【摘要】：可變剪接是引起蛋白多樣性的主要機(jī)制之一,而轉(zhuǎn)錄組reads的重新定位是獲取可變剪接位點(diǎn)的有效方法,適合在基因組較小的真菌中應(yīng)用。ZOOM軟件是一款可在window系統(tǒng)下運(yùn)行的reads可視化定位軟件,被廣泛用于下一代基因組測序(NGS)的reads定位及單堿基多態(tài)性位點(diǎn)(SNP)的發(fā)掘。本文發(fā)現(xiàn)該軟件分析可變剪接的新用途,并以禾谷鐮刀菌Fusarium graminearum的4個基因?yàn)槔敿?xì)描述該方法在真菌可變剪接位點(diǎn)識別中的應(yīng)用,這些結(jié)果均獲得RT-PCR的驗(yàn)證。
[Abstract]:Variable splicing is one of the main mechanisms of protein diversity, and the relocalization of transcriptional reads is an effective method to obtain variable splicing sites. ZOOM software is a reads visualization mapping software which can be run in window system. It is widely used in the next generation genome sequencing (NGS) reads mapping and the discovery of single base polymorphic site (SNP). In this paper, a new application of the software for the analysis of variable splicing was found, and the application of this method to the identification of variable splicing sites of Fusarium graminearum was described in detail with four genes of Fusarium graminearum as an example. These results were verified by RT-PCR.
【作者單位】： 福建農(nóng)林大學(xué)菌物研究中心;福建農(nóng)林大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院;
【基金】：Supported by the National Natural Science Foundation of China(31470107) the National Key Basic Research Program of China(2014CB138302) the China Agriculture Research System(CARS24)
【分類號】：Q78

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 陳學(xué)平,武耀廷,郭家明,張成,馬飛;人類1號染色體可變剪接與普通剪接基因同義密碼子的使用分析 I.同義密碼子偏愛使用分析(英文)[J];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2004年01期

2 李稚鋒,王正志,張成崗;真核基因可變剪接研究現(xiàn)狀與展望[J];生物信息學(xué);2004年02期

3 彭正羽;張薇;陳獻(xiàn)華;徐平;;神經(jīng)膠質(zhì)瘤中前體mRNA可變剪接研究進(jìn)展[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2007年10期

4 杭興宜;鄧明華;孫志賢;張成崗;;外顯子芯片的數(shù)據(jù)分析和可變剪接預(yù)測的新算法[J];軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊;2009年05期

5 章天驕;;可變剪接的生物信息數(shù)據(jù)分析綜述[J];生物信息學(xué);2012年01期

6 邢永強(qiáng);張利絨;羅遼復(fù);陳偉;;老鼠基因組盒式外顯子和內(nèi)含子保留型可變剪接位點(diǎn)預(yù)測[J];內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2009年05期

7 蔣琰;惠靜毅;;染色質(zhì)結(jié)構(gòu)與mRNA可變剪接[J];生命的化學(xué);2014年04期

8 程呈;龔秀峰;惠靜毅;;哺乳動物細(xì)胞mRNA剪接調(diào)控的分子機(jī)制[J];生命科學(xué);2010年07期

9 晉宏?duì)I;羅遼復(fù);張利絨;;使用估計(jì)的反應(yīng)自由能預(yù)測組成性和可變剪接位點(diǎn)[J];生物物理學(xué)報(bào);2009年01期

10 金鷹;;選擇性剪接的理論預(yù)測[J];激光生物學(xué)報(bào);2008年02期

相關(guān)會議論文 前1條

1 肖銳;孫濤;吳同彬;魏然;卓曉宇;付向東;張翼;;大規(guī)模RNA干擾篩選具有可變剪接調(diào)控蛋白[A];湖北省暨武漢市生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)會第八屆第十七次學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2007年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前6條

1 徐佳熹;基于比較基因組學(xué)和mRNA高通量測序的可變剪接外顯子進(jìn)化研究[D];復(fù)旦大學(xué);2011年

2 詹雷雷;RNA互斥可變剪接的進(jìn)化和調(diào)控機(jī)制的研究[D];浙江大學(xué);2011年

3 李稚鋒;真核基因剪接機(jī)制相關(guān)特征研究[D];國防科學(xué)技術(shù)大學(xué);2006年

4 李國麗;果蠅Dscam和Tep2基因互斥可變剪接機(jī)制的研究[D];浙江大學(xué);2013年

5 彭正羽;NSSR1在NCAML1、GLUR-B前體mRNA剪接和細(xì)胞凋亡中的作用及機(jī)制[D];復(fù)旦大學(xué);2006年

6 吳同彬;PPT結(jié)合蛋白結(jié)合位點(diǎn)定位揭示出其在前體mRNA剪接中的多樣功能[D];武漢大學(xué);2010年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 胡興;基于最優(yōu)搜索的基因可變剪接的預(yù)測[D];電子科技大學(xué);2008年

2 章天驕;基因組可變剪接特征分析與預(yù)測[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2011年

3 曹新茹;家蠅鐵蛋白基因的克隆、表達(dá)及功能分析[D];河北大學(xué);2015年

4 戴嵐芝;果蠅CG30427 mRNA前體3'端互斥可變剪接的調(diào)控機(jī)制研究[D];浙江大學(xué);2015年

5 劉陽;擬南芥形態(tài)和生理進(jìn)化的比較研究[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

6 張曉娜;中國人群組織特異性可變剪接體的鑒定[D];上海交通大學(xué);2008年

7 胡競;基于博弈論的可變剪接預(yù)測算法研究[D];福建農(nóng)林大學(xué);2013年

8 李敏;內(nèi)含子保留型可變剪接預(yù)測及可變剪接與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)多樣性分析[D];內(nèi)蒙古科技大學(xué);2015年

9 邢永強(qiáng);模式生物基因組中可變剪接位點(diǎn)的預(yù)測及序列特征分析[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2009年

10 呂羿;小鼠大腦及胰腺組織時(shí)序特異性可變剪接轉(zhuǎn)錄本的全基因組分析[D];華中師范大學(xué);2013年

，

本文編號：2356711