and the high-expression superior codon analysis. And these codons are mainly at the end of the A and U bases.
【作者單位】： 中南林業(yè)科技大學(xué)經(jīng)濟(jì)林育種與栽培國(guó)家林業(yè)局重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;國(guó)家林業(yè)局泡桐研究開(kāi)發(fā)中心;中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院經(jīng)濟(jì)林研究開(kāi)發(fā)中心;
【基金】：“十二五”科技計(jì)劃課題“澀柿種質(zhì)資源收集評(píng)價(jià)與新品種選育”(2013BAD14B0502)
【分類(lèi)號(hào)】：Q943.2

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2443697