【摘要】：蘋(píng)果(Malus domestica)已經(jīng)完成全基因組測(cè)序并公布全基因組圖譜,但是基因注釋信息很不完善,因此本試驗(yàn)利用RNA-Seq技術(shù)對(duì)蘋(píng)果已注釋基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化和新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉為材料提取總RNA,構(gòu)建文庫(kù)并使用Illumina雙末端測(cè)序HiSeq 2500平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序,獲得高質(zhì)量的序列(clean reads)。將得到的結(jié)果與蘋(píng)果‘金冠’參考基因組進(jìn)行比對(duì),共優(yōu)化了13 272個(gè)已注釋基因的結(jié)構(gòu),優(yōu)化基因5′端和3′端數(shù)目分別為8 843個(gè)和8 955個(gè),另外,共鑒定得到1 604個(gè)新的轉(zhuǎn)錄本,部分基因參與了蘋(píng)果的轉(zhuǎn)錄表達(dá)調(diào)控、生長(zhǎng)調(diào)節(jié)、氨基酸和糖類(lèi)等的代謝過(guò)程。
[Abstract]:Apple (Malus domestica) has completed the whole genome sequencing and published the whole genome map, but the information of gene annotation is not perfect. Therefore, the RNA-Seq technology is used to optimize the structure of the annotated gene and predict the new transcripts of apple. The total RNA, was extracted from the pulp of 'Fuji' from the pulp for 60 days. The library was constructed by using the HiSeq 2500 platform of Illumina double terminal sequencing. The high quality sequence (clean reads). Was obtained. Comparing the results with the apple 'golden crown' reference genome, the structure of 13 272 annotated genes was optimized. The number of 5 'ends and 3' ends of the optimized genes were 8 843 and 8 955, respectively. A total of 1 604 new transcripts were identified, some of which were involved in the regulation of transcription expression, growth regulation, amino acid and carbohydrate metabolism in apple.
【作者單位】： 山東農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝科學(xué)與工程學(xué)院作物生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)(SDAIT-06-07) 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專(zhuān)項(xiàng)經(jīng)費(fèi)(CARS-28) 公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專(zhuān)項(xiàng)經(jīng)費(fèi)(201303093) 支撐計(jì)劃專(zhuān)項(xiàng)經(jīng)費(fèi)(2014BAD6B102)~~
【分類(lèi)號(hào)】：Q943.2;S661.1

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本文編號(hào)：2296958