【摘要】：為了明確甜瓜海藻糖-6-磷酸合成酶基因(CmTPS)家族信息及對逆境信號的響應(yīng),該研究采用生物信息學(xué)方法,通過擬南芥TPS家族基因與甜瓜基因組數(shù)據(jù)庫比對,從甜瓜基因組中共鑒定出7個海藻糖-6-磷酸合成酶基因,按照其在染色體上的位置分別命名為CmTPS1~7。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示,CmTPS4和CmTPS7為第1類,二者均含有16個內(nèi)含子,推測其編碼產(chǎn)物均具有海藻糖-6-磷酸合成酶(TPS)活性;其余5個CmTPS基因歸為第2類,分別含有2~4個內(nèi)含子;在這7個甜瓜TPS中,除CmTPS3只有TPS結(jié)構(gòu)域外,其余CmTPS都含有TPS、TPP及UDP-forming結(jié)構(gòu)域;蛋白序列比對結(jié)果顯示,甜瓜TPS家族各成員間相似性較低(15.90%~57.31%);亞細(xì)胞定位預(yù)測表明,CmTPS1、CmTPS2和CmTPS6定位在細(xì)胞核內(nèi),其余4個CmTPS定位在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)。qRTPCR表達(dá)分析表明,低溫脅迫下甜瓜葉片可能以CmTPS4為主要的TPS編碼基因;CmTPS基因家族對鹽脅迫較為敏感,同時在ABA信號傳遞中起調(diào)控作用。這為進(jìn)一步研究甜瓜TPS基因家族奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:In order to identify the (CmTPS) family information of trehalose-6-phosphate synthase gene and its response to stress signals in muskmelon, the bioinformatics method was used to compare Arabidopsis TPS family gene with melon genomic database. Seven trehalose-6-phosphate synthase genes were identified from muskmelon genome and named CmTPS1~7. according to their position on chromosome. Phylogenetic analysis showed that CmTPS4 and CmTPS7 belonged to the first category, both of them contained 16 introns. It was inferred that the encoding products of them all had trehalose 6-phosphate synthase (TPS) activity. The other 5 CmTPS genes were classified as class 2, containing 2 ~ 4 introns respectively. In the 7 muskmelon TPS, except CmTPS3 with the TPS domain, the other CmTPS contained TPS,TPP and UDP-forming domains. The results of protein sequence alignment showed that the similarity among the members of muskmelon TPS family was lower (15.9057.31%). Subcellular localization prediction showed that CmTPS1,CmTPS2 and CmTPS6 were located in the nucleus and the other four CmTPS were located in the cytoplasm. QRTPCR expression analysis showed that CmTPS4 might be the main TPS coding gene in melon leaves under low temperature stress. CmTPS gene family is sensitive to salt stress and plays a regulatory role in ABA signaling. This lays a foundation for further study of TPS gene family in muskmelon.
【作者單位】： 西北農(nóng)林科技大學(xué)園藝學(xué)院;文山州農(nóng)業(yè)科學(xué)院;
【基金】：國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)(CARS-26-18)
【分類號】：Q943.2;S652

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