【摘要】：可變剪接是引起蛋白多樣性的主要機(jī)制之一,而轉(zhuǎn)錄組reads的重新定位是獲取可變剪接位點(diǎn)的有效方法,適合在基因組較小的真菌中應(yīng)用。ZOOM軟件是一款可在window系統(tǒng)下運(yùn)行的reads可視化定位軟件,被廣泛用于下一代基因組測(cè)序(NGS)的reads定位及單堿基多態(tài)性位點(diǎn)(SNP)的發(fā)掘。本文發(fā)現(xiàn)該軟件分析可變剪接的新用途,并以禾谷鐮刀菌Fusarium graminearum的4個(gè)基因?yàn)槔敿?xì)描述該方法在真菌可變剪接位點(diǎn)識(shí)別中的應(yīng)用,這些結(jié)果均獲得RT-PCR的驗(yàn)證。
[Abstract]:Variable splicing is one of the main mechanisms of protein diversity, and the relocalization of transcriptional reads is an effective method to obtain variable splicing sites. ZOOM software is a reads visualization mapping software which can be run in window system. It is widely used in the next generation genome sequencing (NGS) reads mapping and the discovery of single base polymorphic site (SNP). In this paper, a new application of the software for the analysis of variable splicing was found, and the application of this method to the identification of variable splicing sites of Fusarium graminearum was described in detail with four genes of Fusarium graminearum as an example. These results were verified by RT-PCR.
【作者單位】： 福建農(nóng)林大學(xué)菌物研究中心;福建農(nóng)林大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院;
【基金】：Supported by the National Natural Science Foundation of China(31470107) the National Key Basic Research Program of China(2014CB138302) the China Agriculture Research System(CARS24)
【分類號(hào)】：Q78

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本文編號(hào)：2356711