【摘要】：鈣依賴蛋白激酶(CDPK或CPK)在植物生長和發(fā)育、逆境信號刺激及其對病原物的防御反應(yīng)過程中發(fā)揮著非常重要的作用。本研究利用梨樹全基因組數(shù)據(jù),采用生物信息學(xué)的方法,在全基因組水平上對梨樹CDPK基因家族進(jìn)行系譜進(jìn)化關(guān)系、基因結(jié)構(gòu)、共線性關(guān)系及表達(dá)情況等分析。結(jié)果表明,梨樹基因組中共存在31個CDPK基因,命名為PbCDPK1~PbCDPK31。系譜分析結(jié)果表明,這些CDPK基因歸屬于4個亞家族。共線性分析檢測到12對CDKP基因間存在顯著的共線性關(guān)系,其中10對由最近一次發(fā)生的全基因組復(fù)制事件形成。非同義/同義置換率的比率(dN/dS)說明CDPK基因在功能上進(jìn)化得非常保守。熒光定量PCR結(jié)果發(fā)現(xiàn),5個梨樹CDPK基因?qū)Ω珊的婢秤许憫?yīng)。試驗結(jié)果可為進(jìn)一步開展梨樹CDPK基因家族的功能鑒定和分子進(jìn)化機(jī)制的研究提供參考。
[Abstract]:Calcium dependent protein kinase (CDPK or CPK) plays an important role in plant growth and development, stress signal stimulation and defense response to pathogens. Based on the whole genome data of pear tree and bioinformatics method, the phylogenetic relationship, gene structure, colinear relationship and expression of pear CDPK gene family were analyzed at the whole genome level. The results showed that there were 31 CDPK genes in the genome of pear, named PbCDPK1~PbCDPK31.. The results of pedigree analysis showed that these CDPK genes belonged to four subfamilies. A significant collinear relationship was found among 12 pairs of CDKP genes by collinear analysis, 10 of which were formed by the most recent complete genome replication event. The ratio of nonsynonymous / synonymous replacement rate (dN/dS) suggests that the CDPK gene evolved very conserved functionally. Fluorescence quantitative PCR showed that five pear CDPK genes were responsive to drought stress. The results can provide reference for further functional identification and molecular evolution mechanism of pear CDPK gene family.
【作者單位】： 江蘇農(nóng)林職業(yè)技術(shù)學(xué)院;江蘇現(xiàn)代園藝技術(shù)中心;
【基金】：江蘇省自然科學(xué)基金(BK20131243) 江蘇省農(nóng)業(yè)三新工程(SXGC[2015]311) 江蘇省青藍(lán)工程~~
【分類號】：Q943.2;S661.2

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本文編號：2364165