【摘要】：利用目標區(qū)域捕獲測序技術(shù)對BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因進行序列測定,找出不同雞種BF2基因序列上的差異。以NCBI網(wǎng)站上Gallus_gallus-5.0的BF2基因序列為參照標準。利用MEGA6.06軟件對25個雞種的基因序列進行比對分析,統(tǒng)計SNPs位點和Indel位點,并構(gòu)建系統(tǒng)進化樹進行分析。結(jié)果表明:在BF2第2、3外顯子上分別存在22和31個有義突變,占BF2基因全部有義突變的78%,表明BF2基因的第2、3外顯子起重要作用且擁有豐富的多態(tài)性。第5、6、7外顯子屬于保守區(qū)域。25個雞種大致可被分為3大類:鹿苑雞、如皋黃雞、溧陽雞和太湖雞等聚為一類;羅斯雞和隱性白羽肉雞等聚為一類;雪山雞和廣西黃雞等聚為一類。表明中國地方雞品種間的同源性較小,BF2基因在不同雞種上具有豐富的遺傳多樣性,在第2外顯子上C/T突變和第3外顯子上A/C突變可作為BF2基因有關(guān)抗病的候選SNPs位點。
[Abstract]:The sequence of BF2 (Major histocompatibility complex class I antigen BF2) gene was sequenced by target region capture and sequencing, and the differences in BF2 gene sequence of different chicken breeds were found out. The BF2 gene sequence of Gallus_gallus-5.0 on NCBI website was used as the reference standard. The gene sequences of 25 chicken breeds were analyzed by MEGA6.06 software, SNPs locus and Indel locus were counted, and phylogenetic tree was constructed for analysis. The results showed that there were 22 and 31 sense mutations in exon 2 and 3 of BF2, accounting for 78% of all sense mutations in BF2 gene, indicating that exons 2 and 3 of BF2 gene play an important role and have rich polymorphism. Exon 5, 6, 7 belong to conservative region. 25 chicken breeds can be roughly divided into three categories: Luyuan chicken, Rugao yellow chicken, Liyang chicken and Taihu chicken, etc., Ross chicken and recessive white feather chicken can be grouped into one group, and the other can be divided into three groups: Luyuan chicken, Rugao yellow chicken, Liyang chicken and Taihu chicken. Xueshan chicken and Guangxi yellow chicken are grouped into one class. The results showed that there was little homology among Chinese local chicken breeds, and the BF2 gene had rich genetic diversity in different chicken breeds. C / T mutation in exon 2 and A / C mutation in exon 3 can be used as candidate SNPs sites for disease resistance of BF2 gene.
【作者單位】： 揚州大學動物科學與技術(shù)學院
【基金】：國家科技支撐計劃項目(2015BAD03B03) 江蘇高校優(yōu)勢學科建設(shè)工程資助項目
【分類號】：S831

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本文編號：2443158